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题名缺陷短波单胞菌DB-19的基因组分析
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作者
洪跃辉
范红弟
吴嘉燕
熊群英
王江海
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机构
广东江门中医药职业学院江门市中药成分及其作用机制重点实验室江门市健康产品工程技术研究中心
中山大学海洋科学学院
广东省海洋资源与近岸工程重点实验室
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出处
《生物学杂志》
北大核心
2025年第4期101-108,共8页
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基金
广东省普通高校重点领域专项项目(2022ZDZX4116)
江门市基础与理论科学研究类科技计划项目(126,2020JC03038)
+1 种基金
广东省海洋资源与近岸工程重点实验室开放基金项目(2021—2022)
广东江门中医药职业学院2023年度院级科研创新团队项目(科创团JMZYYKCT20233001)。
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文摘
为揭示缺陷短波单胞菌DB-19(Brevundimonas diminuta DB-19)的遗传背景及其石油烃降解机制,采用Illumina测序、Nanopore测序和生物信息学方法对菌株DB-19的基因组进行分析,获得菌株DB-19的全基因组序列。基因组组装得到1个重叠群,类型为环状染色体,基因组大小为3589837 bp,GC含量为67.38%,一共预测到3609个蛋白质编码基因。使用tRNAscan-SE搜寻到52个tRNA基因,16S rRNA、5S rRNA、23S rRNA和sRNA基因的数目分别为2、2、2和1。基因功能注释显示,在NR、Swiss-Prot、COG、GO、Pfam、PHI、VFDB、ARDB、KEGG、CAZy数据库中获得注释的基因数目分别为3401、2189、2854、1714、2817、812、629、1、3193和89。根据鉴定到的基因推断,菌株DB-19主要通过末端氧化途径降解石油中的正构烷烃,尿黑酸途径和β-ketoadipate途径在菌株DB-19降解芳香族化合物中发挥主要作用。这些结果加深了对缺陷短波单胞菌的认识,有助于设计更有效的方法开展石油污染修复,并为其他微生物的污染物降解机制研究提供重要参考。
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关键词
缺陷短波单胞菌
基因组
石油
烷烃
芳香烃
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Keywords
Brevundimonas diminuta
genome
petroleum
alkane
aromatic hydrocarbon
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分类号
Q933
[生物学—微生物学]
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