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基于转录组学探讨阿比朵尔对HCoV-OC43感染诱导神经营养因子信号通路活化的影响
1
作者
陈琪敏
周红霞
+4 位作者
谢佩芳
李润峰
杨子峰
邱敏珊
沈利汉
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第6期81-89,共9页
目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学...
目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学分析,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),开展基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,筛选出ARB可能作用的生物学过程及相关信号通路。进一步利用RT-qPCR方法验证ARB干预对神经营养因子信号通路关键分子表达的抑制作用。结果与病毒感染组相比,高、中和低剂量(6、2和0.67μg/mL)ARB干预分别显示出9459、4186和1744个DEGs。GO分析显示,ARB主要干预的生物学过程是共翻译蛋白膜靶向,作用的细胞组成为粘着斑和细胞-底物间连接,影响的分子功能为钙粘蛋白结合。KEGG分析发现,与冠状病毒感染相关的细胞凋亡信号通路和神经营养因子信号通路有明显富集,其中ARB对神经营养因子信号通路中的MAPK、PI3K和NF-κB通路分子有显著抑制作用。RT-qPCR检测显示,ARB对PIK3CA、AKT、TRAF-6、Bax、p38和c-JUN等分子的mRNA表达具有明显抑制作用。结论本研究提示了ARB应用于治疗冠状病毒感染引起神经炎症的可能性。
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关键词
转录组学
阿比多尔
HCoV-OC43
神经营养因子信号通路
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职称材料
奇异变形杆菌modABC基因缺失株的构建及其生物学特性
被引量：
1
2
作者
黄伊
丁信
+2 位作者
黄楠
陈灿雄
邓小燕
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期859-867,共9页
目的基于同源重组方法构建奇异变形杆菌钼酸盐转运蛋白编码基因modABC基因敲除株,并采用电感耦合等离子质谱法检测胞内钼含量,探究modABC基因对奇异变形杆菌生物学特性的影响。方法利用自杀载体pCVD442通过同源重组方法构建modABC基因...
目的基于同源重组方法构建奇异变形杆菌钼酸盐转运蛋白编码基因modABC基因敲除株,并采用电感耦合等离子质谱法检测胞内钼含量,探究modABC基因对奇异变形杆菌生物学特性的影响。方法利用自杀载体pCVD442通过同源重组方法构建modABC基因敲除株ΔmodABC,并通过PCR及Sanger测序鉴定;采用电感耦合等离子质谱法测定亲本株PMI和敲除株ΔmodABC胞内钼酸盐含量,比较亲本株PMI和敲除株ΔmodABC在体外有氧和厌氧条件下的生存能力。结果利用融合PCR成功将目的基因替换为卡那霉素抗性基因Kn,与自杀载体pCVD442重组并转导到奇异变形杆菌亲本株PMI,随后发生同源重组,modABC基因被敲除,通过PCR及Sanger测序分析证实基因组目的基因已缺失,成功构建了modABC基因敲除株ΔmodABC;敲除株ΔmodABC胞内钼含量约为1.22 mg/kg,明显低于亲本株PMI(1.46 mg/kg,P<0.001);亲本株PMI和敲除株ΔmodABC在LB液体培养基中具有相似的有氧生长曲线,二者在厌氧条件下细菌的增殖速率均明显下降,并且在硝酸盐存在的LB培养基中,敲除株ΔmodABC的厌氧生长受到明显抑制(P<0.005)。结论基于自杀载体pCVD442的同源重组可成功用于奇异变形杆菌modABC基因敲除,modABC基因参与奇异变形杆菌钼酸盐的摄取并与细菌厌氧硝酸盐生长相关。
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关键词
钼酸盐转运蛋白
同源重组
自杀载体
奇异变形杆菌
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职称材料
题名
基于转录组学探讨阿比朵尔对HCoV-OC43感染诱导神经营养因子信号通路活化的影响
1
作者
陈琪敏
周红霞
谢佩芳
李润峰
杨子峰
邱敏珊
沈利汉
机构
广东医科大学
南方医科大学第十附属医院(东莞市人民院)
昆明理工大学生命科学与技术学院
广州
医科大学附属第一医院
广州
呼吸健康研究院呼吸
疾病
国家
重点
实验室
/国家呼吸系统
疾病
临床
医学研究中心
广州
实验室
广州市传染性疾病临床快速诊断与预警重点实验室
澳门科技大学中药质量研究国家
重点
实验室
出处
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023年第6期81-89,共9页
基金
广东省防控新型冠状病毒感染科技攻关应急专项(2020A111129028)
东莞市新型冠状病毒肺炎防疫防治技术研究及推广应急攻关专项项目(202071715001114)
+3 种基金
广东省基础与应用基础研究基金(2020B1515120045)
广东省基础与应用基础研究基金(2020A1515110151)
东莞市人民医院院内项目-科研培育项目(K202002)
东莞市人民医院院内项目-科研培育项目(K202019)。
文摘
目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学分析,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),开展基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,筛选出ARB可能作用的生物学过程及相关信号通路。进一步利用RT-qPCR方法验证ARB干预对神经营养因子信号通路关键分子表达的抑制作用。结果与病毒感染组相比,高、中和低剂量(6、2和0.67μg/mL)ARB干预分别显示出9459、4186和1744个DEGs。GO分析显示,ARB主要干预的生物学过程是共翻译蛋白膜靶向,作用的细胞组成为粘着斑和细胞-底物间连接,影响的分子功能为钙粘蛋白结合。KEGG分析发现,与冠状病毒感染相关的细胞凋亡信号通路和神经营养因子信号通路有明显富集,其中ARB对神经营养因子信号通路中的MAPK、PI3K和NF-κB通路分子有显著抑制作用。RT-qPCR检测显示,ARB对PIK3CA、AKT、TRAF-6、Bax、p38和c-JUN等分子的mRNA表达具有明显抑制作用。结论本研究提示了ARB应用于治疗冠状病毒感染引起神经炎症的可能性。
关键词
转录组学
阿比多尔
HCoV-OC43
神经营养因子信号通路
Keywords
transcriptomes
arbidol
HCoV-OC43
neurotrophin signaling pathway
分类号
R-33 [医药卫生]
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职称材料
题名
奇异变形杆菌modABC基因缺失株的构建及其生物学特性
被引量：
1
2
作者
黄伊
丁信
黄楠
陈灿雄
邓小燕
机构
广州市传染性疾病临床快速诊断与预警重点实验室
广州
医科大学金域检验学院
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期859-867,共9页
基金
广东省科技创新战略专项资金(2020A1515011432)。
文摘
目的基于同源重组方法构建奇异变形杆菌钼酸盐转运蛋白编码基因modABC基因敲除株,并采用电感耦合等离子质谱法检测胞内钼含量,探究modABC基因对奇异变形杆菌生物学特性的影响。方法利用自杀载体pCVD442通过同源重组方法构建modABC基因敲除株ΔmodABC,并通过PCR及Sanger测序鉴定;采用电感耦合等离子质谱法测定亲本株PMI和敲除株ΔmodABC胞内钼酸盐含量,比较亲本株PMI和敲除株ΔmodABC在体外有氧和厌氧条件下的生存能力。结果利用融合PCR成功将目的基因替换为卡那霉素抗性基因Kn,与自杀载体pCVD442重组并转导到奇异变形杆菌亲本株PMI,随后发生同源重组,modABC基因被敲除,通过PCR及Sanger测序分析证实基因组目的基因已缺失,成功构建了modABC基因敲除株ΔmodABC;敲除株ΔmodABC胞内钼含量约为1.22 mg/kg,明显低于亲本株PMI(1.46 mg/kg,P<0.001);亲本株PMI和敲除株ΔmodABC在LB液体培养基中具有相似的有氧生长曲线,二者在厌氧条件下细菌的增殖速率均明显下降,并且在硝酸盐存在的LB培养基中,敲除株ΔmodABC的厌氧生长受到明显抑制(P<0.005)。结论基于自杀载体pCVD442的同源重组可成功用于奇异变形杆菌modABC基因敲除,modABC基因参与奇异变形杆菌钼酸盐的摄取并与细菌厌氧硝酸盐生长相关。
关键词
钼酸盐转运蛋白
同源重组
自杀载体
奇异变形杆菌
Keywords
molybdate transporter
homologous recombination
suicide vector
Proteus mirabilis
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组学探讨阿比朵尔对HCoV-OC43感染诱导神经营养因子信号通路活化的影响
陈琪敏
周红霞
谢佩芳
李润峰
杨子峰
邱敏珊
沈利汉
《中国比较医学杂志》
CAS
北大核心
2023
0
在线阅读
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职称材料
2
奇异变形杆菌modABC基因缺失株的构建及其生物学特性
黄伊
丁信
黄楠
陈灿雄
邓小燕
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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职称材料
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