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非小细胞肺癌小活检标本质量与EGFR基因突变检出率关系分析 被引量：5
1
作者 李玉勤 顾莹莹 姜桔红 《中国肺癌杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期331-337,共7页
背景与目的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)是非小细胞肺癌(non-small celllungcancer,NSCLC)患者中突变率最高的基因,准确检测出其突变类型有助于指导患者接受靶向药物治疗从而延长患者生存期。为了得到准... 背景与目的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)是非小细胞肺癌(non-small celllungcancer,NSCLC)患者中突变率最高的基因,准确检测出其突变类型有助于指导患者接受靶向药物治疗从而延长患者生存期。为了得到准确的检查结果,基因检测平台对标本质量有一定要求。已有文献报道标本的肿瘤细胞数量及其比例等会影响EGFR基因突变检出率,本研究旨在分析NSCLC小活检标本质量与突变扩增系统(amplification refractory mutation system, ARMS)法检测EGFR基因突变检出率的关系。方法收集299例小活检肺腺癌病例的临床特征、在显微镜下评估切片的肿瘤细胞数量及比例、标本提取的DNA浓度、EGFR基因突变检测结果,分析标本质量与EGFR基因突变检出率的关系。结果肿瘤细胞数≤500组与>500组EGFR基因突变阳性率分别为40.7%(11/27)、43.8%(119/272),两者间无统计学差异(P=0.764)。DNA浓度≤20.4 ng/μL组及>20.4 ng/μL组的基因突变阳性率分别为42.7%(64/150)、44.3%(66/149),两者间无统计学差异(P=0.776)。肿瘤细胞比例≤30%及>30%组的阳性率分别为29.4%(20/68)、47.6%(110/231),两者间存在统计学差异(P=0.008)。多因素Logistic分析显示男性、甲状腺转录因子1(thyroid transcription factor-1, TTF-1)阴性、有吸烟史及肿瘤细胞比例<30%是影响EGFR基因突变低检出率的主要因素。结论在达到检测的最低要求后,肿瘤细胞比例仍可影响EGFR基因突变检出率。有必要在基因检测切片后再次评估最后一张切片的肿瘤细胞比例,对于肿瘤细胞比例过低的标本,建议通过显微切割等方法富集肿瘤细胞,提高其肿瘤细胞比例,得出更准确的检测结果。对于无法进行肿瘤细胞富集的标本,可行循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA, ct DNA)检测作为补充,若结果仍为阴性才需考虑再次活检获取足够的肿瘤标本进行分子检测。 展开更多
关键词 肺肿瘤 表皮生长因子受体突变 肿瘤细胞数量 肿瘤细胞比例
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基于网络药理学和分子对接探讨六神胶囊治疗COVID-19的物质基础及作用机制 被引量：5
2
作者 马钦海 陈瑞晗 杨子峰 《南京中医药大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期907-914,共8页
目的通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础和分子机制。方法借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt... 目的通过网络药理学及分子对接技术探寻六神胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础和分子机制。方法借助常用的网络药理学数据库检索六神胶囊中雄黄、人工牛黄、冰片、蟾酥和麝香等的有效活性成分和作用靶点。通过UniProt数据库查询靶点对应的基因,Cytoscape 3.6.1软件构建中药-有效活性成分-有效靶点网络,通过Metascape平台进行GO富集分析、KEGG和Reactome信号通路分析,将中药有效活性成分-有效靶点网络中排名前20的单体与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)以及SARS-CoV-2 RNA依赖性RNA聚合酶(RNA dependent RNA polymerase,RdRp)进行分子对接。结果中药-有效活性成分-有效靶点网络包含药材5个、化合物132个、靶点2082个,关键靶点涉及PTGS2、ESR1、PLA2G1B、PTGS1等。GO功能富集分析得到GO条目495个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目287个,细胞组成(CC)条目96个,分子功能(MF)条目112个。KEGG通路富集筛选得到107条信号通路(P<0.05),主要涉及免疫和炎症通路,细胞生长、代谢、凋亡相关通路,癌症通路,神经活性配体-受体相互作用等。Reactome通路富集筛选得到85条信号通路(P<0.05),主要涉及G蛋白偶联、白细胞介素信号、受体酪氨酸激酶信号、神经系统、基因转录等通路。分子对接结果显示六神胶囊中麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等核心活性化合物与SARS-CoV-23CL水解酶、ACE2以及SARS-CoV-2 RdRp的亲和力与临床推荐化学药相似。结论六神胶囊中的活性成分麦角胺、熊果酸、鹅去氧胆酸等可能通过与ACE2结合并作用于PTGS2、ESR1、PLA2G1B和PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而起到抑制SARS-CoV-2的作用。 展开更多
关键词 六神胶囊 新型冠状病毒肺炎 网络药理学 分子对接 有效活性成分
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基于转录组学探讨阿比朵尔对HCoV-OC43感染诱导神经营养因子信号通路活化的影响
3
作者 陈琪敏 周红霞 +4 位作者 谢佩芳 李润峰 杨子峰 邱敏珊 沈利汉 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2023年第6期81-89,共9页
目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学... 目的采用转录组学技术分析阿比多尔(arbidol,ARB)对HCoV-OC43感染引起宿主信号通路活化的影响,并探讨ARB抗炎活性与其作用于神经营养因子信号通路的关系。方法用OC43感染HRT-18细胞,并以ARB进行干预。感染96 h后提取总RNA,进行转录组学分析,获得差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),开展基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,筛选出ARB可能作用的生物学过程及相关信号通路。进一步利用RT-qPCR方法验证ARB干预对神经营养因子信号通路关键分子表达的抑制作用。结果与病毒感染组相比,高、中和低剂量(6、2和0.67μg/mL)ARB干预分别显示出9459、4186和1744个DEGs。GO分析显示,ARB主要干预的生物学过程是共翻译蛋白膜靶向,作用的细胞组成为粘着斑和细胞-底物间连接,影响的分子功能为钙粘蛋白结合。KEGG分析发现,与冠状病毒感染相关的细胞凋亡信号通路和神经营养因子信号通路有明显富集,其中ARB对神经营养因子信号通路中的MAPK、PI3K和NF-κB通路分子有显著抑制作用。RT-qPCR检测显示,ARB对PIK3CA、AKT、TRAF-6、Bax、p38和c-JUN等分子的mRNA表达具有明显抑制作用。结论本研究提示了ARB应用于治疗冠状病毒感染引起神经炎症的可能性。 展开更多
关键词 转录组学 阿比多尔 HCoV-OC43 神经营养因子信号通路
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