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基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
1
作者
冯玉飞
金珊
+3 位作者
王玉冰
鲁印飞
庞丽娟
刘克坚
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期749-758,共10页
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Li...
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Limma”包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs。采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因)。绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值。采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性。结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs。GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等。KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。PPI网络,前10位Hub基因中CD19具有最高节点。与non-ISR组比较,ISR组样本中CD19 mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。CD19 mRNA表达的ROC曲线中AUC值为0.92(P<0.05)。免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、 CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05)。结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展。CD19可作为诊断ISR的生物标志物。
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关键词
支架内再狭窄
CD19
差异表达免疫相关基因
免疫浸润
生物标志物
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职称材料
题名
基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
1
作者
冯玉飞
金珊
王玉冰
鲁印飞
庞丽娟
刘克坚
机构
石河子大学第一附属
医院
心内一科
石河子大学医学院
病理
系
石河子大学第一附属
医院
病理科
广东省湛江市湛江中心人民医院病理科
出处
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第3期749-758,共10页
基金
国家自然科学基金项目(82060054)
新疆生产建设兵团科技局财政科技计划项目(2020BC003)
+5 种基金
广东省湛江市科技局科技发展基础研究专题专项(2022A01028)
广东省湛江市科技局疾病防治重点项目(2022A01103)
2022年度湛江中心人民医院院级高层次人才科研启动经费项目(2022A15,2022A16)
石河子大学科研项目(ZZZC202022A)
新疆维吾尔自治区研究生教育创新计划项目(XJ2022G110)
石河子大学第一附属医院博士基金项目(BS202205)。
文摘
目的:筛选支架内再狭窄(ISR)中差异表达的免疫相关基因(DEIRGs),分析ISR中免疫细胞浸润情况,并阐明ISR发生发展的机制。方法:由基因表达数据库(GEO)下载GSE46560数据集样本mRNA基因表达数据,分为ISR组与非ISR(non-ISR)组。采用R软件“Limma”包筛选出差异表达基因(DEGs)并与免疫相关基因(IRGs)交集获得ISR中DEIRGs。采用R软件进行DEIRGs的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,采用STRING数据库构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,以Cytoscape软件可视化并计算核心基因(Hub基因)。绘制Hub基因的受试者工作特征(ROC)曲线,计算ROC曲线下面积(AUC),并评价其诊断价值。采用CIBERSORT软件分析ISR中免疫细胞浸润情况,Pearson相关分析法分析免疫细胞间及其与关键基因之间的相关性。结果:共鉴定出331个DEGs(P<0.05,|log_(2)FC|>1),其中176个基因表达上调,155个基因表达下调,获得38个DEIRGs。GO功能富集分析,在生物过程(BP)中DEIRGs主要富集在防御反应、免疫反应和免疫系统;在细胞组分(CC)中DEIRGs主要定位于胞外区和细胞质膜等;在分子功能(MF)中主要参与调控信号受体结合和细胞因子受体活性等。KEGG信号通路富集分析,ISR中DEIRGs主要富集于磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。PPI网络,前10位Hub基因中CD19具有最高节点。与non-ISR组比较,ISR组样本中CD19 mRNA表达水平明显升高(P<0.05)。CD19 mRNA表达的ROC曲线中AUC值为0.92(P<0.05)。免疫细胞浸润分析,与non-ISR组比较,ISR组患者滤泡辅助性T淋巴细胞(Tfh)浸润水平升高(P<0.05),初始B淋巴细胞、 CD8+T淋巴细胞、幼稚CD4+T淋巴细胞和M0巨噬细胞等浸润水平升高,但差异无统计学意义(P>0.05),记忆性B淋巴细胞、活化性记忆CD4+T淋巴细胞、调节性T淋巴细胞、静息性自然杀伤(NK)细胞、活化性NK细胞、单核细胞、静息性肥大细胞和中性粒细胞等浸润水平降低,但差异无统计学意义(P>0.05)。Tfh与M0巨噬细胞和静息肥大细胞等呈正相关关系(r=0.88,P<0.05;r=0.68,P<0.05),与单核细胞和中性粒细胞呈负相关关系(r=-0.49,P<0.05;r=-0.42,P<0.05)。结论:CD19可能通过调控PI3K-AKT信号通路激活影响Tfh和B淋巴细胞,促进ISR的发生发展。CD19可作为诊断ISR的生物标志物。
关键词
支架内再狭窄
CD19
差异表达免疫相关基因
免疫浸润
生物标志物
Keywords
In-stent restenosis
CD19
Differentially expressed immune-related gene
Immune infiltration
Biomarker
分类号
R392.12 [医药卫生—免疫学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于经皮冠状动脉介入治疗术后支架内再狭窄的免疫相关基因及免疫细胞浸润的生物信息学分析
冯玉飞
金珊
王玉冰
鲁印飞
庞丽娟
刘克坚
《吉林大学学报（医学版）》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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