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肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析
被引量：
2
1
作者
杨羚
唐海玲
+1 位作者
陈定强
裘宇容
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2016年第5期706-709,共4页
目的:通过对肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析,研究其与肺炎克雷伯菌耐药的相关性。方法:利用Illumina Miseq高通量测序平台进行测序,然后用Edena软件拼接测序数据,再利用RAST网上工具将拼接得到的contigs进行注释,并用BLAST网...
目的:通过对肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析,研究其与肺炎克雷伯菌耐药的相关性。方法:利用Illumina Miseq高通量测序平台进行测序,然后用Edena软件拼接测序数据,再利用RAST网上工具将拼接得到的contigs进行注释,并用BLAST网上工具进行分析。结果:pNDM-LJ为54 kb大小的环状质粒,GC含量约为49%,预测编码52个功能基因,在不相容群分类中属于Inc X3群质粒。该质粒与已知的Inc X质粒序列有较高的相似性,blaNDM-1基因所在的基因环境比较复杂,推测其是由多个转座事件共同构建的。在pNDM-LJ中,blaNDM-1基因的5′端和3′端分别与ISAba125和IS26两种插入序列相连,形成大小约为10.8 kb的转座子样结构。结论:pNDM-LJ质粒携带碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1,可能对我国的广泛传播blaNDM-1基因发挥重要作用。
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关键词
肺炎克雷伯菌
p
NDM-LJ
blaNDM-1基因
碳青霉烯酶
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职称材料
基于Wald检验实现Cox回归中自变量影响大小的推断
被引量：
1
2
作者
刘畅
潘辉
+1 位作者
陈梓聪
张晋昕
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2016年第6期938-940,共3页
目的针对一般研究者在使用Cox回归时,直接比较标准化偏回归系数大小的做法,提出借助Wald检验进行排序,并用小细胞肺癌患者随访研究的实例加以说明。方法借鉴SNK多重比较法的比较策略,以尽可能少的比较次数,使用Wald检验对样本标准化回...
目的针对一般研究者在使用Cox回归时,直接比较标准化偏回归系数大小的做法,提出借助Wald检验进行排序,并用小细胞肺癌患者随访研究的实例加以说明。方法借鉴SNK多重比较法的比较策略,以尽可能少的比较次数,使用Wald检验对样本标准化回归系数进行假设检验,从而探讨总体标准化回归系数之间的关系,形成依影响大小排序的若干子集。结果选入模型的4个变量被划分在2个子集内,可认为第1子集中的自变量(实例中的肿瘤大小、年龄)对预后的影响小于第2子集中的自变量(神经元特异性烯醇化酶),自变量癌胚抗原对预后的影响介于两个子集之间。结论基于Wald检验对自变量进行排序,能够克服cox回归模型结果报告中判断自变量影响大小的主观性。
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关键词
标准化偏回归系数
WALD检验
预后
影响程度
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职称材料
题名
肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析
被引量：
2
1
作者
杨羚
唐海玲
陈定强
裘宇容
机构
广州医科大学附属第一医院
检验科
广州医科大学附属第一医院转化医学实验室
南方
医科大
学南方
医院
检验科
出处
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2016年第5期706-709,共4页
基金
国家自然科学基金项目(编号:81201341)
文摘
目的:通过对肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析,研究其与肺炎克雷伯菌耐药的相关性。方法:利用Illumina Miseq高通量测序平台进行测序,然后用Edena软件拼接测序数据,再利用RAST网上工具将拼接得到的contigs进行注释,并用BLAST网上工具进行分析。结果:pNDM-LJ为54 kb大小的环状质粒,GC含量约为49%,预测编码52个功能基因,在不相容群分类中属于Inc X3群质粒。该质粒与已知的Inc X质粒序列有较高的相似性,blaNDM-1基因所在的基因环境比较复杂,推测其是由多个转座事件共同构建的。在pNDM-LJ中,blaNDM-1基因的5′端和3′端分别与ISAba125和IS26两种插入序列相连,形成大小约为10.8 kb的转座子样结构。结论:pNDM-LJ质粒携带碳青霉烯类耐药基因blaNDM-1,可能对我国的广泛传播blaNDM-1基因发挥重要作用。
关键词
肺炎克雷伯菌
p
NDM-LJ
blaNDM-1基因
碳青霉烯酶
Keywords
Klebsiella pneumoniae
PNDM-LJ
BlaNDM- 1 Carbapenemase
分类号
R446.5 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
基于Wald检验实现Cox回归中自变量影响大小的推断
被引量：
1
2
作者
刘畅
潘辉
陈梓聪
张晋昕
机构
中山
大学
公共卫生学院
医学
统计与流行病学系
广州医科大学附属第一医院转化医学实验室
出处
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2016年第6期938-940,共3页
基金
广东省科学技术厅科技计划项目(2014A020212713)
文摘
目的针对一般研究者在使用Cox回归时,直接比较标准化偏回归系数大小的做法,提出借助Wald检验进行排序,并用小细胞肺癌患者随访研究的实例加以说明。方法借鉴SNK多重比较法的比较策略,以尽可能少的比较次数,使用Wald检验对样本标准化回归系数进行假设检验,从而探讨总体标准化回归系数之间的关系,形成依影响大小排序的若干子集。结果选入模型的4个变量被划分在2个子集内,可认为第1子集中的自变量(实例中的肿瘤大小、年龄)对预后的影响小于第2子集中的自变量(神经元特异性烯醇化酶),自变量癌胚抗原对预后的影响介于两个子集之间。结论基于Wald检验对自变量进行排序,能够克服cox回归模型结果报告中判断自变量影响大小的主观性。
关键词
标准化偏回归系数
WALD检验
预后
影响程度
Keywords
Standardized regression coefficients
Wald test
Prognosis
Effect
分类号
R195.1 [医药卫生—卫生统计学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
肺炎克雷伯菌质粒pNDM-LJ的高通量测序分析
杨羚
唐海玲
陈定强
裘宇容
《实用医学杂志》
CAS
北大核心
2016
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
基于Wald检验实现Cox回归中自变量影响大小的推断
刘畅
潘辉
陈梓聪
张晋昕
《中国卫生统计》
CSCD
北大核心
2016
1
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职称材料
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