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惩罚广义线性模型在遗传关联研究中的应用及R软件实现 被引量:5
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作者 张俊国 刘丽 +2 位作者 李丽霞 张敏 郜艳晖 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2016年第4期582-586,共5页
目的遗传关联研究中高维数据与日俱增。本文探讨基于岭估计、LASSO和弹性网的广义线性模型在遗传关联研究的应用及软件实现,为高维关联分析提供方法学参考。方法介绍惩罚广义线性模型原理及软件实现方法,并采用模拟的连锁平衡和连锁不... 目的遗传关联研究中高维数据与日俱增。本文探讨基于岭估计、LASSO和弹性网的广义线性模型在遗传关联研究的应用及软件实现,为高维关联分析提供方法学参考。方法介绍惩罚广义线性模型原理及软件实现方法,并采用模拟的连锁平衡和连锁不平衡的SNPs关联研究数据,以惩罚logistic模型例证R软件glmnet包对广义线性模型的拟合。结果对连锁平衡和连锁不平衡SNPs模拟数据,LASSO与弹性网均给出稀疏解,较好地选择有关联SNPs而剔除无关联变量;而岭估计把所有变量都保留在模型中,模型复杂度高但相应的解释度未增加。结论 LASSO和弹性网可对高维遗传关联数据进行有效降维,筛选变量的同时提供参数估计,从而降低模型的复杂度。R软件的glmnet包灵活拟合各类惩罚广义线性模型,可在高通量遗传关联分析中推广应用。 展开更多
关键词 惩罚广义线性模型 遗传关联研究 LASSO 弹性网 glmnet包
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非独立数据时稳健Poisson和Log-binomial随机效应模型研究 被引量:3
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作者 周舒冬 郜艳晖 +3 位作者 李丽霞 张敏 杨翌 陈跃 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2014年第5期804-808,共5页
目的比较基于稳健Poisson回归及Log-binomial的随机效应模型对具有层次结构的非罕见结局事件资料的参数估计结果。方法通过计算机模拟生成具有类内相关的数据集,设置了32种参数情况,分别反映实际资料中的少数类别数和中等类别数,小强度... 目的比较基于稳健Poisson回归及Log-binomial的随机效应模型对具有层次结构的非罕见结局事件资料的参数估计结果。方法通过计算机模拟生成具有类内相关的数据集,设置了32种参数情况,分别反映实际资料中的少数类别数和中等类别数,小强度的类内聚集和中等强度的类内聚集,基线患病率分别为0.15和0.3,关联强度PR值分别是1.5和2.0,暴露率分别为20%和50%的情况;比较各模型在模拟条件下的收敛率、参数估计结果以及参数的95%CI覆盖率。结果 Log-binomial随机效应模型的收敛效果劣于稳健Poisson随机效应模型;两随机效应模型对各参数的估计结果均和真值较为接近;在类内聚集性较小时,两随机效应模型95%CI覆盖率均较好,但随类内聚集性增大,Log-binomial的随机效应模型95%CI覆盖率变动较大,且类别数增加时覆盖率普遍较低。结论基于稳健Poisson的随机效应模型收敛率高,参数估计结果与真实值接近,对各固定效应参数估计的95%CI的覆盖率高且稳定,优于Log-binomial随机效应模型。 展开更多
关键词 非独立 稳健Poisson回归 Log-binomial模型 随机效应 患病率比
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稳健Poisson模型:两水平模型与GEE模型在相对危险度或患病率比估计中的应用比较 被引量:1
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作者 周舒冬 郜艳晖 +3 位作者 李丽霞 张敏 杨翌 陈跃 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2013年第5期683-686,共4页
目的在处理具有层次结构特征的非罕见结局事件资料时,比较基于稳健Poisson模型的两水平模型和GEE模型在估计RR/PR时的应用。方法将两水平稳健Poisson模型及稳健Poisson-GEE应用到2010年欧洲社会调查资料,估计影响居民生活满意度的各因... 目的在处理具有层次结构特征的非罕见结局事件资料时,比较基于稳健Poisson模型的两水平模型和GEE模型在估计RR/PR时的应用。方法将两水平稳健Poisson模型及稳健Poisson-GEE应用到2010年欧洲社会调查资料,估计影响居民生活满意度的各因素相关的PR及95%CI,以说明两模型在理论和应用上的区别和联系。结果稳健Poisson-GEE模型的PR估计值与稳健Poisson回归模型相同,但置信区间较宽;两水平稳健Poisson模型的PR值较GEE模型为低,显示了随机效应对解释变量的混杂作用。结论两种方法均可处理具有层次结构特征的非罕见结局事件的RR/PR估计,但两水平模型比GEE可提供更多随机效应的信息,且易于扩展至更高水平或随机系数模型。 展开更多
关键词 层次结构 非罕见结局 稳健Poisson回归 广义估计方程 相对危险度 患病率比
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应用logistic回归模型间接估计RR/PR的方法探讨 被引量:3
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作者 李鹏声 梁融 +2 位作者 周舒冬 郜艳晖 杨翌 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2014年第6期949-951,共3页
目的探讨暴露与非稀有结局的关联研究中,应用logistic回归模型间接估计患病率比和相对危险度的三种方法。方法利用logistic回归模型中预测概率的比值可估计RR/PR,根据协变量的不同取值,可采用条件法、边际法和分层法,RR/PR的置信区间用B... 目的探讨暴露与非稀有结局的关联研究中,应用logistic回归模型间接估计患病率比和相对危险度的三种方法。方法利用logistic回归模型中预测概率的比值可估计RR/PR,根据协变量的不同取值,可采用条件法、边际法和分层法,RR/PR的置信区间用Bootstrap方法估计。将三种方法用于广州市男性人群吸烟与禁烟立法态度关联的实例,以说明方法的实际应用。结果实例中人群对禁烟立法的不赞成率较高(17.72%),应用logistic回归模型间接估计的PR均小于OR值,三种方法结果较一致。结论研究暴露与高发生率结局的关联时,可采用logistic回归模型间接估计RR/PR。实际应用中,可根据研究目的和资料类型具体选择条件法、边际法或分层法。 展开更多
关键词 LOGISTIC回归模型 相对危险度 患病率比
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