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大白猪多群体一步法基因组选择的应用效果分析
被引量:
1
1
作者
卢宇金
黄珍
+4 位作者
许华钊
石少磊
周洁
张哲
谢水华
《广东农业科学》
CAS
2023年第11期113-122,共10页
【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中,基因组选择(GS)方法与传统BLUP方法预测准确性的差异。同时,对比联合评估中GBLUP和一步法GBLUP的应用效果,为联合评估提供参考依据。【方法】使用6个大白猪群体(A~F)的校正达100 kg体重日...
【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中,基因组选择(GS)方法与传统BLUP方法预测准确性的差异。同时,对比联合评估中GBLUP和一步法GBLUP的应用效果,为联合评估提供参考依据。【方法】使用6个大白猪群体(A~F)的校正达100 kg体重日龄(DAYS_100)和校正达100 kg体重背膘厚(BFT_100)2个性状进行分析,并估计遗传力及遗传相关。探究BLUP、GBLUP和ssGBLUP模型在不同群体及合并群体中的预测准确性。【结果】(1)F群体BFT_100性状遗传力较低、仅为0.071,其他群体的BFT_100性状遗传力为0.205~0.383。6个群体的DAYS_100性状遗传力为0.258~0.598。(2)除D群体2个性状间的遗传相关为0.211外,其他群体的遗传相关为负相关(-0.462~-0.200)。(3)对于DAYS_100性状,B、C、E和F群体中GBLUP模型的预测准确性最高。对于BFT_100性状,A、B和C群体中ssGBLUP模型的预测准确性最高,而D和E群体中GBLUP模型的预测准确性最高。(4)F群体与A群体的场间关联率(CR)达3.096%,而在F群体中,使用合并参考群的一步法基因组选择,可以提高BFT_100性状的预测准确性。【结论】在基因型个体数>500且群体占比>7%的群体中,GBLUP或ssGBLUP模型的预测准确性高于BLUP模型;利用ssGBLUP模型对场间关联率达到3%的群体进行联合评估,可提高低遗传力性状的预测准确性。
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关键词
基因组选择
一步法GBLUP(ssGBLUP)
大白猪
合并群体
场间关联率
遗传力
生长性状
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职称材料
长白母猪断奶至配种间隔全基因组关联分析
2
作者
陈信佑
林清
+7 位作者
张笑科
李婷婷
万鹏冲
林长光
黄珍
谢水华
张豪
李加琪
《广东畜牧兽医科技》
2023年第3期30-34,41,共6页
该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型...
该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型进行全基因组关联分析(GWAS),鉴定关联分析显著位点。结果表明,长白母猪第一胎次和第三胎次共存在5个显著SNPs。对5个显著位点进行单倍型分析,获得4个单倍型块。筛选到的BTG1、FUT1、FUT2、SCNN1G和CBLB基因可能是影响断奶至配种间隔性状的重要基因,该研究结果可作为以后种猪育种实践提供参考。
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关键词
全基因组关联分析
断配间隔
GEMMA
长白猪
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职称材料
不同妊娠阶段背膘厚对大白母猪繁殖性能的影响
被引量:
4
3
作者
张和军
谢晓磊
+7 位作者
黄珍
周洁
李步社
韩雪俊
宋团伟
朱小平
孙嘉瑛
姜红菊
《国外畜牧学(猪与禽)》
2023年第1期78-81,共4页
为探讨大白母猪在不同妊娠阶段的背膘厚对繁殖性能的影响,在妊娠前期、中期、后期对怀孕母猪进行背膘测定,根据测定的背膘厚将每个阶段的母猪分为3组,同时记录母猪窝总产仔数、窝产活仔数、产死胎数、初生窝重和仔猪平均初生重。结果表...
为探讨大白母猪在不同妊娠阶段的背膘厚对繁殖性能的影响,在妊娠前期、中期、后期对怀孕母猪进行背膘测定,根据测定的背膘厚将每个阶段的母猪分为3组,同时记录母猪窝总产仔数、窝产活仔数、产死胎数、初生窝重和仔猪平均初生重。结果表明,在妊娠前期,1组(背膘厚<14mm)、2组(背膘厚介于14~19mm)的窝总产仔数分别为13.54头、13.35头,显著高于3组(背膘厚>19mm)的12头(P<0.05);1组、2组的窝产活仔数分别为12.95头、12.86头,显著高于3组的11.35头(P<0.05);1组的初生窝重为20.31kg,极显著高于3组的17.18kg(P<0.01),显著高于2组的19.46kg(P<0.05);1组的平均初生重为1.58kg,显著高于2组的1.53kg(P<0.05)。在妊娠中期,在母猪的窝总产仔数、窝产活仔数、死胎数和平均初生重上3个组均无显著差异;1组的初生窝重为19.71kg,显著高于3组的18.20kg(P<0.05)。妊娠后期母猪在窝总产仔数、窝产活仔数和死胎数上3个组均无显著差异;1组的初生窝重为19.23 kg,显著高于3组的18.24 kg(P<0.05),1组、2组仔猪的平均初生重分别为1.56 kg、1.53 kg,显著高于3组的1.49 kg(P<0.05)。本研究表明,妊娠前期母猪膘情适中对提高窝总产仔数、窝产活仔数和仔猪初生重有积极作用,妊娠中后期背膘厚对窝产仔数没有太大影响,对仔猪初生重影响较大。
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关键词
背膘厚
繁殖性能
妊娠
猪
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职称材料
题名
大白猪多群体一步法基因组选择的应用效果分析
被引量:
1
1
作者
卢宇金
黄珍
许华钊
石少磊
周洁
张哲
谢水华
机构
广东
省农业技术推广中心
华南农业大学动物科学学院
广东艾佩克科技有限公司
出处
《广东农业科学》
CAS
2023年第11期113-122,共10页
基金
广东省乡村振兴战略专项资金种业振兴项目(2022)
国家生猪产业技术体系项目(CARS-35)。
文摘
【目的】探究在拥有大量无基因型参考群的群体中,基因组选择(GS)方法与传统BLUP方法预测准确性的差异。同时,对比联合评估中GBLUP和一步法GBLUP的应用效果,为联合评估提供参考依据。【方法】使用6个大白猪群体(A~F)的校正达100 kg体重日龄(DAYS_100)和校正达100 kg体重背膘厚(BFT_100)2个性状进行分析,并估计遗传力及遗传相关。探究BLUP、GBLUP和ssGBLUP模型在不同群体及合并群体中的预测准确性。【结果】(1)F群体BFT_100性状遗传力较低、仅为0.071,其他群体的BFT_100性状遗传力为0.205~0.383。6个群体的DAYS_100性状遗传力为0.258~0.598。(2)除D群体2个性状间的遗传相关为0.211外,其他群体的遗传相关为负相关(-0.462~-0.200)。(3)对于DAYS_100性状,B、C、E和F群体中GBLUP模型的预测准确性最高。对于BFT_100性状,A、B和C群体中ssGBLUP模型的预测准确性最高,而D和E群体中GBLUP模型的预测准确性最高。(4)F群体与A群体的场间关联率(CR)达3.096%,而在F群体中,使用合并参考群的一步法基因组选择,可以提高BFT_100性状的预测准确性。【结论】在基因型个体数>500且群体占比>7%的群体中,GBLUP或ssGBLUP模型的预测准确性高于BLUP模型;利用ssGBLUP模型对场间关联率达到3%的群体进行联合评估,可提高低遗传力性状的预测准确性。
关键词
基因组选择
一步法GBLUP(ssGBLUP)
大白猪
合并群体
场间关联率
遗传力
生长性状
Keywords
genomic selection
single-step GBLUP(ssGLUP)
Yorkshire
combined populations
connectedness rating
heritability
growth trait
分类号
S114 [农业科学—农业基础科学]
S813.1 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
长白母猪断奶至配种间隔全基因组关联分析
2
作者
陈信佑
林清
张笑科
李婷婷
万鹏冲
林长光
黄珍
谢水华
张豪
李加琪
机构
华南农业大学动物科学学院/
广东
省农业动物基因组学与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程技术研究中心
福建省农业科学院畜牧兽医研究所
广东艾佩克科技有限公司
广东
省农业技术推广中心
出处
《广东畜牧兽医科技》
2023年第3期30-34,41,共6页
基金
国家生猪产业技术体系(CARS-35)。
文摘
该研究旨通过全基因组关联分析定位影响长白母猪断奶至配种间隔的候选基因,以期为我国种猪育种工作提供理论参考。本研究以国家某核心育种场1063头长白母猪的断奶至配种间隔记录和50 K基因数据为研究材料,利用GEMMA软件的混合线性模型进行全基因组关联分析(GWAS),鉴定关联分析显著位点。结果表明,长白母猪第一胎次和第三胎次共存在5个显著SNPs。对5个显著位点进行单倍型分析,获得4个单倍型块。筛选到的BTG1、FUT1、FUT2、SCNN1G和CBLB基因可能是影响断奶至配种间隔性状的重要基因,该研究结果可作为以后种猪育种实践提供参考。
关键词
全基因组关联分析
断配间隔
GEMMA
长白猪
Keywords
Genome⁃wide association analysis
Weaning⁃to⁃serving interval
GEMMA
Landrace Sow
分类号
S814 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
不同妊娠阶段背膘厚对大白母猪繁殖性能的影响
被引量:
4
3
作者
张和军
谢晓磊
黄珍
周洁
李步社
韩雪俊
宋团伟
朱小平
孙嘉瑛
姜红菊
机构
上海祥欣畜禽
有限公司
/上海种猪工程技术研究中心
广东艾佩克科技有限公司
出处
《国外畜牧学(猪与禽)》
2023年第1期78-81,共4页
基金
上海市科技兴农项目“非洲猪瘟区域性防控及生猪复产关键技术集成示范”[项目编号:沪农科推字(2021)第1-6号]。
文摘
为探讨大白母猪在不同妊娠阶段的背膘厚对繁殖性能的影响,在妊娠前期、中期、后期对怀孕母猪进行背膘测定,根据测定的背膘厚将每个阶段的母猪分为3组,同时记录母猪窝总产仔数、窝产活仔数、产死胎数、初生窝重和仔猪平均初生重。结果表明,在妊娠前期,1组(背膘厚<14mm)、2组(背膘厚介于14~19mm)的窝总产仔数分别为13.54头、13.35头,显著高于3组(背膘厚>19mm)的12头(P<0.05);1组、2组的窝产活仔数分别为12.95头、12.86头,显著高于3组的11.35头(P<0.05);1组的初生窝重为20.31kg,极显著高于3组的17.18kg(P<0.01),显著高于2组的19.46kg(P<0.05);1组的平均初生重为1.58kg,显著高于2组的1.53kg(P<0.05)。在妊娠中期,在母猪的窝总产仔数、窝产活仔数、死胎数和平均初生重上3个组均无显著差异;1组的初生窝重为19.71kg,显著高于3组的18.20kg(P<0.05)。妊娠后期母猪在窝总产仔数、窝产活仔数和死胎数上3个组均无显著差异;1组的初生窝重为19.23 kg,显著高于3组的18.24 kg(P<0.05),1组、2组仔猪的平均初生重分别为1.56 kg、1.53 kg,显著高于3组的1.49 kg(P<0.05)。本研究表明,妊娠前期母猪膘情适中对提高窝总产仔数、窝产活仔数和仔猪初生重有积极作用,妊娠中后期背膘厚对窝产仔数没有太大影响,对仔猪初生重影响较大。
关键词
背膘厚
繁殖性能
妊娠
猪
分类号
S815.4 [农业科学—畜牧学]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
大白猪多群体一步法基因组选择的应用效果分析
卢宇金
黄珍
许华钊
石少磊
周洁
张哲
谢水华
《广东农业科学》
CAS
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
长白母猪断奶至配种间隔全基因组关联分析
陈信佑
林清
张笑科
李婷婷
万鹏冲
林长光
黄珍
谢水华
张豪
李加琪
《广东畜牧兽医科技》
2023
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
不同妊娠阶段背膘厚对大白母猪繁殖性能的影响
张和军
谢晓磊
黄珍
周洁
李步社
韩雪俊
宋团伟
朱小平
孙嘉瑛
姜红菊
《国外畜牧学(猪与禽)》
2023
4
在线阅读
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职称材料
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