文摘目的:通过对ATRNL1基因的生物信息学分析,明确其在阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)中的作用。方法:通过高通量基因表达(gene expression omnibus,GEO)数据库下载AD芯片数据GSE36980、GSE1297和GSE28146,利用3个独立数据验证ATRNL1在AD中的差异表达情况,并计算Pearson相关系数分析ATRNL1与临床信息的相关性;使用GSE1297数据筛选ATRNL1共表达基因并使用clusterProfiler程序包进行基因功能注释,包括基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;为研究ATRNL1差异表达的调控机制,使用multiMiR程序包下载miRNA相互作用数据,根据竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA)的调控机制构建ATRNL1-miRNA-mRNA调控网络。结果:3个独立芯片数据中ATRNL1在AD中表达明显下降(P<0.05);ATRNL1表达与PMI评分明显相关(P<0.05),与简易智力状态检查量表(mini-mental status examination,MMSE)评分明显相关(P<0.001),与神经元神经原纤维缠结(neurofibrillary tangles,NFT)评分明显相关(P<0.05);ATRNL1共表达基因的富集分析发现,信号释放生物学过程(GO:0023061)、突触小泡周期(hsa04721)、γ-氨基丁酸能突触(hsa04727)与ATRNL1明显相关;构建的ATRNL1-miRNA-mRNA调控网络发现,MOAP1、WDR47、REEP1等基因很可能与hsa-miR-192-5p竞争性调控ATRNL1表达,与ATRNL1构成ceRNA。结论:首次发现ATRNL1可能通过调控突触的信号传递以及影响γ-氨基丁酸能突触,影响AD发病,ATRNL1可能通过hsamiR-192-5p与MOAP1构成ceRNA。
