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内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒的流行特征及其ORF2分子特征分析
1
作者
王树鹏
方苓
+3 位作者
任可
刘锦龙
张宇
白慧敏
《中国预防兽医学报》
CSCD
北大核心
2024年第12期1293-1297,共5页
为调查内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况,并分析其基因特征,本研究从内蒙古包头周边地区共收集猪血清样品186份经ELISA方法检测其HEV IgG抗体;收集猪粪便样品96份提取总RNA,经套式PCR检测HEV ORF2基因,测序后采用MEGA11.0...
为调查内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况,并分析其基因特征,本研究从内蒙古包头周边地区共收集猪血清样品186份经ELISA方法检测其HEV IgG抗体;收集猪粪便样品96份提取总RNA,经套式PCR检测HEV ORF2基因,测序后采用MEGA11.0构建进化树。结果显示,猪血清样品中HEV IgG抗体的总阳性率高达78.49%(146/186);猪粪便样品检测到2份HEV阳性样品,经克隆ORF2部分基因并测序后推导分析氨基酸序列,结果显示2份HEV阳性样品所属HEV基因型为Genotype 4,氨基酸序列分析首次检测到HEV ORF2氨基酸突变位点E^(276)G;HEV ORF2编码病毒衣壳蛋白,包含S(Shell)、M(Middle)和P(Protruding)3个结构域,ColabFold预测结果显示,S结构域的E^(276)G突变可能导致HEV ORF2与受体结合的P结构域的折叠发生约90°偏转。上述结果表明内蒙古包头地区猪群中存在HEV的流行,且感染情况很普遍、感染率较高,主要流行株为HEV Genotype 4,小型饲养场中感染率较饲养散户的感染率更高;2份粪便阳性样品均来自同一养殖场可证明该养殖场正处于HEV感染期;新发现的E^(276)G突变可使HEV ORF2 P结构域折叠发生改变,是否导致HEV抗原性改变仍需进一步探究。本研究揭示了内蒙古包头地区圈养猪群中HEV的感染特征,并首次发现其ORF2 E^(276)G突变对其受体结合区(P区)结构存在潜在影响,为HEV的人兽共患防控和机制研究提供新的依据。
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关键词
戊型肝炎病毒
感染与流行
蛋白质结构预测
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职称材料
一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
被引量：
12
2
作者
陈嘉茵
方苓
+4 位作者
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期332-337,共6页
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus geneg...
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。
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关键词
逆转录微滴数字聚合酶链式反应
一步法
GII型诺如病毒
生菜
回收率
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职称材料
题名
内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒的流行特征及其ORF2分子特征分析
1
作者
王树鹏
方苓
任可
刘锦龙
张宇
白慧敏
机构
内蒙古科技大学包头医学院基础医学与法医学院
广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所
内蒙古包头市昆都仑区
疾病预防控制中心
出处
《中国预防兽医学报》
CSCD
北大核心
2024年第12期1293-1297,共5页
基金
内蒙古自然科学基金(2021MS08059)
2022年度内蒙古自治区留学人员创新创业启动支持项目(HEV嵌合疫苗设计及其ORF3疫苗免疫协同作用的研究)。
文摘
为调查内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒(HEV)的感染情况,并分析其基因特征,本研究从内蒙古包头周边地区共收集猪血清样品186份经ELISA方法检测其HEV IgG抗体;收集猪粪便样品96份提取总RNA,经套式PCR检测HEV ORF2基因,测序后采用MEGA11.0构建进化树。结果显示,猪血清样品中HEV IgG抗体的总阳性率高达78.49%(146/186);猪粪便样品检测到2份HEV阳性样品,经克隆ORF2部分基因并测序后推导分析氨基酸序列,结果显示2份HEV阳性样品所属HEV基因型为Genotype 4,氨基酸序列分析首次检测到HEV ORF2氨基酸突变位点E^(276)G;HEV ORF2编码病毒衣壳蛋白,包含S(Shell)、M(Middle)和P(Protruding)3个结构域,ColabFold预测结果显示,S结构域的E^(276)G突变可能导致HEV ORF2与受体结合的P结构域的折叠发生约90°偏转。上述结果表明内蒙古包头地区猪群中存在HEV的流行,且感染情况很普遍、感染率较高,主要流行株为HEV Genotype 4,小型饲养场中感染率较饲养散户的感染率更高;2份粪便阳性样品均来自同一养殖场可证明该养殖场正处于HEV感染期;新发现的E^(276)G突变可使HEV ORF2 P结构域折叠发生改变,是否导致HEV抗原性改变仍需进一步探究。本研究揭示了内蒙古包头地区圈养猪群中HEV的感染特征,并首次发现其ORF2 E^(276)G突变对其受体结合区(P区)结构存在潜在影响,为HEV的人兽共患防控和机制研究提供新的依据。
关键词
戊型肝炎病毒
感染与流行
蛋白质结构预测
Keywords
hepatitis E virus
infection and prevalence
protein structure prediction
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
被引量：
12
2
作者
陈嘉茵
方苓
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
机构
暨南大学理工学院食品科学与工程系
广东省疾病预防控制中心病原微生物检验所
香港中文大学生命科学学院食品及营养学部
出处
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019年第4期332-337,共6页
基金
2015年度广东省公益研究与能力建设专项(2015A030401042)
2015年广东省国际合作项目(2015A050502030)
2016年广东省前沿与科技创新专项粤港联合创新项目(2016A050503031)
文摘
目的:采用逆转录微滴数字聚合酶链式反应(reverse transcription droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术和QX200 Droplet Digital PCR System,建立一步法RT-ddPCR高灵敏快速检测生菜中GII型诺如病毒(norovirus genegroup II,NoV GII)的方法。方法:优化RT-ddPCR检测NoV GII的反应体系;通过10倍梯度稀释的NoV GII线性阳性质粒确定RT-ddPCR的检测范围;利用其他常见的肠道病毒核酸(非GII型诺如病毒)作为反应模板,与NoV GII核酸同时进行RT-ddPCR,判定反应体系的特异性,并通过不同时间多次检测样品的方式判断该检测方法的稳定性。采用ISO/TS 15216-1:2013食品中诺如病毒RNA提取方法,对人工染毒不同水平(高、中、低)的NoVGII生菜样品进行检测,同时研究去除抑制物前后对RT-ddPCR检测的影响,并与逆转录定量聚合酶链式反应(reverse transcription quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)进行检测回收率的对比,探究RT-ddPCR在食品中NoV GII快速与定量检测上的发展潜力与应用前景。结果:RT-ddPCR的最高检测限为8.47×104 copies/μL,最低检测限为2.12 copies/μL,RT-ddPCR扩增效率为95.44%,标准曲线相关系数为0.997 3。在不同浓度人工染毒生菜样品中,抑制物的存在对ddPCR回收率检测结果没有显著性差异。在高、中染毒浓度下,抑制物对RT-qPCR与RT-ddPCR回收率检测结果影响不显著。低浓度下,未去除抑制物的RT-qPCR法平均回收率仅1.43%,与去除抑制物后的RT-qPCR检测结果(平均回收率为9.71%)有显著差异,且与RT-ddPCR的检测结果(未去除抑制物的RT-ddPCR平均回收率为11.80%,去除抑制物后平均回收率为12.53%)存在显著性差异。结论:生菜抑制物对RT-ddPCR的检测影响不显著,利用RT-ddPCR可有效测出低浓度的受污染样品,避免用现有的RT-qPCR方法因抑制物带来的"假阴性"检测结果。本实验建立的RT-ddPCR方法能高效、灵敏地检测出受污染食品中NoV GII的低病毒含量,在食源性病毒检测中具有可观的发展潜力和应用前景。
关键词
逆转录微滴数字聚合酶链式反应
一步法
GII型诺如病毒
生菜
回收率
Keywords
reverse transcription droplet digital PCR(RT-ddPCR)
one-step procedure
norovirus genogroup II(NoV GII)
lettuce
recovery rate
分类号
R155.5 [医药卫生—营养与食品卫生学]
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被引量
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1
内蒙古包头地区猪戊型肝炎病毒的流行特征及其ORF2分子特征分析
王树鹏
方苓
任可
刘锦龙
张宇
白慧敏
《中国预防兽医学报》
CSCD
北大核心
2024
0
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职称材料
2
一步法微滴数字PCR检测生菜中GII型诺如病毒
陈嘉茵
方苓
吴诗微
唐书泽
张志强
李晖
吴希阳
《食品科学》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2019
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