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结直肠癌发病相关关键lncRNA的筛选和鉴定:基于肿瘤基因图谱数据库的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
徐丞
刘占国
+1 位作者
罗育其
张一方
《分子影像学杂志》
2019年第1期57-62,共6页
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值。方法下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表达差异、功能、通路富集、调控网络及lncRNA-mRNA共表达分析,...
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值。方法下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表达差异、功能、通路富集、调控网络及lncRNA-mRNA共表达分析,同时分析lncRNA差异表达对CRC患者预后的影响。结果对TCGA 453个CRC临床样本数据进行分析,提示有119个lncRNA存在差异性表达,lncRNA和编码基因存在共表达关系,对基因富集性分析发现,lncRNA参与细胞的多个生物学行为;16个lncRNA对患者生存预后显著相关,其中3个lncRNA BVES-AS1、HAND2-AS1和MAMDC2-AS1为关键lncRNA,可作为预后判断的标志物,同时与mi RNA、coding gene存在紧密的调控网络。结论 lncRNA在CRC中存在差异性表达,起着重要的调控作用,在CRC患者诊断、靶向治疗及预后判断方面具有潜在的应用价值。
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关键词
长链非编码RNA
生物信息学分析
结直肠癌
肿瘤基因图谱
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职称材料
题名
结直肠癌发病相关关键lncRNA的筛选和鉴定:基于肿瘤基因图谱数据库的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
徐丞
刘占国
罗育其
张一方
机构
南方医科大学珠江
医院
重症医学科
中国
人民
解放军南部战区总
医院
干部病房五科
广州市第一
人民医院
南沙
医院
普通外科
广东省人民医院南海医院普通外科
出处
《分子影像学杂志》
2019年第1期57-62,共6页
基金
广东省自然科学基金(2015A030310021)
华南理工大学中央高校基本科研业务费专项基金(2018MS21)
文摘
目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)在结直肠癌(CRC)中的表达特征及其对患者生存预后判断的潜在价值。方法下载肿瘤基因图谱(TCGA)中CRC相关的RNA序列(RNA-seq)数据,进行lncRNA表达差异、功能、通路富集、调控网络及lncRNA-mRNA共表达分析,同时分析lncRNA差异表达对CRC患者预后的影响。结果对TCGA 453个CRC临床样本数据进行分析,提示有119个lncRNA存在差异性表达,lncRNA和编码基因存在共表达关系,对基因富集性分析发现,lncRNA参与细胞的多个生物学行为;16个lncRNA对患者生存预后显著相关,其中3个lncRNA BVES-AS1、HAND2-AS1和MAMDC2-AS1为关键lncRNA,可作为预后判断的标志物,同时与mi RNA、coding gene存在紧密的调控网络。结论 lncRNA在CRC中存在差异性表达,起着重要的调控作用,在CRC患者诊断、靶向治疗及预后判断方面具有潜在的应用价值。
关键词
长链非编码RNA
生物信息学分析
结直肠癌
肿瘤基因图谱
Keywords
lncRNA
bioinformatics analysis
colorectal cancer
TCGA
分类号
R735.34 [医药卫生—肿瘤]
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作者
出处
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被引量
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1
结直肠癌发病相关关键lncRNA的筛选和鉴定:基于肿瘤基因图谱数据库的生物信息学分析
徐丞
刘占国
罗育其
张一方
《分子影像学杂志》
2019
2
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