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卵形鲳鲹生物学及繁养殖技术研究进展
1
作者 陈华谱 《大连海洋大学学报》 北大核心 2025年第1期1-11,共11页
卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是海水网箱、深远海大型化设施养殖的优良品种。近年来,中国卵形鲳鲹养殖业快速发展,卵形鲳鲹繁养殖关键技术获得突破,但其基础生物学及遗传育种研究相对薄弱导致的养殖性能下降等问题已成为产业可持续发... 卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)是海水网箱、深远海大型化设施养殖的优良品种。近年来,中国卵形鲳鲹养殖业快速发展,卵形鲳鲹繁养殖关键技术获得突破,但其基础生物学及遗传育种研究相对薄弱导致的养殖性能下降等问题已成为产业可持续发展的瓶颈。为揭示产业研究发展现状,本文综述了卵形鲳鲹的生物学特征,包括资源分布、栖息环境、形态及和繁殖生物学特征等,总结了近年来相关人工繁育与养殖、生理生态、遗传学等方面的研究成果,并结合卵形鲳鲹资源开发、养护及发展前景提出了未来的研究方向,包括良种选育、基础遗传机制、性腺发育调控机制及新品系开发4个方面,以期为未来卵形鲳鲹产业的稳定发展提供有益参考。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 生物学 繁育 养殖
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2株水产病原气单胞菌拮抗菌的筛选鉴定及生物学特性 被引量：7
2
作者 龙梦 樊慧敏 +5 位作者 江遥 夏洪丽 程俊 喻大鹏 夏立群 鲁义善 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期927-937,共11页
气单胞菌是水产养殖鱼类的重要病原菌,暂无针对多种气单胞菌感染防治的有效措施。红树林沉积物中芽孢杆菌丰富,是活性微生物的重要储库。笔者自深圳东涌红树林沉积物中筛选获得2株对6种鱼类病原性气单胞菌均具有较强拮抗活性的菌株AH10... 气单胞菌是水产养殖鱼类的重要病原菌,暂无针对多种气单胞菌感染防治的有效措施。红树林沉积物中芽孢杆菌丰富,是活性微生物的重要储库。笔者自深圳东涌红树林沉积物中筛选获得2株对6种鱼类病原性气单胞菌均具有较强拮抗活性的菌株AH10和AQ1,基于形态学、生理生化特性和分子生物学分析结果,将2株拮抗菌鉴定为解淀粉芽孢杆菌和贝莱斯芽孢杆菌。生物学特性测试结果表明,2株菌的生长特性相似,最适生长温度为32℃、pH 5~7、盐度0~20。药敏试验结果显示,2株菌除对四环素耐药、对链霉素中度敏感外,对绝大多数抗生素均高度敏感。拮抗试验结果显示,2株菌除对嗜水气单胞菌、舒氏气单胞菌等6种气单胞菌具有拮抗作用外,亦均对爱德华氏菌、类志贺邻单胞菌等水产病原菌具有拮抗作用。其中,解淀粉芽孢杆菌AH10和贝莱斯芽孢杆菌AQ1分别对类志贺邻单胞菌和杀鲑气单胞菌的拮抗作用最强。生物安全试验表明,2株菌对斑马鱼和鲢均无致病性,生物安全性良好。本研究结果可为水产养殖中气单胞菌病的生物防治提供新的微生物资源,具有较好的应用前景和进一步研究价值。 展开更多
关键词 气单胞菌 出血性败血症 贝莱斯芽孢杆菌 解淀粉芽孢杆菌 拮抗活性 益生菌
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我国华南地区罗非鱼源无乳链球菌分子流行病学研究 被引量：7
3
作者 王蓓 黎源 +6 位作者 陈贺 李桂欢 鲁义善 汤菊芬 蔡佳 吴灶和 简纪常 《水产科学》 CAS 北大核心 2014年第12期741-749,共9页
为了解我国3个地区(广东省、广西省和海南省)罗非鱼源无乳链球菌临床株的遗传背景及进化关系,对2010—2011年间采集分离的128株链球菌,采用Bio-MerieuxVITEK进行生理生化分析和16SrRNA法鉴定菌株类型,并运用多位点序列分型技术,确定其... 为了解我国3个地区(广东省、广西省和海南省)罗非鱼源无乳链球菌临床株的遗传背景及进化关系,对2010—2011年间采集分离的128株链球菌,采用Bio-MerieuxVITEK进行生理生化分析和16SrRNA法鉴定菌株类型,并运用多位点序列分型技术,确定其等位基因谱型及菌株序列型。试验结果表明,通过对分离菌株的生理生化及16SrRNA基因进行分析,确认有104株为无乳链球菌,这104株分属1个已知克隆系ST-7和2个未知克隆系NST-1和NST-2,其中NST-1克隆系所占比列最多,占88.5%(92/104)。本研究结果揭示了我国南方3个地区无乳链球菌分离株呈多克隆系并存,以新型NST-1克隆系为主,应加强对新克隆系的病原学监测。应用MLST分子分型技术,初步揭示了我国南方3个地区罗非鱼源无乳链球菌的遗传进化关系。 展开更多
关键词 无乳链球菌 16S RRNA基因 多位点序列分析 分子流行病学
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溶藻弧菌dldh基因突变株的构建及其生物学功能研究 被引量：3
4
作者 庞欢瑛 陈立明 +3 位作者 黄郁葱 简纪常 鲁义善 吴灶和 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期161-167,共7页
为揭示二氢硫辛酰胺脱氢酶(Dihydrolipoamide dehydrogenase,DLDH)在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)致病中的作用,以pRE112自杀质粒为载体,应用插入失活突变法构建dldh基因插入突变株,比较分析了野生株ZJ03与缺失株ZJ03Δdldh在生长、... 为揭示二氢硫辛酰胺脱氢酶(Dihydrolipoamide dehydrogenase,DLDH)在溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)致病中的作用,以pRE112自杀质粒为载体,应用插入失活突变法构建dldh基因插入突变株,比较分析了野生株ZJ03与缺失株ZJ03Δdldh在生长、泳动能力、酶活性、生物膜形成、致病性的表现。结果表明,dldh基因的突变,使溶藻弧菌生长的迟缓期延长、泳动能力显著减弱(P<0.05),酶活性显著降低(P<0.05),生物膜生成显著减少(P<0.05),对石斑鱼(Epinephelus coioides)的致病性也明显减弱(P<0.05)。本研究为从细菌能量代谢角度研究弧菌的致病机制提供理论依据。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 dldh缺失株 生物特性
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慕课时代水产动物疾病学教学改革 被引量：4
5
作者 闫秀英 简纪常 +4 位作者 蔡双虎 黄郁葱 李俊辉 鲁义善 蔡佳 《安徽农业科学》 CAS 2017年第2期253-255,共3页
分析了水产动物疾病学教学中存在的问题,以提高教学效果和培养综合素质高的人才为理念,围绕教师、学生、教学内容、教学方式、实验和实践等方面进行了教学改革探讨,旨在与时俱进地顺应社会需求,提升水产学的人才培养质量。
关键词 水产动物疾病学 慕课 教学改革 信息技术
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红笛鲷弧菌病血清流行病学研究方法的建立 被引量：2
6
作者 简贺君 简纪常 +2 位作者 吴灶和 鲁义善 张丽敏 《广东海洋大学学报》 CAS 2007年第4期45-48,共4页
以红笛鲷Lutjanus sanguineus弧菌病的主要病原菌——溶藻弧菌Vibrio alginolyticus为抗原制备兔抗血清,以辣根过氧化酶标记的羊抗兔血清为酶标二抗,建立了酶联免疫吸附试验检测技术。通过棋盘滴定法测定,得出溶藻弧菌菌悬液的最佳工作... 以红笛鲷Lutjanus sanguineus弧菌病的主要病原菌——溶藻弧菌Vibrio alginolyticus为抗原制备兔抗血清,以辣根过氧化酶标记的羊抗兔血清为酶标二抗,建立了酶联免疫吸附试验检测技术。通过棋盘滴定法测定,得出溶藻弧菌菌悬液的最佳工作浓度为5×108mL-1,兔抗溶藻弧菌血清的最佳稀释度为1∶16000,酶标羊抗兔抗体的最佳稀释度为1∶2000。应用本实验建立的间接双抗体夹心法对红笛鲷进行现场检测,患病红笛鲷特异性抗体的检出率为70%,外观健康红笛鲷的检出率为20%。结果表明,本实验所建立的酶联免疫吸附试验(ELISA)检测法可以用于红笛鲷弧菌病的血清流行病学研究,而且可以检测出隐性感染状态下的红笛鲷。 展开更多
关键词 红鳍笛鲷 酶联免疫吸附试验 弧菌病 特异性抗体
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鱼类淋巴囊肿病毒的分子生物学研究进展 被引量：2
7
作者 闫秀英 孙修勤 《安徽农业科学》 CAS 2013年第10期4395-4397,4420,共4页
鱼类淋巴囊肿病毒(Lymphocystis disease virus,LCDV)遍布全球,且宿主范围广,给水产养殖业造成了严重的损失。国内外学者对LCDV进行了系统的研究。随着对LCDV分子生物学研究的深入,将会建立更加有效防控淋巴囊肿病的途径。对鱼类淋巴囊... 鱼类淋巴囊肿病毒(Lymphocystis disease virus,LCDV)遍布全球,且宿主范围广,给水产养殖业造成了严重的损失。国内外学者对LCDV进行了系统的研究。随着对LCDV分子生物学研究的深入,将会建立更加有效防控淋巴囊肿病的途径。对鱼类淋巴囊肿病毒的分子生物学特征、多样性及分子系统学、比较基因组学、功能基因、分子生物学致病机理和病鱼自愈机制及淋巴囊肿病检测、诊断和预防等的分子生物学方法等进行了综述。 展开更多
关键词 淋巴囊肿病毒(Lymphocystis DISEASE virus) 分子生物学 研究进展
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水生动物病原菌Ⅵ型分泌系统(T6SS)及其溶血素共调节蛋白研究进展 被引量：1
8
作者 伍水龙 黄瑜 +3 位作者 王蓓 汤菊芬 蔡佳 简纪常 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期162-171,共10页
Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS)是多种革兰氏阴性菌编码的蛋白分泌装置,在毒力因子释放、生物被膜形成、铁离子摄取、囊泡运输、环境压力适应性及细菌胞内存活等方面发挥着重要功能,在副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)... Ⅵ型分泌系统(typeⅥsecretion system,T6SS)是多种革兰氏阴性菌编码的蛋白分泌装置,在毒力因子释放、生物被膜形成、铁离子摄取、囊泡运输、环境压力适应性及细菌胞内存活等方面发挥着重要功能,在副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)、哈维氏弧菌(Vibrio harveyi)、嗜水气单胞菌(Aeromonas hydrophila)和迟钝爱德华氏菌(Edwardsiella tarda)等水生动物病原菌的致病过程中发挥着关键作用。然而,有关水生动物病原菌T6SS组分及其功能的报道还比较匮乏。本文对几种水生动物病原菌T6SS的生物学功能与调控机理,以及T6SS关键调控因子溶血素共调节蛋白Hcp的系统进化关系与功能等最新研究情况进行了综述,并在水生动物病原菌T6SS的生物学功能、T6SS活性调控与环境因素的关联性、T6SS与致病菌代谢之间的调控关系等方面提出未来研究建议,以期为进一步开展水生动物致病机制研究及水产养殖细菌病的防控提供新思路。 展开更多
关键词 Ⅵ型分泌系统 水生动物病原菌 溶血素共调节蛋白 系统进化树 功能位点
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草鱼出血病分子流行病学及GCRV多样性研究 被引量：5
9
作者 黄毅昌 雷燕 +3 位作者 杨玉滔 闫秀英 简纪常 吴灶和 《安徽农业科学》 CAS 2016年第11期120-125,153,共7页
[目的]分析不同基因型GCRV分离株与患草鱼出血病草鱼症状的相关性。[方法]采用RT-PCR检测患病草鱼,应用生物信息学方法分析基因型内和基因型间不同分离株间的差异。[结果]对近3年来草鱼出血病分子流行病学分析发现,患草鱼出血病病鱼多为... [目的]分析不同基因型GCRV分离株与患草鱼出血病草鱼症状的相关性。[方法]采用RT-PCR检测患病草鱼,应用生物信息学方法分析基因型内和基因型间不同分离株间的差异。[结果]对近3年来草鱼出血病分子流行病学分析发现,患草鱼出血病病鱼多为"肠炎型"症状,且检测发现其病原多属于GCRV基因型Ⅲ型。对GCRV的多样性分析表明,不同分离株同源蛋白的同源率高达93%以上,却被给予完全不同的名称,给GCRV多样性研究带来一定的困难;同一基因型不同分离株同源蛋白间的变异位点较少,且功能位点发生变异的更少;不同基因型不同分离株同源蛋白间的保守位点较少,且这些保守位点中只有极少数位点为功能位点;不同基因型分离株同源结构蛋白间存在较大的差异,且同源非结构蛋白间的差异更为显著。[结论]草鱼出血病不同临床症状可能与其病原基因型不同有关。 展开更多
关键词 草鱼呼肠孤病毒 草鱼出血病 分子流行病学 多样性
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溶藻弧菌胱硫醚-β-合成酶基因cbs的克隆、生物学信息分析及原核表达 被引量：2
10
作者 陈树河 常云胜 +2 位作者 刘晖晖 周维 丁燏 《广东海洋大学学报》 CAS 2016年第3期20-28,共9页
提取溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)的总DNA,克隆溶藻弧菌胱硫醚-β-合成酶基因cbs,对其进行生物信息学分析。结果表明,所克隆溶藻弧菌cbs基因的开放阅读框为1 095 bp,编码364个氨基酸。氨基酸序列比对发现,溶藻弧菌的CBS蛋白与其他弧... 提取溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)的总DNA,克隆溶藻弧菌胱硫醚-β-合成酶基因cbs,对其进行生物信息学分析。结果表明,所克隆溶藻弧菌cbs基因的开放阅读框为1 095 bp,编码364个氨基酸。氨基酸序列比对发现,溶藻弧菌的CBS蛋白与其他弧菌的CBS相似性极高,与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)CBS氨基酸序列相似性达98%;CBS蛋白质的二级结构为典型的"α+β"折叠模式,无跨膜结构及信号肽。构建cbs基因表达载体(p GEX-cbs)以表达重组蛋白,结果显示,cbs基因在大肠杆菌BL21中高效表达,可表达出分子质量约为66.4 ku的融合蛋白。对表达条件进行优化,发现在37℃、IPTG浓度0.6 mmol/L的条件下诱导5 h后,CBS蛋白的表达量较多,该蛋白主要以包涵体形式存在。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 胱硫醚-Β-合成酶 基因克隆 生物学信息分析 原核表达
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抗溶藻弧菌的芽孢杆菌的筛选、鉴定及其生物学特性分析 被引量：4
11
作者 王琳晶 丁燏 《饲料研究》 CAS 北大核心 2022年第10期61-65,共5页
试验筛选对溶藻弧菌HY9901具有拮抗作用的芽孢杆菌。于广东湛江海域的红树林根部土壤中分离出117株芽孢杆菌,通过初筛和复筛,获得1株对溶藻弧菌HY9901具有较强抑制作用的ZJ2009菌株,对其鉴定以及生物学特性分析。结果显示:ZJ2009菌株为... 试验筛选对溶藻弧菌HY9901具有拮抗作用的芽孢杆菌。于广东湛江海域的红树林根部土壤中分离出117株芽孢杆菌,通过初筛和复筛,获得1株对溶藻弧菌HY9901具有较强抑制作用的ZJ2009菌株,对其鉴定以及生物学特性分析。结果显示:ZJ2009菌株为解淀粉芽孢杆菌;在瓶装载量10%~20%,初始pH值6.0~8.0、添加1.5%NaCl的BHI培养基中培养12 h以上生长最佳;该菌株具有广谱抑菌性,无溶血现象,对斑马鱼无毒副作用且具有一定的保护率。研究表明,解淀粉芽孢杆菌用于抑制溶藻弧菌,为弧菌病的防治提供新思路,在水产养殖领域具有开发潜能。 展开更多
关键词 拮抗作用 溶藻弧菌 解淀粉芽孢杆菌 生物学特性
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溶藻弧菌gr基因缺失株构建及其生物学特性 被引量：2
12
作者 冯建儒 范晨龙 丁燏 《广东海洋大学学报》 CAS 北大核心 2021年第4期1-7,共7页
【目的】研究敲除谷胱甘肽还原酶(GR)基因gr对溶藻弧菌HY9901生物学特性的影响。【方法】通过同源重组技术和Overlap PCR等分子生物学手段构建溶藻弧菌HY9901的gr基因缺失株,通过反转录验证并检测其遗传稳定性,绘制该菌的野生株和缺失... 【目的】研究敲除谷胱甘肽还原酶(GR)基因gr对溶藻弧菌HY9901生物学特性的影响。【方法】通过同源重组技术和Overlap PCR等分子生物学手段构建溶藻弧菌HY9901的gr基因缺失株,通过反转录验证并检测其遗传稳定性,绘制该菌的野生株和缺失株的生长曲线,测定该菌野生株和缺失株的生物膜形成能力、抗生素敏感性、胞外蛋白酶活性和泳动能力等生物学特性。【结果】gr基因的缺失几乎不影响溶藻弧菌的生长趋势,但敲除gr基因后溶藻弧菌对呋喃唑酮、头孢唑林、四环素等敏感性增强,该菌的生物膜形成能力增强显著提高。缺失株△gr的胞外蛋白酶活性和泳动能力均低于野生株。【结论】谷胱甘肽还原酶在溶藻弧菌的毒力、生物膜形成、药物敏感性、泳动等方面有重要作用。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 谷胱甘肽还原酶 缺失株 生物学特性 同源重组
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溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统分子伴侣护航蛋白VscO的基因克隆及其生物信息学分析 被引量：14
13
作者 庞欢瑛 周泽军 +3 位作者 丁燏 黄郁葱 吴灶和 简纪常 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期155-161,共7页
克隆了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)ZJ03株Ⅲ型分泌系统(T3SS)分子伴侣护航蛋白(Chaperone escort protein)vscO基因,并对其进行生物信息学分析。结果表明,vscO基因全长462 bp,编码153个氨基酸,理论分子量约为18.43 kD,pI值为9.22。... 克隆了溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)ZJ03株Ⅲ型分泌系统(T3SS)分子伴侣护航蛋白(Chaperone escort protein)vscO基因,并对其进行生物信息学分析。结果表明,vscO基因全长462 bp,编码153个氨基酸,理论分子量约为18.43 kD,pI值为9.22。细胞定位分析显示vscO基因位于外周质,不存在信号肽,无跨膜区。vscO基因具有转录起始区-35区和-10区,以及翻译识别信号SD序列(Shine-Dalgarno sequence)。该氨基酸序列含有多种活性位点,如蛋白激酶C磷酸化位点等。系统进化树发现溶藻弧菌的VscO蛋白与副溶血弧菌聚为同一亚族。VscO亚基三维结构模型显示其与副溶血弧菌T3SS的YscO蛋白有相似构型。信号通路分析推测VscO位于T3SS的针状样结构上。蛋白网络互作图谱发现VscO与10种T3SS蛋白具有相邻关系。本研究结果将为溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统护航机制的研究奠定基础。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 Ⅲ型分泌系统(T3SS) 分子伴侣护航vscO基因
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溶藻弧菌二氢硫辛酰胺脱氢酶基因克隆及其生物信息学分析 被引量：9
14
作者 庞欢瑛 陈立明 +4 位作者 蔡佳 汤菊芬 王蓓 吴灶和 简纪常 《广东海洋大学学报》 CAS 2014年第1期1-8,共8页
根据溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)二氢硫辛酰胺脱氢酶(dihydrolipoamide dehydrogenase,DLD)的基因序列设计1对特异性引物。PCR扩增结果显示,DLD(GenBank登录号AGK62253)全长1 428 bp,共编码475个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列... 根据溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)二氢硫辛酰胺脱氢酶(dihydrolipoamide dehydrogenase,DLD)的基因序列设计1对特异性引物。PCR扩增结果显示,DLD(GenBank登录号AGK62253)全长1 428 bp,共编码475个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为50.998 ku,等电点为5.51。细胞定位、SignalP 4.0、TMHMM Server 2.0和SoftBerry-Psite预测结果显示,DLD位于细胞质中,在第29至30个氨基酸之间存在信号肽,不存在跨膜区,氨基酸序列含有1个Asn-糖基化位点、5个蛋白激酶C磷酸化位点、6个酪蛋白激酶II磷酸化位点等多个活性位点。系统进化树结果显示,溶藻弧菌DLD与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)聚为一簇。用Kyte-Doolittle亲水性参数、Karplus-Schulz柔韧性参数、Emini表面可及性参数和Jameson-Wolf抗原性参数分别预测,DLD可能的B细胞抗原优势表位分别是第5~10、106~110、120~125、158~163和175~180区段。利用SWISS-MODEL软件,模拟DLD亚基三维结构模型,结果显示其与大肠杆菌(Escherichia coli)DLD蛋白有相似构型。Kegg分析发现,其涉及糖酵解和糖异生等9条信号通路。从生物信息学角度验证了DLD作为弧菌共同抗原的可行性。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 基因克隆 二氢硫辛酰胺脱氢酶 生物信息学分析
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溶藻弧菌Ⅲ型分泌系统vscP基因的克隆与生物信息学分析 被引量：6
15
作者 李静 庞欢瑛 +3 位作者 简纪常 鲁义善 汤菊芬 吴灶和 《广东海洋大学学报》 CAS 2016年第4期30-36,共7页
根据NCBI上登录的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列,设计一对克隆溶藻弧菌HY9901株Ⅲ型分泌系统"分子尺"蛋白VscP全长基因的特异性引物,PCR扩增获得基因的全长片段。结果显示,vsc P(Gen Bank登录号FR780678)开放... 根据NCBI上登录的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列,设计一对克隆溶藻弧菌HY9901株Ⅲ型分泌系统"分子尺"蛋白VscP全长基因的特异性引物,PCR扩增获得基因的全长片段。结果显示,vsc P(Gen Bank登录号FR780678)开放阅读框ORF为1 206 bp,共编码401个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子质量约为44.4 ku,等电点为5.72。Signal 4.1 Server和TMHMM Server 2.0预测结果表明,VscP无信号肽与跨膜结构域。Soft Berry-Psite预测结果显示,VscP含有3个N端糖基化位点,2个cAMP及c GMP依赖性蛋白激酶磷酸化位点,5个蛋白激酶C磷酸化位点,9个酪蛋白激酶II磷酸化位点,2个N端豆蔻酰基化位点,1个酰胺化位点和3个微体C末端靶信号位点。运用MEGA6.0构建的VscP系统进化树显示,溶藻弧菌VscP与副溶血弧菌(V.parahaemolyticus)聚为一簇。应用SWISS-MODEL软件构建VscP亚基三维结构模型发现,其与鞭毛Fil K蛋白有相似构型。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 III 型分泌系统 基因克隆 生物信息学分析 vscP
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卵形鲳鲹PPARα基因cDNA序列的克隆、组织表达及生物信息学分析 被引量：3
16
作者 方玲玲 陈刚 +4 位作者 王忠良 汤保贵 张健东 黄建盛 周晖 《广东海洋大学学报》 CAS 2015年第4期1-9,共9页
采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明... 采用RACE-PCR 克隆卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome proliferator activated receptors-α,PPAR α）基因的cDNA 序列全长,并应用生物信息学方法分析其编码蛋白质的理化性质和结构特征.结果表明：卵形鲳鲹PPAR α 基因（GenBank 登录号KP893147） cDNA 全长1 930 bp,开放阅读框（ORF）为1 425 bp,共编码474 个氨基酸,其编码的蛋白质为不稳定蛋白,无信号肽和跨膜结构,二级结构由α 螺旋、β转角、伸展片段和无规则卷曲组成,且α 螺旋占较大比例;预测显示,该蛋白有PPARs 基因家族典型的DNA 结合区（DBD）和配体结合区（LBD）;序列对比表明,卵形鲳鲹PPAR α 基因与尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）、花鲈（Lateolabrax japonicas）、大黄鱼（Larimichthys crocea）、金头鲷（Sparus aurata）、军曹鱼（Rachycentroncanadum）等有较高的同源性（81% - 89%）;蛋白系统进化树分析显示,在人（Homo sapiens）、鼠（Mus musculus）、鸭（Gallus gallus）、花鲈、大黄鱼、军曹鱼等动物中,卵形鲳鲹的PPAR α 蛋白与军曹鱼的进化关系最为密切（94%）,与人（68%）、鼠（68%）、鸭（67%）等的同源性较低.荧光定量分析显示,卵形鲳鲹PPAR α mRNA 在脑、肾脏、肠、脾脏等组织表达水平较高,其次是皮肤、肌肉,在心脏、肝脏中表达量较低. 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARα) 基因 克隆 cDNA末端快速扩增(RACE) 生物信息学 组织表达
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草鱼呼肠孤病毒096 vp7基因生物信息学分析及其酵母表达载体的构建 被引量：3
17
作者 郑树城 谢吉国 +4 位作者 王雅 蔡双虎 简纪常 吴灶和 闫秀英 《广东海洋大学学报》 CAS 2014年第6期31-37,共7页
草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)是草鱼出血病的病原。从患病草鱼体内分离到一株草鱼呼肠孤病毒GCRV 096,经反转录PCR,克隆得GCRV 096长度为855 bp的vp7基因,并分析该基因编码蛋白的特性。结果表明,同一基因型分离株VP7蛋白... 草鱼呼肠孤病毒(Grass carp reovirus,GCRV)是草鱼出血病的病原。从患病草鱼体内分离到一株草鱼呼肠孤病毒GCRV 096,经反转录PCR,克隆得GCRV 096长度为855 bp的vp7基因,并分析该基因编码蛋白的特性。结果表明,同一基因型分离株VP7蛋白间的差异不大,但不同基因型分离株VP7蛋白间存在很大的差异。对GCRV 096 VP7蛋白生物信息学分析表明,信号肽位点位于20氨基酸处,且VP7含有4个潜在的抗原决定簇。构建GCRV 096 vp7基因的酵母表达载体p GBKT7-S10,并成功转化至酵母中。 展开更多
关键词 草鱼呼肠孤病毒 VP7基因 生物信息学 酵母表达载体
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溶藻弧菌HY9901外膜蛋白OmpH的基因克隆及其生物信息学分析 被引量：2
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作者 周泽军 庞欢瑛 +2 位作者 丁燏 简纪常 吴灶和 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期116-122,共7页
根据已发表的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列设计1对特异性引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株外膜蛋白OmpH的全长基因。结果显示,该基因(GenBank登录号:JX855924)全长573 bp,共编码190个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测... 根据已发表的溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)全基因组序列设计1对特异性引物,PCR扩增溶藻弧菌HY9901株外膜蛋白OmpH的全长基因。结果显示,该基因(GenBank登录号:JX855924)全长573 bp,共编码190个氨基酸残基。根据推导的氨基酸序列预测其分子量约为21.1 kD,等电点为9.02。SignalP 4.0、TMHMM Server 2.0和SofiBerry-Psite预测结果显示,OmpH不存在信号肽与跨膜区,含有1个N-糖基化位点,6个磷酸化位点,1个内质网靶信号位点以及3个微体C末端靶信号位点。利用MAGE5.0软件,以邻位相连法构建OmpH系统进化树,结果显示,溶藻弧菌OmpH与副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、哈氏弧菌(Vibrio harveyi)等有较近亲缘关系。采用多种参数成功预测了OmpH可能的B细胞抗原优势表位,分别是第5-10、106-110、120-125、158-163和175-180区段。利用SWISS-MODEL软件,模拟了OmpH亚基三维结构模型,且与其同源蛋白大肠杆菌(Escherichia coli)Skp蛋白有相似构型。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 基因克隆 OmpH基因 外膜蛋白 生物信息学分析
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溶藻弧菌双组分调控系统PhoR/PhoB的基因克隆及生物信息学分析 被引量：2
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作者 张燕飞 庞欢瑛 +2 位作者 吴灶和 简纪常 鲁义善 《广东海洋大学学报》 CAS 2014年第6期22-30,共9页
双组分调控系统(Two-component Regulatory System)在致病菌的生长及毒力调控中起重要作用。克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)HY9901株组氨酸激酶PhoR和反应调控因子PhoB的全长基因,并对其进行生物信息学分析。序列分析结果显示,pho ... 双组分调控系统(Two-component Regulatory System)在致病菌的生长及毒力调控中起重要作用。克隆溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)HY9901株组氨酸激酶PhoR和反应调控因子PhoB的全长基因,并对其进行生物信息学分析。序列分析结果显示,pho R(Gen Bank登录号:KJ958404)全长1 299 bp,共编码432个氨基酸;pho B(Gen Bank登录号:KJ863646)全长690 bp,编码229个氨基酸。构建PhoR/PhoB的系统进化树,结果显示,溶藻弧菌PhoR/PhoB与副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus)、哈氏弧菌(Vibrio harveyi)有较近亲缘关系。利用SWISS-MODEL软件,对PhoR/PhoB中两个相对保守的功能域HATPase_c和REC进行同源建模,发现HATPase_c具有1个ATP结合位点,REC具有4个天冬氨酸活性位点。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 双组分调控系统 PhoR/PhoB 基因克隆 生物信息学
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卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析 被引量：3
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作者 方玲玲 王忠良 +4 位作者 陈刚 汤保贵 张健东 黄建盛 周晖 《广东海洋大学学报》 CAS 2015年第3期7-15,共9页
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长... 采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长2 841 bp,其开放阅读框(ORF)为2 363 bp,编码787个氨基酸,3'非编码区(URT)335 bp,5'非编码区142 bp;生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列,脂溶指数高达85.63,亲水性平均值(GRAVY)为-0.213,具有2个跨膜区螺旋,在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点,在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化;二级结构中α螺旋(Alpha helix)占比例最大,为40.66%;该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中;分子系统进化分析显示,卵形鲳鲹CPTⅠ蛋白与花鲈(Lateolabrax japonicas)的同源性最高,达94%,与大黄鱼(Larimichthys crocea)、金鲷(Sparus aurata)的次之,均为93%,与人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)等的同源性较低(65%)。 展开更多
关键词 卵形鲳鲹 肉碱棕榈酰基转移酶I 基因 克隆 生物信息分析
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