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基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
1
作者
黎尔彤
苏雅琳
+1 位作者
刘文彬
金小宝
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期974-982,共9页
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利...
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利用BPGA进行泛基因组学分析,利用消减蛋白组学筛选药物靶点。在此基础上,同源建模预测靶点蛋白的3D结构,采用DrugBank对靶点蛋白进行潜在药物的预测,并使用分子对接技术验证药物与靶点的结合活性。【结果】31株诺卡氏菌的泛基因组中有1421个核心蛋白,消减蛋白组学分析获得15个候选药物靶点蛋白。其中,OG1493蛋白的理化性质(氨基酸数目、分子量、等电点、总平均亲水性、脂肪指数和不稳定性指数Ⅱ等)最符合作为靶点蛋白的理化性质。运用DrugBank数据库筛选出Adenosine-5'-Rp-Alpha-Thio-Triphos⁃phate、alpha,beta-Methyleneadenosine 5'-triphosphate、Phosphoaminophosphonic Acid-Adenylate Ester、Radicicol、2-Hydroxyestradiol、p-Coumaric acid、Ethylmercurithiosalicylic acid等7个化合物可能会针对该靶点蛋白发挥抗诺卡氏菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。经实验验证发现根赤壳霉素可能是针对该靶点的抗诺卡氏菌药物。【结论】泛基因组学和消减蛋白质组学可应用于挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点。
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关键词
诺卡氏菌
泛基因组学
消减蛋白质组学
核心基因
药物靶点
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职称材料
小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B通过调控PI3K/Akt通路诱导胃癌细胞凋亡
被引量：
6
2
作者
敖嘉怡
叶连宝
+2 位作者
马宇昕
褚夫江
周畅
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期1806-1813,共8页
目的:探讨小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B诱导人胃癌SGC-7901细胞凋亡的分子机制。方法:体外培养人胃癌SGC-7901细胞并加入2.5~160μmol/L梯度浓度的A2B分别干预24、48和72 h,利用CCK-8法检测细胞活力的半数抑制浓度(IC50),筛选出药物最适...
目的:探讨小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B诱导人胃癌SGC-7901细胞凋亡的分子机制。方法:体外培养人胃癌SGC-7901细胞并加入2.5~160μmol/L梯度浓度的A2B分别干预24、48和72 h,利用CCK-8法检测细胞活力的半数抑制浓度(IC50),筛选出药物最适浓度。后续实验将SGC-7901细胞随机分为对照组(正常培养组)、溶剂组(含0.08%DMSO培养液处理)、A2B 10μmol/L实验组和A2B 20μmol/L实验组,每组每项实验均重复3次。利用EdU细胞染色实验和平板集落形成实验检测各组细胞增殖能力;Annexin V-FITC/PI双染法检测各组细胞凋亡率;线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1染色法)检测各组细胞线粒体膜电位变化;Western blot检测各组细胞中表皮生长因子受体(EGFR)、人表皮生长因子受体2(HER2)、细胞间充质-表皮转化因子(c-Met)、B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、caspase-3、cleaved caspase-3、蛋白激酶B(PKB/Akt)和磷酸化Akt(p-Akt)蛋白的表达情况。结果:(1)A2B作用于人胃癌SGC-7901细胞24、48和72 h的IC50值分别为26.85、19.58和12.24μmol/L;(2)20μmol/L A2B能够同时下调EGFR、HER2和c-Met蛋白水平(P<0.01);(3)10和20μmol/L A2B作用于SGC-7901细胞后,EdU+细胞数和集落数均显著减少(P<0.01);(4)经A2B处理后SGC-7901细胞凋亡率增加(P<0.05),JC-1绿色荧光比例增加(P<0.01),同时Bax/Bcl-2比值和cleaved caspase-3蛋白表达水平上调(P<0.05),caspase-3蛋白表达水平下调(P<0.05);(5)A2B还下调了SGC-7901细胞中p-Akt/Akt比值(P<0.05)。结论:A2B能够靶向作用于EGFR、HER2和c-Met,并通过抑制PI3K/Akt信号通路激活,诱导人胃癌SGC-7901细胞发生凋亡。
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关键词
酪氨酸激酶抑制剂
胃癌
表皮生长因子受体
人表皮生长因子受体2
细胞间充质-表皮转化因子
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职称材料
题名
基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
1
作者
黎尔彤
苏雅琳
刘文彬
金小宝
机构
广东药科大学基础医学院/广东省生物活性药物研究重点实验室
出处
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第6期974-982,共9页
基金
广东省公益研究与能力建设项目(2017A020211008)
广东省普通高校基础研究与应用基础项目(2018KZDXM041)。
文摘
【目的】诺卡氏菌是一种病原体,可引起人体的机会性感染,呈全球性分布。近年来发现诺卡氏菌对常用药物已产生耐药性,因此,挖掘新抗诺卡氏菌药物靶点、开发新药物具有迫切需求。【方法】取GenBank数据库中31株诺卡氏菌的全基因组序列,利用BPGA进行泛基因组学分析,利用消减蛋白组学筛选药物靶点。在此基础上,同源建模预测靶点蛋白的3D结构,采用DrugBank对靶点蛋白进行潜在药物的预测,并使用分子对接技术验证药物与靶点的结合活性。【结果】31株诺卡氏菌的泛基因组中有1421个核心蛋白,消减蛋白组学分析获得15个候选药物靶点蛋白。其中,OG1493蛋白的理化性质(氨基酸数目、分子量、等电点、总平均亲水性、脂肪指数和不稳定性指数Ⅱ等)最符合作为靶点蛋白的理化性质。运用DrugBank数据库筛选出Adenosine-5'-Rp-Alpha-Thio-Triphos⁃phate、alpha,beta-Methyleneadenosine 5'-triphosphate、Phosphoaminophosphonic Acid-Adenylate Ester、Radicicol、2-Hydroxyestradiol、p-Coumaric acid、Ethylmercurithiosalicylic acid等7个化合物可能会针对该靶点蛋白发挥抗诺卡氏菌作用,分子对接结果显示靶点与化合物结合力良好。经实验验证发现根赤壳霉素可能是针对该靶点的抗诺卡氏菌药物。【结论】泛基因组学和消减蛋白质组学可应用于挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点。
关键词
诺卡氏菌
泛基因组学
消减蛋白质组学
核心基因
药物靶点
Keywords
Nocardia
pan-genomics
subtractive proteomics
core gene
drug target
分类号
R3 [医药卫生—基础医学]
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职称材料
题名
小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B通过调控PI3K/Akt通路诱导胃癌细胞凋亡
被引量：
6
2
作者
敖嘉怡
叶连宝
马宇昕
褚夫江
周畅
机构
广东
药科
大学
基础
医学院
人体解剖与组织胚胎学系
广东
药科
大学
药
学院
药物
化学系
广东药科大学基础医学院/广东省生物活性药物研究重点实验室
出处
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第10期1806-1813,共8页
基金
广东省创新强校工程-广东省普通高校重点科研平台项目(No.2022ZDZX2030)
广东省医学科学技术研究基金项目(No.B2022076)
广东省中医药局科研项目(No.20231201)。
文摘
目的:探讨小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B诱导人胃癌SGC-7901细胞凋亡的分子机制。方法:体外培养人胃癌SGC-7901细胞并加入2.5~160μmol/L梯度浓度的A2B分别干预24、48和72 h,利用CCK-8法检测细胞活力的半数抑制浓度(IC50),筛选出药物最适浓度。后续实验将SGC-7901细胞随机分为对照组(正常培养组)、溶剂组(含0.08%DMSO培养液处理)、A2B 10μmol/L实验组和A2B 20μmol/L实验组,每组每项实验均重复3次。利用EdU细胞染色实验和平板集落形成实验检测各组细胞增殖能力;Annexin V-FITC/PI双染法检测各组细胞凋亡率;线粒体膜电位检测试剂盒(JC-1染色法)检测各组细胞线粒体膜电位变化;Western blot检测各组细胞中表皮生长因子受体(EGFR)、人表皮生长因子受体2(HER2)、细胞间充质-表皮转化因子(c-Met)、B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)、Bcl-2相关X蛋白(Bax)、caspase-3、cleaved caspase-3、蛋白激酶B(PKB/Akt)和磷酸化Akt(p-Akt)蛋白的表达情况。结果:(1)A2B作用于人胃癌SGC-7901细胞24、48和72 h的IC50值分别为26.85、19.58和12.24μmol/L;(2)20μmol/L A2B能够同时下调EGFR、HER2和c-Met蛋白水平(P<0.01);(3)10和20μmol/L A2B作用于SGC-7901细胞后,EdU+细胞数和集落数均显著减少(P<0.01);(4)经A2B处理后SGC-7901细胞凋亡率增加(P<0.05),JC-1绿色荧光比例增加(P<0.01),同时Bax/Bcl-2比值和cleaved caspase-3蛋白表达水平上调(P<0.05),caspase-3蛋白表达水平下调(P<0.05);(5)A2B还下调了SGC-7901细胞中p-Akt/Akt比值(P<0.05)。结论:A2B能够靶向作用于EGFR、HER2和c-Met,并通过抑制PI3K/Akt信号通路激活,诱导人胃癌SGC-7901细胞发生凋亡。
关键词
酪氨酸激酶抑制剂
胃癌
表皮生长因子受体
人表皮生长因子受体2
细胞间充质-表皮转化因子
Keywords
tyrosine kinase inhibitor
gastric cancer
epidermal growth factor receptor
human epidermal growth factor receptor 2
cellular mesenchymal-epithelial transition factor
分类号
R735.2 [医药卫生—肿瘤]
R363.2 [医药卫生—病理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于泛基因组学和消减蛋白质组学挖掘新型抗诺卡氏菌药物靶点
黎尔彤
苏雅琳
刘文彬
金小宝
《中山大学学报（医学科学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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职称材料
2
小分子酪氨酸激酶抑制剂A2B通过调控PI3K/Akt通路诱导胃癌细胞凋亡
敖嘉怡
叶连宝
马宇昕
褚夫江
周畅
《中国病理生理杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2023
6
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