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家蚕G4结合蛋白BmLARK的重组表达和结晶
1
作者
叶若琦
牛康康
+4 位作者
韩书婧
汪颖
李琼
周丛照
冯启理
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期211-221,共11页
细胞内DNA通常以B型右手双螺旋结构的形式存在。但当一段DNA富含连续出现的鸟嘌呤(G)时,这段DNA序列有可能折叠为四链体(G-quadruplex,G4)结构。G4结构广泛分布于生物的基因组中,参与基因的转录调控、DNA复制、端粒保护和蛋白质翻译等...
细胞内DNA通常以B型右手双螺旋结构的形式存在。但当一段DNA富含连续出现的鸟嘌呤(G)时,这段DNA序列有可能折叠为四链体(G-quadruplex,G4)结构。G4结构广泛分布于生物的基因组中,参与基因的转录调控、DNA复制、端粒保护和蛋白质翻译等重要的生物学过程。我们前期在家蚕转录因子BmPOUM2基因的启动子区鉴定到一个G4结构,并筛选到一个与该结构特异结合的蛋白BmLARK。在本研究中,为了分析BmLARK与G4结构结合的分子机制,我们首先对编码BmLARK全长及其多个截短的DNA序列进行了分子克隆,利用原核表达系统对BmLARK和截短蛋白进行了重组表达和纯化,获得的重组蛋白在体外可与BmPOUM2-G4结构结合;然后运用悬滴蒸汽扩散法对该蛋白质-DNA结合复合物进行结晶,初步获得了晶体。试验结果为进一步探索获得和解析BmLARK-G4复合物的晶体结构提供了线索。
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关键词
家蚕
G-四链体
转录因子
BmLARK
晶体
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职称材料
家蚕基因组中G四链体特征序列分布及关联基因的功能分析
2
作者
吴凤
相辉
冯启理
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期32-41,共10页
G-四链体（G-quadruplex,G4）是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕（Bombyx mori）为对象,利...
G-四链体（G-quadruplex,G4）是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕（Bombyx mori）为对象,利用Quadparser程序,在家蚕全基因组范围预测G4结构,对其分布特征以及对其潜在调控基因的表达特性和功能的影响进行初步分析。在家蚕全基因组共预测到6 278个G4结构,其中有63.5%位于转座子区,35.3%分布在编码基因区。在基因的5＇端侧翼序列转录起始位点和3＇端转录终止位点附近都有相对明显的G4结构富集,暗示G4结构可能对于基因表达具有一定的调控作用。相对于基因组背景,上游含有G4结构的基因其编码区长度偏短,下游含有G4结构的基因其编码区则显著加长。上游含有G4结构的基因主要富集于核酸结合活性尤其是转录因子活性分子功能上,主要参与核酸代谢相关的调控过程,G4结构主要位于编码链;下游含G4结构的基因则主要富集于激酶和转移酶活性以及受体活性分子功能上,主要参与蛋白质加工及信号转导过程,G4结构主要位于模板链。上述结果提示G4结构位于基因上、下游所调控的靶基因有所分歧,作用机制可能也有所差异。结合家蚕基因组芯片数据分析发现,含有G4结构的基因没有明显的组织表达特异性,提示该类基因在广泛的生物学过程中均发挥作用。以上结果为后续深入研究该类表观遗传学结构在家蚕中的生物学功能提供了重要线索和参考依据。
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关键词
家蚕基因组
G-四链体
核酸代谢调控
信号转导
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职称材料
题名
家蚕G4结合蛋白BmLARK的重组表达和结晶
1
作者
叶若琦
牛康康
韩书婧
汪颖
李琼
周丛照
冯启理
机构
广东省
昆虫
发育
生物学
与应用
技术
重点
实验室
中国
科学
技术
大学
生命科学
学院
结构生物化学
实验室
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期211-221,共11页
基金
国家自然科学基金项目(31720103916,31930102)。
文摘
细胞内DNA通常以B型右手双螺旋结构的形式存在。但当一段DNA富含连续出现的鸟嘌呤(G)时,这段DNA序列有可能折叠为四链体(G-quadruplex,G4)结构。G4结构广泛分布于生物的基因组中,参与基因的转录调控、DNA复制、端粒保护和蛋白质翻译等重要的生物学过程。我们前期在家蚕转录因子BmPOUM2基因的启动子区鉴定到一个G4结构,并筛选到一个与该结构特异结合的蛋白BmLARK。在本研究中,为了分析BmLARK与G4结构结合的分子机制,我们首先对编码BmLARK全长及其多个截短的DNA序列进行了分子克隆,利用原核表达系统对BmLARK和截短蛋白进行了重组表达和纯化,获得的重组蛋白在体外可与BmPOUM2-G4结构结合;然后运用悬滴蒸汽扩散法对该蛋白质-DNA结合复合物进行结晶,初步获得了晶体。试验结果为进一步探索获得和解析BmLARK-G4复合物的晶体结构提供了线索。
关键词
家蚕
G-四链体
转录因子
BmLARK
晶体
Keywords
Bombyx mori
G-quadruplex
Transcription Factor
BmLARK
Crystal
分类号
S881.24 [农业科学—特种经济动物饲养]
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职称材料
题名
家蚕基因组中G四链体特征序列分布及关联基因的功能分析
2
作者
吴凤
相辉
冯启理
机构
广州市昆虫发育与应用重点实验室华南师范大学生命科学学院昆虫科学与技术研究所
出处
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第1期32-41,共10页
基金
国家自然科学基金重点项目(No.31330071),国家自然科学基金国际合作项目(No.31720103916),国家自然科学基金面上项目(No.31672494)
文摘
G-四链体（G-quadruplex,G4）是一种不同于双螺旋的特殊结构,由富含鸟嘌呤的DNA链在阳离子的参与下形成的四链DNA螺旋高级结构,在哺乳动物中被证明是具有重要生物学功能的表观遗传学元件。以鳞翅目模式昆虫家蚕（Bombyx mori）为对象,利用Quadparser程序,在家蚕全基因组范围预测G4结构,对其分布特征以及对其潜在调控基因的表达特性和功能的影响进行初步分析。在家蚕全基因组共预测到6 278个G4结构,其中有63.5%位于转座子区,35.3%分布在编码基因区。在基因的5＇端侧翼序列转录起始位点和3＇端转录终止位点附近都有相对明显的G4结构富集,暗示G4结构可能对于基因表达具有一定的调控作用。相对于基因组背景,上游含有G4结构的基因其编码区长度偏短,下游含有G4结构的基因其编码区则显著加长。上游含有G4结构的基因主要富集于核酸结合活性尤其是转录因子活性分子功能上,主要参与核酸代谢相关的调控过程,G4结构主要位于编码链;下游含G4结构的基因则主要富集于激酶和转移酶活性以及受体活性分子功能上,主要参与蛋白质加工及信号转导过程,G4结构主要位于模板链。上述结果提示G4结构位于基因上、下游所调控的靶基因有所分歧,作用机制可能也有所差异。结合家蚕基因组芯片数据分析发现,含有G4结构的基因没有明显的组织表达特异性,提示该类基因在广泛的生物学过程中均发挥作用。以上结果为后续深入研究该类表观遗传学结构在家蚕中的生物学功能提供了重要线索和参考依据。
关键词
家蚕基因组
G-四链体
核酸代谢调控
信号转导
Keywords
Bombyx mori genome
G-quadruplex
Regulation of nucleic acid metabolism
Signal transduction
分类号
S881.2 [农业科学—特种经济动物饲养]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
家蚕G4结合蛋白BmLARK的重组表达和结晶
叶若琦
牛康康
韩书婧
汪颖
李琼
周丛照
冯启理
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2021
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
家蚕基因组中G四链体特征序列分布及关联基因的功能分析
吴凤
相辉
冯启理
《蚕业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
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职称材料
已选择
0
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