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基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测
被引量：
15
1
作者
王忠良
丁燏
+5 位作者
许尤厚
简纪常
鲁义善
王蓓
陈刚
吴灶和
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期687-693,共7页
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频...
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。
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关键词
马氏珠母贝
简单重复序列
转录组
分子标记
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职称材料
马氏珠母贝(Pinctada fucata)组织蛋白酶L基因的克隆与表达分析
被引量：
2
2
作者
王忠良
简纪常
+4 位作者
鲁义善
丁燏
王蓓
陈刚
吴灶和
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期1604-1611,共8页
根据已构建的溶藻弧菌(Vibro alginolyticus)诱导的马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴cDNA差减文库得到的ESTs序列,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了其组织蛋白酶L基因(PFCatL),并对其进行了生物信息学分析;应用实时荧光定量P...
根据已构建的溶藻弧菌(Vibro alginolyticus)诱导的马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴cDNA差减文库得到的ESTs序列,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了其组织蛋白酶L基因(PFCatL),并对其进行了生物信息学分析;应用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术,研究了PFCatL基因在溶藻弧菌刺激前后马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌等8个组织中的表达变化。结果表明,PFCatL基因cDNA全长2004bp,其中5′非编码区(5′-UTR)50bp,3′非编码区(3′-UTR)865bp,开放阅读框(ORF)1089bp,编码362个氨基酸,其分子量计算值(MW)为40.52kDa,理论等电点(IP)为5.20;生物信息学分析表明,PFCatL含有16个氨基酸残基组成的信号肽序列以及组织蛋白酶前体抑制功能域I29;Clustalw2多重比对发现PFCatL氨基酸序列在催化三联体Cys-His-Asn、底物结合位点以及二硫键形成相关的半胱氨酸残基位点高度保守;Real-time PCR研究发现,PFCatL在马氏珠母贝各组织中均有表达,但各组织间的表达量存在差异,其中以肾和闭壳肌中的表达量最高;溶藻弧菌感染4h后,外套膜、鳃以及血淋巴中PFCatL基因的表达较感染前显著上调。
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关键词
马氏珠母贝
组织蛋白酶L
CDNA末端快速扩增
实时荧光定量PCR
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职称材料
马氏珠母贝多聚泛素基因重复单元及3'端非编码区序列的克隆与表达分析
3
作者
王忠良
简纪常
+1 位作者
鲁义善
吴灶和
《广东海洋大学学报》
CAS
2011年第6期26-31,共6页
在构建马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴抑制性差减文库的基础上,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆马氏珠母贝多聚泛素基因(PfUb)最后一个重复单元及3'端非编码区(UTR)序列。序列长453 bp,其中3′UTR 219 bp;开放阅读框(OR...
在构建马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴抑制性差减文库的基础上,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆马氏珠母贝多聚泛素基因(PfUb)最后一个重复单元及3'端非编码区(UTR)序列。序列长453 bp,其中3′UTR 219 bp;开放阅读框(ORF)234 bp,编码77个氨基酸残基;PfUb重复单元含有7个Lys和1个76Gly泛素基因功能位点。实时荧光定量PCR分析表明,PfUb基因在马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌、心脏、消化腺、血淋巴7个组织中均有表达,溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)能够诱导马氏珠母贝各组织中PfUb基因的表达上调,其中以鳃和血淋巴中的上调表达最为明显;马氏珠母贝血淋巴中,PfUb基因在溶藻弧菌感染2 h后表达量开始上调,并在感染8 h后达到最大。
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关键词
马氏珠母贝
多聚泛素
基因
重复单元
非编码区
克隆
表达
RACE
RT-PCR
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职称材料
题名
基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测
被引量：
15
1
作者
王忠良
丁燏
许尤厚
简纪常
鲁义善
王蓓
陈刚
吴灶和
机构
广东海洋大学
水产
学院
广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室
广东
省
水产
经济
动物
病原生物学及流行病学
重点
实验室
广西北部湾
海洋
生物多样性养护
重点
实验室
(钦州学院)
仲恺农业工程学院
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期687-693,共7页
基金
国家自然科学基金项目
31202023号
+3 种基金
广东海洋大学优秀青年骨干教师特别资助计划
2014001号
广西北部湾海洋生物多样性养护重点实验室(钦州学院)开放课题
2015KB05号
文摘
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。
关键词
马氏珠母贝
简单重复序列
转录组
分子标记
Keywords
Pinctada martensii
simple sequence repeat
transcriptome
molecular marker
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
马氏珠母贝(Pinctada fucata)组织蛋白酶L基因的克隆与表达分析
被引量：
2
2
作者
王忠良
简纪常
鲁义善
丁燏
王蓓
陈刚
吴灶和
机构
广东海洋大学
水产
学院
广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室
广东
省
水产
经济
动物
病原生物学及流行病学
重点
实验室
仲恺农业工程学院
出处
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第6期1604-1611,共8页
基金
国家自然科学基金项目
31202023号
+1 种基金
国家科技支撑计划课题
2012BAD17B00号
文摘
根据已构建的溶藻弧菌(Vibro alginolyticus)诱导的马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴cDNA差减文库得到的ESTs序列,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆了其组织蛋白酶L基因(PFCatL),并对其进行了生物信息学分析;应用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)技术,研究了PFCatL基因在溶藻弧菌刺激前后马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌等8个组织中的表达变化。结果表明,PFCatL基因cDNA全长2004bp,其中5′非编码区(5′-UTR)50bp,3′非编码区(3′-UTR)865bp,开放阅读框(ORF)1089bp,编码362个氨基酸,其分子量计算值(MW)为40.52kDa,理论等电点(IP)为5.20;生物信息学分析表明,PFCatL含有16个氨基酸残基组成的信号肽序列以及组织蛋白酶前体抑制功能域I29;Clustalw2多重比对发现PFCatL氨基酸序列在催化三联体Cys-His-Asn、底物结合位点以及二硫键形成相关的半胱氨酸残基位点高度保守;Real-time PCR研究发现,PFCatL在马氏珠母贝各组织中均有表达,但各组织间的表达量存在差异,其中以肾和闭壳肌中的表达量最高;溶藻弧菌感染4h后,外套膜、鳃以及血淋巴中PFCatL基因的表达较感染前显著上调。
关键词
马氏珠母贝
组织蛋白酶L
CDNA末端快速扩增
实时荧光定量PCR
Keywords
Pinctada fucata
cathepsin L
rapid amplification of cDNA ends （RACE）
fluorescent quantitativereal-time PCR
分类号
Q789 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
马氏珠母贝多聚泛素基因重复单元及3'端非编码区序列的克隆与表达分析
3
作者
王忠良
简纪常
鲁义善
吴灶和
机构
广东海洋大学
水产
经济
动物
病原生物学及流行病学
重点
实验室
广东海洋大学南海水产经济动物增养殖重点实验室
广东海洋大学
水产
学院
出处
《广东海洋大学学报》
CAS
2011年第6期26-31,共6页
基金
国家星火计划"南海水产动物病害防控技术应用示范"(2008GA780013)
文摘
在构建马氏珠母贝(Pinctada fucata)血淋巴抑制性差减文库的基础上,应用cDNA末端快速扩增(RACE)技术成功克隆马氏珠母贝多聚泛素基因(PfUb)最后一个重复单元及3'端非编码区(UTR)序列。序列长453 bp,其中3′UTR 219 bp;开放阅读框(ORF)234 bp,编码77个氨基酸残基;PfUb重复单元含有7个Lys和1个76Gly泛素基因功能位点。实时荧光定量PCR分析表明,PfUb基因在马氏珠母贝足、外套膜、鳃、闭壳肌、心脏、消化腺、血淋巴7个组织中均有表达,溶藻弧菌(Vibrio alginolyticus)能够诱导马氏珠母贝各组织中PfUb基因的表达上调,其中以鳃和血淋巴中的上调表达最为明显;马氏珠母贝血淋巴中,PfUb基因在溶藻弧菌感染2 h后表达量开始上调,并在感染8 h后达到最大。
关键词
马氏珠母贝
多聚泛素
基因
重复单元
非编码区
克隆
表达
RACE
RT-PCR
Keywords
Pinctada fucata
polyubiquitin
gene
repeat unit
untranslated region
clone
expression
RACE
RT-PCR
分类号
Q959.215.4 [生物学—动物学]
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测
王忠良
丁燏
许尤厚
简纪常
鲁义善
王蓓
陈刚
吴灶和
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2015
15
在线阅读
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职称材料
2
马氏珠母贝(Pinctada fucata)组织蛋白酶L基因的克隆与表达分析
王忠良
简纪常
鲁义善
丁燏
王蓓
陈刚
吴灶和
《海洋与湖沼》
CAS
CSCD
北大核心
2013
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
马氏珠母贝多聚泛素基因重复单元及3'端非编码区序列的克隆与表达分析
王忠良
简纪常
鲁义善
吴灶和
《广东海洋大学学报》
CAS
2011
0
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职称材料
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