为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复...为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC_(1)(47.27%)>GC_(2)(39.49%)>GC_(3)(29.84%),且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36~61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC_(3)间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)间无显著的相关关系(r=0.198,P>0.05),回归系数为0.265 2,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。展开更多
文摘为明确复羽叶栾树叶绿体基因组密码子的使用模式,以筛选到的52条CDS蛋白质编码序列为研究对象,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP等获取复羽叶栾树密码子的GC、RSCU、ENC等参数,并进行中性绘图、PR2-plot和最优密码子分析。结果表明:复羽叶栾树密码子不同位置上的GC含量表现为GC_(1)(47.27%)>GC_(2)(39.49%)>GC_(3)(29.84%),且有29个密码子RSCU>1,其中有28个以A/U结尾,表明密码子偏好以A/U结尾。有效密码子数ENC值在36~61之间,密码子使用偏性较弱。ENC与GC_(3)间具有极显著的相关关系,表明密码子第3位上的碱基组成影响密码子使用偏好性。中性分析结果显示,GC_(3)与GC_(12)间无显著的相关关系(r=0.198,P>0.05),回归系数为0.265 2,说明选择对密码子使用偏好性有重要影响。ENC-plot分析和奇偶偏好性分析表明,密码子偏性也受到其他因素影响。综合分析发现复羽叶栾树叶绿体基因组密码子偏好性较弱,选择为主要影响因素,同时受到其他因素的影响。最终确定CUU、GUU、AGU、GCA、CAA、CAU、AAA、GAU、CGU、CGA、GGU、GGA共12个为最优密码子。
文摘【目的】揭示中国沙棘根蘖能力及非结构性碳水化合物(NSC)积累特征对平茬高度的响应规律,确定最有利于根蘖及NSC积累潜力发挥的平茬高度,探讨根蘖能力调控的NSC积累与分配策略。【方法】以15 a中国沙棘人工林为研究对象,设置不平茬(对照)和平茬高度0,10,20 cm 3个处理,采用回归分析探究根蘖能力(根蘖植株数量和生长量、根系延伸能力和分枝强度)、各构件(叶片、枝条、树干、伐桩、垂直根、水平根)非结构性碳水化合物的积累能力(含量、储量)和分配格局与平茬高度的关系,采用相关性分析和通径分析探究非结构性碳水化合物积累能力与根蘖能力的因果关系及其作用途径。【结果】①随着平茬高度的增大,中国沙棘根蘖能力和NSC积累能力先升后降,最有利于根蘖能力和NSC积累潜力发挥的适宜平茬高度为10~13 cm。②平茬后,中国沙棘各个构件NSC含量以及叶片、垂直根、水平根NSC储量与其分配比例大多大于或显著大于对照。③中国沙棘根蘖能力与NSC积累能力呈正相关,根蘖植株数量、生长量与根系延伸能力、分枝强度呈正相关。其中,树干和水平根的NSC储量对根蘖植株数量起主导作用,叶片和垂直根的NSC储量对根蘖植株生长量起主导作用。【结论】中国沙棘通过NSC含量、储量及其分配格局调节对平茬高度做出响应,从而决定根蘖潜力的发挥程度。由于NSC积累能力随沙棘平茬高度的增大先升后降,因此根蘖能力亦呈先升后降趋势。在此调节过程中,沙棘叶片、水平根、垂直根NSC积累能力与分配比例的提高对其根蘖潜力发挥起着关键作用。
