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牛蒡子治疗小鼠病毒性肺炎后肺纤维化的机制:基于代谢组学、网络药理学和实验验证方法
1
作者
李国永
黎仁玲
+3 位作者
刘艺婷
柯宏霞
李菁
王新华
《南方医科大学学报》
北大核心
2025年第6期1185-1199,共15页
目的应用代谢组学、网络药理学及实验验证探究牛蒡子治疗病毒性肺炎后肺纤维化(PPF)的作用机制。方法采用UHPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定牛蒡子提取物化学成分,SPF级小鼠随机分为4组,8只/组,分别为空白组(Ctrl)、模型组(BLM)、AL低剂量组(A...
目的应用代谢组学、网络药理学及实验验证探究牛蒡子治疗病毒性肺炎后肺纤维化(PPF)的作用机制。方法采用UHPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定牛蒡子提取物化学成分,SPF级小鼠随机分为4组,8只/组,分别为空白组(Ctrl)、模型组(BLM)、AL低剂量组(ALL)、AL高剂量组(ALH)。采用博来霉素气管给药模式建立小鼠肺纤维化模型,给予牛蒡子治疗后,记录体质量变化、观察HE及MASSON染色的肺组织病理变化。通过代谢组学分析筛选差异代谢物及相关代谢通路。基于OMIM、TTD、Gene Cards等数据库获取病毒性肺炎与肺纤维化的共同靶点,通过PPI、GO、KEGG富集分析及分子对接筛选核心靶点和有效成分,并构建“基因-代谢物”调控网络;Western blotting技术检测相关基因信号蛋白表达水平。结果鉴定出牛蒡子化学成分53个,牛蒡子可显著改善肺纤维化小鼠的体质量下降、肺组织炎症浸润(P<0.05)以及纤维化(P<0.05)。差异代谢物主要富集在柠檬酸代谢、磷酸戊糖途径、糖酵解途径、色氨酸代谢、谷氨酸代谢、谷胱甘肽途径等能量代谢途径,调控了能量代谢途径中间产物的产量。筛选出23个关键活性成分(以木脂素、酚酸等为主)和82个核心靶点,涉及PI3K/AKT、HIF-1、MAPK、Foxo等非经典Smad信号通路,“基因-代谢物”调控网络显示非经典Smad信号途径中的基因参与到了能量代谢的调节。并且牛蒡子调控Fibronectin、Vimentim、Snail、E-cadherin、N-cadherin等上皮-间质转化(EMT)进程的标志蛋白(P<0.05),抑制MAPK信号通路激活。结论牛蒡子通过调控能量代谢抑制EMT治疗纤维化,并且涉及调控MAPK等非经典Smad信号通路,为牛蒡子治疗PPF的临床应用及后续研究提供理论支持。
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关键词
牛蒡子
病毒性肺炎后肺纤维化
网络药理学
代谢组学
MAPK
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职称材料
广东省2019—2023年耐万古霉素屎肠球菌检出率升高的时空变迀研究
被引量:
3
2
作者
卓楚越
林烨欣
+11 位作者
王译靖
陈嘉康
郭颖异
姚丽康
杨旭
李嘉慧
陈杨进
何南豪
赵雅婷
李明欣
肖书念
卓超
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期397-402,共6页
目的分析近年广东省耐万古霉素屎肠球菌(VR-Efm)临床分离株的时空分布,探寻VR-Efm检出率上升的原因。方法回顾性分析2019—2023年广东省4个区域(珠三角、粤东、粤西、粤北)的38所医疗机构上报至广东省细菌耐药监测系统中VR-Efm检出情况...
目的分析近年广东省耐万古霉素屎肠球菌(VR-Efm)临床分离株的时空分布,探寻VR-Efm检出率上升的原因。方法回顾性分析2019—2023年广东省4个区域(珠三角、粤东、粤西、粤北)的38所医疗机构上报至广东省细菌耐药监测系统中VR-Efm检出情况、患者人口学特征及科室和标本分布等资料,同步分析世界卫生组织重点关注的ESKAPE中其他5种细菌的检出情况。结果广东省VR-Efm检出率从2019年1.4%(63/4543)上升至2023年21.3%(1351/6345),呈明显上升趋势,2023年44.7%(17所)的医疗机构VR-Efm检出率>20%;广东省4个区域VR-Efm检出率普遍上升,以珠三角地区为中心向周围辐射增长。ESKAPE整体由2019年10.1%升至2023年10.8%,其余5种病原体中,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌检出率从2019年8.0%上升至2023年15.0%,耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌和耐碳青霉烯类肠杆菌属检出率分别从2019年的61.6%、34.4%、21.2%、7.9%下降至2023年的58.2%、31.9%、21.0%、7.6%,皆有不同程度下降。ICU VR-Efm检出率(12.2%)高于门急诊(9.4%)、内科(9.2%)和外科(7.0%)等非ICU科室(均P<0.05)。VR-Efm检出率较高标本分别为尿(9.8%)、血(9.1%),其余标本检出率介于6.9%~9.6%。青少年患者VR-Efm检出率(4.4%)低于中老年患者(>9.4%,P<0.05)。结论近5年广东省VR-Efm检出率明显上升,可能与社区和医院获得的优势克隆传播有关。有条件的医疗机构应对入院患者开展VR-Efm的筛查,并对检出VR-Efm的患者采取有效防控措施,以遏制VR-Efm检出率在该区域的上升。
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关键词
耐万古霉素屎肠球菌
屎肠球菌
耐药
细菌耐药监测
耐药性变迁
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职称材料
单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法
被引量:
1
3
作者
王艳妮
李佳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期807-819,共13页
单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与...
单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而,目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法,简要介绍了相关算法和工具,并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景,旨在为研究人员分析数据时提供指导,推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。
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关键词
单细胞DNA甲基化测序
表观遗传学
预处理
数据分析
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职称材料
题名
牛蒡子治疗小鼠病毒性肺炎后肺纤维化的机制:基于代谢组学、网络药理学和实验验证方法
1
作者
李国永
黎仁玲
刘艺婷
柯宏霞
李菁
王新华
机构
广州医科大学呼吸疾病全国重点实验室
//
广州医科大学
附属第一医院
广州医科大学
中西医结合研究所
广州医科大学
广州
中医药
大学
青蒿研究中心
出处
《南方医科大学学报》
北大核心
2025年第6期1185-1199,共15页
基金
国家自然科学基金(82004155)
广州医科大学科研提升计划项目(2024SRP066)
广州市科技计划项目(202102010215)。
文摘
目的应用代谢组学、网络药理学及实验验证探究牛蒡子治疗病毒性肺炎后肺纤维化(PPF)的作用机制。方法采用UHPLC-Q-TOF-MS/MS技术鉴定牛蒡子提取物化学成分,SPF级小鼠随机分为4组,8只/组,分别为空白组(Ctrl)、模型组(BLM)、AL低剂量组(ALL)、AL高剂量组(ALH)。采用博来霉素气管给药模式建立小鼠肺纤维化模型,给予牛蒡子治疗后,记录体质量变化、观察HE及MASSON染色的肺组织病理变化。通过代谢组学分析筛选差异代谢物及相关代谢通路。基于OMIM、TTD、Gene Cards等数据库获取病毒性肺炎与肺纤维化的共同靶点,通过PPI、GO、KEGG富集分析及分子对接筛选核心靶点和有效成分,并构建“基因-代谢物”调控网络;Western blotting技术检测相关基因信号蛋白表达水平。结果鉴定出牛蒡子化学成分53个,牛蒡子可显著改善肺纤维化小鼠的体质量下降、肺组织炎症浸润(P<0.05)以及纤维化(P<0.05)。差异代谢物主要富集在柠檬酸代谢、磷酸戊糖途径、糖酵解途径、色氨酸代谢、谷氨酸代谢、谷胱甘肽途径等能量代谢途径,调控了能量代谢途径中间产物的产量。筛选出23个关键活性成分(以木脂素、酚酸等为主)和82个核心靶点,涉及PI3K/AKT、HIF-1、MAPK、Foxo等非经典Smad信号通路,“基因-代谢物”调控网络显示非经典Smad信号途径中的基因参与到了能量代谢的调节。并且牛蒡子调控Fibronectin、Vimentim、Snail、E-cadherin、N-cadherin等上皮-间质转化(EMT)进程的标志蛋白(P<0.05),抑制MAPK信号通路激活。结论牛蒡子通过调控能量代谢抑制EMT治疗纤维化,并且涉及调控MAPK等非经典Smad信号通路,为牛蒡子治疗PPF的临床应用及后续研究提供理论支持。
关键词
牛蒡子
病毒性肺炎后肺纤维化
网络药理学
代谢组学
MAPK
Keywords
Arctium lappa
post-viral pneumonia pulmonary fibrosis
network pharmacology
metabolomics
MAPK
分类号
R285.5 [医药卫生—中药学]
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职称材料
题名
广东省2019—2023年耐万古霉素屎肠球菌检出率升高的时空变迀研究
被引量:
3
2
作者
卓楚越
林烨欣
王译靖
陈嘉康
郭颖异
姚丽康
杨旭
李嘉慧
陈杨进
何南豪
赵雅婷
李明欣
肖书念
卓超
机构
广州医科大学
附属第一医院(广东省耐药菌监测和质量控制中心)
广州
呼吸
健康研究院
广州医科大学呼吸疾病全国重点实验室
出处
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第4期397-402,共6页
基金
国家科技基础资源调查专项项目(2019FY101200)。
文摘
目的分析近年广东省耐万古霉素屎肠球菌(VR-Efm)临床分离株的时空分布,探寻VR-Efm检出率上升的原因。方法回顾性分析2019—2023年广东省4个区域(珠三角、粤东、粤西、粤北)的38所医疗机构上报至广东省细菌耐药监测系统中VR-Efm检出情况、患者人口学特征及科室和标本分布等资料,同步分析世界卫生组织重点关注的ESKAPE中其他5种细菌的检出情况。结果广东省VR-Efm检出率从2019年1.4%(63/4543)上升至2023年21.3%(1351/6345),呈明显上升趋势,2023年44.7%(17所)的医疗机构VR-Efm检出率>20%;广东省4个区域VR-Efm检出率普遍上升,以珠三角地区为中心向周围辐射增长。ESKAPE整体由2019年10.1%升至2023年10.8%,其余5种病原体中,耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌检出率从2019年8.0%上升至2023年15.0%,耐碳青霉烯类鲍曼不动杆菌、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌、耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌和耐碳青霉烯类肠杆菌属检出率分别从2019年的61.6%、34.4%、21.2%、7.9%下降至2023年的58.2%、31.9%、21.0%、7.6%,皆有不同程度下降。ICU VR-Efm检出率(12.2%)高于门急诊(9.4%)、内科(9.2%)和外科(7.0%)等非ICU科室(均P<0.05)。VR-Efm检出率较高标本分别为尿(9.8%)、血(9.1%),其余标本检出率介于6.9%~9.6%。青少年患者VR-Efm检出率(4.4%)低于中老年患者(>9.4%,P<0.05)。结论近5年广东省VR-Efm检出率明显上升,可能与社区和医院获得的优势克隆传播有关。有条件的医疗机构应对入院患者开展VR-Efm的筛查,并对检出VR-Efm的患者采取有效防控措施,以遏制VR-Efm检出率在该区域的上升。
关键词
耐万古霉素屎肠球菌
屎肠球菌
耐药
细菌耐药监测
耐药性变迁
Keywords
vancomycin-resistant Enterococcus faecium
Enterococcus faecium
antimicrobial resistance
survei-llance of bacterial antimicrobial resistance
change in antimicrobial resistance
分类号
R181.32 [医药卫生—流行病学]
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职称材料
题名
单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法
被引量:
1
3
作者
王艳妮
李佳
机构
广州
实验室
广州医科大学
广州医科大学
附属肿瘤医院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第10期807-819,共13页
基金
国家自然科学基金项目(编号:82370148)
农村和社会发展科技处/广州医科大学/广州医科大学附属第一医院重点研发计划(编号:2024B03J0046)
+3 种基金
广州国家实验室专项项目(编号:GZNL2023A02003)
呼吸疾病国家重点实验室自主开放课题项目(编号:J19112006202302)
广州医科大学/附属肿瘤医院科研能力提升项目(编号:02-410-2302244XM)
呼吸疾病全国重点实验室自主课题基金(编号:SKLRD-Z-202307)资助。
文摘
单细胞DNA甲基化测序技术近年来取得了飞速发展,在揭示细胞间异质性及表观遗传学调控机制方面发挥着重要作用。随着测序技术的进步,单细胞甲基化数据的质量与数量也在不断提高,标准化的预处理流程与合适的分析方法对确保数据的可比性与结果的可靠性尤为关键。然而,目前尚未形成一套完整的数据分析流程来指导研究人员对现有数据进行挖掘。本文系统综述了单细胞甲基化数据预处理步骤和分析方法,简要介绍了相关算法和工具,并探讨了单细胞甲基化技术在脑科学、血细胞分化及癌症研究中的应用前景,旨在为研究人员分析数据时提供指导,推动单细胞甲基化测序技术的发展和应用。
关键词
单细胞DNA甲基化测序
表观遗传学
预处理
数据分析
Keywords
single-cell methylation sequencing
epigenetics
data preprocessing
data analysis
分类号
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛蒡子治疗小鼠病毒性肺炎后肺纤维化的机制:基于代谢组学、网络药理学和实验验证方法
李国永
黎仁玲
刘艺婷
柯宏霞
李菁
王新华
《南方医科大学学报》
北大核心
2025
0
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职称材料
2
广东省2019—2023年耐万古霉素屎肠球菌检出率升高的时空变迀研究
卓楚越
林烨欣
王译靖
陈嘉康
郭颖异
姚丽康
杨旭
李嘉慧
陈杨进
何南豪
赵雅婷
李明欣
肖书念
卓超
《中国感染控制杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
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下载PDF
职称材料
3
单细胞DNA甲基化测序数据处理流程与分析方法
王艳妮
李佳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2024
1
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职称材料
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