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生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物
被引量：
2
1
作者
谢铱子
詹少锋
+3 位作者
黄慧婷
温武金
刘小虹
江勇
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第7期583-590,共8页
目的 基于生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物,探讨临床重症登革热发生风险的评价体系。方法 通过基因表达综合(GEO)数据库分析普通登革热与重症登革热患者的差异表达基因,并进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组数据库...
目的 基于生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物,探讨临床重症登革热发生风险的评价体系。方法 通过基因表达综合(GEO)数据库分析普通登革热与重症登革热患者的差异表达基因,并进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析;通过随机森林模型筛选重症登革热预警基因,并利用受试者操作特征(ROC)曲线验证基因的准确性;最后采用列线图对预警基因进行量化,通过预警基因的表达量预测普通登革热进展为重症登革热的风险。结果 共获得817个差异表达基因,抗微生物体液反应、体液免疫反应、丝氨酸水解酶活性和花生四烯酸代谢等生物过程可能与重症登革热的发生发展密切相关;筛选出AZU1、PDCD4、COL4A3BP、TRPM4、ATP4A 5个重症登革热预警基因,其中ATP4A、COL4A3BP、TRPM4呈低表达,而AZU1、PDCD4呈高表达,ROC曲线提示基因准确性良好;列线图提示模型预测准确度、临床获益率、临床有效性均良好。结论 测定AZU1、PDCD4、COL4A3BP、TRPM4、ATP4A 5个预警基因的表达量有助于评估重症登革热的发生风险。
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关键词
重症登革热
预警
基因
生物过程
风险评估
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职称材料
基于生物信息学分析探索普通登革热特征基因及免疫浸润特点
2
作者
谢铱子
王凯
+3 位作者
詹少锋
黄慧婷
江勇
温武金
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期634-639,共6页
目的:探究普通登革热的特征基因及免疫浸润特点。方法:基于GEO数据库中的GSE96656、GSE206829芯片与R软件,分析普通登革热患者与健康者之间的差异表达基因。利用随机森林模型以及LASSO回归模型筛选疾病特征基因,并通过外部数据集验证基...
目的:探究普通登革热的特征基因及免疫浸润特点。方法:基于GEO数据库中的GSE96656、GSE206829芯片与R软件,分析普通登革热患者与健康者之间的差异表达基因。利用随机森林模型以及LASSO回归模型筛选疾病特征基因,并通过外部数据集验证基因表达情况。采用CIBERSORT算法进行普通登革热的免疫浸润分析,并分析特征基因与免疫细胞浸润的相关性。结果:共获得500个差异表达基因。随机森林模型以及LASSO回归模型筛选出IFI44L、FMO4作为疾病特征基因。外部数据集验证发现IFI44L在普通登革热患者全血中呈高表达。IFI44L与M1巨噬细胞、活化的树突状细胞和记忆性B细胞的浸润程度呈正相关;FMO4与M1巨噬细胞、活化的记忆性CD4^(+)T细胞的浸润程度呈正相关(P<0.05)。结论:IFI44L、FMO4可能是普通登革热的特征基因,且与免疫细胞如M1巨噬细胞浸润有关。
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关键词
登革热
生物信息学
特征基因
免疫细胞浸润
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职称材料
非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒HKU1肺炎1例报告及文献复习
被引量：
1
3
作者
吴文玉
刘城鑫
+3 位作者
王凯
吴鹏
詹少锋
刘小虹
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期187-192,共6页
目的:分析非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒(HCoV)-HKU1肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,以提高临床医务人员对于该病的认识,减少临床不良事件的发生。方法:分析2021年1月于本院住院的1例以夜间潮热盗汗、干咳和咽干为主要临床...
目的:分析非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒(HCoV)-HKU1肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,以提高临床医务人员对于该病的认识,减少临床不良事件的发生。方法:分析2021年1月于本院住院的1例以夜间潮热盗汗、干咳和咽干为主要临床表现的非霍奇金淋巴瘤并发HCoV-HKU1肺炎患者的临床资料,并对既往相关研究文献进行复习,分析其临床表现和诊断经过。结果:患者,女性,因确诊非霍奇金淋巴瘤2月余入院。查体,卡氏评分90分,全身浅表淋巴结未扪及肿大,右下腹部轻压痛,无反跳痛,双肺呼吸音稍粗,双下肺可闻及少许湿啰音。胸部CT显示双肺弥漫性渗出灶,尿液分析中白细胞数158μL-1,采用第二代基因测序技术(NGS)检测肺泡灌洗液明确诊断为HCoV-HKU1肺炎。患者入院时有右下腹隐痛、夜间咳嗽和盗汗等症状,予奥司他韦抗病毒治疗无效,予复方磺胺甲恶唑片联合连花清瘟颗粒治疗后呼吸道症状消失,复查胸部CT提示渗出灶已吸收。结论:非霍奇金淋巴瘤并发HCoV-HKU1肺炎患者临床症状无特异性,临床出现肺部弥漫性阴影改变而新型冠状病毒核酸检测阴性时,仍需重视其他HCoV感染的可能。通过NGS可以高效筛选感染病原体,有利于更加精准地指导肺部感染性疾病的诊断和治疗。
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关键词
人类冠状病毒HKU1
非霍奇金淋巴瘤
第二代测序技术
肺泡灌洗液
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职称材料
题名
生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物
被引量：
2
1
作者
谢铱子
詹少锋
黄慧婷
温武金
刘小虹
江勇
机构
深圳市中西医结合
医院
肺病科/
呼吸
与危重症
医学科
广州中医药大学
第一
临床
医学
院
广州中医药大学第一附属医院呼吸与危重症医学科
广州中医药大学
岭南
医学
研究中心
广东省
中医
临床研究院
出处
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024年第7期583-590,共8页
基金
国家自然科学基金(82274418)
广东省重点领域研发计划项目(2020B1111100002)
+3 种基金
广东省重点科室(中西医协同科室)建设项目
深圳市“医疗卫生三名工程”建设项目(SZZYSM202206013)
深圳市宝安区医疗卫生科研项目(2023JD107)
广州市科技计划(2023A04J1168)。
文摘
目的 基于生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物,探讨临床重症登革热发生风险的评价体系。方法 通过基因表达综合(GEO)数据库分析普通登革热与重症登革热患者的差异表达基因,并进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组数据库(KEGG)富集分析;通过随机森林模型筛选重症登革热预警基因,并利用受试者操作特征(ROC)曲线验证基因的准确性;最后采用列线图对预警基因进行量化,通过预警基因的表达量预测普通登革热进展为重症登革热的风险。结果 共获得817个差异表达基因,抗微生物体液反应、体液免疫反应、丝氨酸水解酶活性和花生四烯酸代谢等生物过程可能与重症登革热的发生发展密切相关;筛选出AZU1、PDCD4、COL4A3BP、TRPM4、ATP4A 5个重症登革热预警基因,其中ATP4A、COL4A3BP、TRPM4呈低表达,而AZU1、PDCD4呈高表达,ROC曲线提示基因准确性良好;列线图提示模型预测准确度、临床获益率、临床有效性均良好。结论 测定AZU1、PDCD4、COL4A3BP、TRPM4、ATP4A 5个预警基因的表达量有助于评估重症登革热的发生风险。
关键词
重症登革热
预警
基因
生物过程
风险评估
Keywords
severe dengue
warning
gene
biological process
risk assessment
分类号
R512.99 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
基于生物信息学分析探索普通登革热特征基因及免疫浸润特点
2
作者
谢铱子
王凯
詹少锋
黄慧婷
江勇
温武金
机构
深圳市中西医结合
医院
肺病科/
呼吸
与危重症
医学科
广州中医药大学
第一
临床
医学
院
广州中医药大学第一附属医院呼吸与危重症医学科
广东省
中医
临床研究院
出处
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2024年第5期634-639,共6页
基金
深圳市“医疗卫生三名工程”建设项目(SZZYSM202206013)
深圳市宝安区医疗卫生科研项目(2023JD124,2023JD105)
广州市科技计划项目(2023A04J1168)。
文摘
目的:探究普通登革热的特征基因及免疫浸润特点。方法:基于GEO数据库中的GSE96656、GSE206829芯片与R软件,分析普通登革热患者与健康者之间的差异表达基因。利用随机森林模型以及LASSO回归模型筛选疾病特征基因,并通过外部数据集验证基因表达情况。采用CIBERSORT算法进行普通登革热的免疫浸润分析,并分析特征基因与免疫细胞浸润的相关性。结果:共获得500个差异表达基因。随机森林模型以及LASSO回归模型筛选出IFI44L、FMO4作为疾病特征基因。外部数据集验证发现IFI44L在普通登革热患者全血中呈高表达。IFI44L与M1巨噬细胞、活化的树突状细胞和记忆性B细胞的浸润程度呈正相关;FMO4与M1巨噬细胞、活化的记忆性CD4^(+)T细胞的浸润程度呈正相关(P<0.05)。结论:IFI44L、FMO4可能是普通登革热的特征基因,且与免疫细胞如M1巨噬细胞浸润有关。
关键词
登革热
生物信息学
特征基因
免疫细胞浸润
Keywords
dengue
bioinformatics
characteristic gene
immune cell infiltration
分类号
R512.99 [医药卫生—内科学]
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职称材料
题名
非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒HKU1肺炎1例报告及文献复习
被引量：
1
3
作者
吴文玉
刘城鑫
王凯
吴鹏
詹少锋
刘小虹
机构
广州中医药大学
第一
临床
医学
院
中医
内科
广州中医药大学第一附属医院呼吸与危重症医学科
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第1期187-192,共6页
基金
国家自然科学基金项目(81973814)
广东省教育厅研究生教育创新计划项目(2022ANLK025)
广东省中医药局中医药科研项目(20231169)。
文摘
目的:分析非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒(HCoV)-HKU1肺炎患者的临床表现、诊断方法和治疗过程,以提高临床医务人员对于该病的认识,减少临床不良事件的发生。方法:分析2021年1月于本院住院的1例以夜间潮热盗汗、干咳和咽干为主要临床表现的非霍奇金淋巴瘤并发HCoV-HKU1肺炎患者的临床资料,并对既往相关研究文献进行复习,分析其临床表现和诊断经过。结果:患者,女性,因确诊非霍奇金淋巴瘤2月余入院。查体,卡氏评分90分,全身浅表淋巴结未扪及肿大,右下腹部轻压痛,无反跳痛,双肺呼吸音稍粗,双下肺可闻及少许湿啰音。胸部CT显示双肺弥漫性渗出灶,尿液分析中白细胞数158μL-1,采用第二代基因测序技术(NGS)检测肺泡灌洗液明确诊断为HCoV-HKU1肺炎。患者入院时有右下腹隐痛、夜间咳嗽和盗汗等症状,予奥司他韦抗病毒治疗无效,予复方磺胺甲恶唑片联合连花清瘟颗粒治疗后呼吸道症状消失,复查胸部CT提示渗出灶已吸收。结论:非霍奇金淋巴瘤并发HCoV-HKU1肺炎患者临床症状无特异性,临床出现肺部弥漫性阴影改变而新型冠状病毒核酸检测阴性时,仍需重视其他HCoV感染的可能。通过NGS可以高效筛选感染病原体,有利于更加精准地指导肺部感染性疾病的诊断和治疗。
关键词
人类冠状病毒HKU1
非霍奇金淋巴瘤
第二代测序技术
肺泡灌洗液
Keywords
Human coronavirus HKU1
Non-Hodgkin’s lymphoma
Next generation sequencing
Bronchoalveolar lavage fluid
分类号
R733.4 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
生物信息学联合机器学习鉴定重症登革热的预警标志物
谢铱子
詹少锋
黄慧婷
温武金
刘小虹
江勇
《中国医科大学学报》
CAS
北大核心
2024
2
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职称材料
2
基于生物信息学分析探索普通登革热特征基因及免疫浸润特点
谢铱子
王凯
詹少锋
黄慧婷
江勇
温武金
《郑州大学学报（医学版）》
CAS
北大核心
2024
0
在线阅读
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职称材料
3
非霍奇金淋巴瘤并发人类冠状病毒HKU1肺炎1例报告及文献复习
吴文玉
刘城鑫
王凯
吴鹏
詹少锋
刘小虹
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
1
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