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Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
1
作者
罗玉燕
罗晓敏
+1 位作者
黄洁茹
徐斯文
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025年第11期1579-1589,共11页
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员...
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员科研群体中的推广应用。为此,本文基于R语言的Shiny框架,整合Signac与Seurat等主流分析工具,开发了模块化、可视化的scATAC-seq数据分析平台--Signac.UIO。平台包含数据质控、细胞过滤、降维聚类、差异分析、细胞注释、通路富集、模体识别与转录因子足迹等10个功能模块,覆盖分析流程各关键环节。用户可通过图形界面完成操作,获得交互式可视化结果。平台已在PBMC公开数据集上验证其稳定性与实用性,现部署于服务器(https://xulabgdpu.org.cn/Signac.UIO),为单细胞表观组学研究提供了高效和易用的技术支撑。
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关键词
单细胞染色质可及性
R语言可视化平台
交互式分析平台
数据可视化
生物信息学工具
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职称材料
题名
Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
1
作者
罗玉燕
罗晓敏
黄洁茹
徐斯文
机构
广东
药科
大学
医药
信息
工程
学院
广东药科大学中医药精准医学大数据工程技术研究中心
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025年第11期1579-1589,共11页
基金
广东省医学科研基金(No.A2024252)资助。
文摘
单细胞染色质可及性测序(Single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing,scATAC-seq)是解析细胞异质性与基因调控网络的重要技术,在表观遗传研究中应用广泛。但其数据分析流程复杂和编程门槛高,阻碍了在非程序员科研群体中的推广应用。为此,本文基于R语言的Shiny框架,整合Signac与Seurat等主流分析工具,开发了模块化、可视化的scATAC-seq数据分析平台--Signac.UIO。平台包含数据质控、细胞过滤、降维聚类、差异分析、细胞注释、通路富集、模体识别与转录因子足迹等10个功能模块,覆盖分析流程各关键环节。用户可通过图形界面完成操作,获得交互式可视化结果。平台已在PBMC公开数据集上验证其稳定性与实用性,现部署于服务器(https://xulabgdpu.org.cn/Signac.UIO),为单细胞表观组学研究提供了高效和易用的技术支撑。
关键词
单细胞染色质可及性
R语言可视化平台
交互式分析平台
数据可视化
生物信息学工具
Keywords
single-cell assay for transposase-accessible chromatin sequencing(scATAC-seq)
R-based Shiny application(R-Shiny)
interactive analysis platform
data visualization
bioinformatics tool
分类号
Q3 [生物学—遗传学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
Signac.UIO:基于R-Shiny技术的单细胞ATAC-seq数据交互式分析平台构建与应用
罗玉燕
罗晓敏
黄洁茹
徐斯文
《中国生物化学与分子生物学报》
北大核心
2025
0
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