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卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
方玲玲
王忠良
+4 位作者
陈刚
汤保贵
张健东
黄建盛
周晖
《广东海洋大学学报》
CAS
2015年第3期7-15,共9页
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长...
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长2 841 bp,其开放阅读框(ORF)为2 363 bp,编码787个氨基酸,3'非编码区(URT)335 bp,5'非编码区142 bp;生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列,脂溶指数高达85.63,亲水性平均值(GRAVY)为-0.213,具有2个跨膜区螺旋,在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点,在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化;二级结构中α螺旋(Alpha helix)占比例最大,为40.66%;该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中;分子系统进化分析显示,卵形鲳鲹CPTⅠ蛋白与花鲈(Lateolabrax japonicas)的同源性最高,达94%,与大黄鱼(Larimichthys crocea)、金鲷(Sparus aurata)的次之,均为93%,与人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)等的同源性较低(65%)。
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关键词
卵形鲳鲹
肉碱棕榈酰基转移酶I
基因
克隆
生物信息分析
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职称材料
题名
卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
方玲玲
王忠良
陈刚
汤保贵
张健东
黄建盛
周晖
机构
广东海洋大学
水产
学院
广东海洋大学广东省普通高校南海水产经济动物增养殖重点实验室
广东海洋大学
广东省
水产
经济
动物
病原生物学及流行病学
重点
实验室
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
2015年第3期7-15,共9页
基金
国家海洋公益性行业科研专项(201205028)
广东省海洋经济创新发展区域示范专项(GD2012-A01-007
+2 种基金
GD2012-A02-003)
广东省教育厅创新计划专项(2012KJCX0063)
广西科技厅科技计划(桂科攻1222013-2)
文摘
采用RACE-PCR克隆卵形鲳鲹(Trachinotus ovatus)肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ(carnitine palmitoyltransferaseⅠ,CPTⅠ)c DNA序列全长,并对其编码氨基酸进行生物信息学分析。结果表明,卵形鲳鲹CPTⅠ基因(Gen Bank登录号KP987456)c DNA序列全长2 841 bp,其开放阅读框(ORF)为2 363 bp,编码787个氨基酸,3'非编码区(URT)335 bp,5'非编码区142 bp;生物信息预测显示CPTⅠ基因编码的蛋白无信号肽序列,脂溶指数高达85.63,亲水性平均值(GRAVY)为-0.213,具有2个跨膜区螺旋,在第312和367氨基酸残基处存在N-糖基化位点,在19个丝氨酸(Ser)、9个苏氨酸(Thr)和14个酪氨酸(Tyr)残基上可能发生磷酸化;二级结构中α螺旋(Alpha helix)占比例最大,为40.66%;该蛋白亚细胞定位预测其主要分布于细胞质和线粒体中;分子系统进化分析显示,卵形鲳鲹CPTⅠ蛋白与花鲈(Lateolabrax japonicas)的同源性最高,达94%,与大黄鱼(Larimichthys crocea)、金鲷(Sparus aurata)的次之,均为93%,与人(Homo sapiens)、鼠(Mus musculus)等的同源性较低(65%)。
关键词
卵形鲳鲹
肉碱棕榈酰基转移酶I
基因
克隆
生物信息分析
Keywords
Trachinotus ovatus
CPTⅠ
gene
clone
bioinformatics analysis
分类号
Q785 [生物学—分子生物学]
Q959.483 [生物学—动物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
卵形鲳鲹肉碱棕榈酰基转移酶Ⅰ全长cDNA序列的克隆及生物信息学分析
方玲玲
王忠良
陈刚
汤保贵
张健东
黄建盛
周晖
《广东海洋大学学报》
CAS
2015
3
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