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基于叶绿体基因组的八角枫属及近缘属植物系统发育分析
1
作者
杨玉霞
李静婷
+3 位作者
李颖
苏晨
闫睿
魏泽昶
《湖北农业科学》
2025年第1期168-173,192,共7页
为明确八角枫(Alangium chinense(Lour.)Harms)叶绿体基因组的结构特点及系统发育关系,通过Illumina高通量测序技术对八角枫叶绿体基因组进行测序,并进行组装、注释和结构分析。利用mVISTA和Geneious软件对八角枫、毛八角枫、高山八角...
为明确八角枫(Alangium chinense(Lour.)Harms)叶绿体基因组的结构特点及系统发育关系,通过Illumina高通量测序技术对八角枫叶绿体基因组进行测序,并进行组装、注释和结构分析。利用mVISTA和Geneious软件对八角枫、毛八角枫、高山八角枫、八角枫MG524996和八角枫NC044840叶绿体基因组进行同源比对和共线性分析,采用MEGA 11软件构建植物系统发育树。结果表明,八角枫完整的叶绿体基因组全长156 672 bp,呈双链环状结构,GC占37.69%;叶绿体基因组共有130个编码基因,包括81个蛋白质编码基因(PCGs)、38个tRNA转运基因、8个rRNA基因和3个假基因,其在叶绿体基因组序列中占比分别为62.31%、29.23%、6.15%和2.31%。同源比对和共线性分析发现,5种植物(八角枫、其他4种八角枫属植物)叶绿体基因组间具有高度相似性和共线性。系统发育分析表明,八角枫与高山八角枫亲缘关系最为接近,暗示他们在进化上具有共线性,推测该八角枫为新亚种。
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关键词
叶绿体基因组
八角枫属
近缘属植物
系统发育
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职称材料
不同基因型毛白杨同源重组变异研究
被引量:
1
2
作者
耿喜宁
芦特
+2 位作者
杜康
杨珺
康向阳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期182-193,I0003-I0008,共18页
同源重组是生物遗传变异的重要来源。受检测方法限制,高等植物同源重组发生及其产物——异源双链DNA(heteroduplex DNA, hDNA)鲜有报道。本研究采用构建抑制减数后分离群体检测同源重组产物hDNA的方法,以2个母本来源的基于抑制减数后分...
同源重组是生物遗传变异的重要来源。受检测方法限制,高等植物同源重组发生及其产物——异源双链DNA(heteroduplex DNA, hDNA)鲜有报道。本研究采用构建抑制减数后分离群体检测同源重组产物hDNA的方法,以2个母本来源的基于抑制减数后分离获得的毛白杨(Populustomentosa)杂种三倍体群体为研究材料,利用筛选出的110个简单序列重复(Simple sequence repeat, SSR)分子标记开展毛白杨不同基因型个体间9条染色体上hDNA发生及其遗传变异研究。结果表明,2个毛白杨雌株hDNA发生频率介于8.5%~87.2%之间,且hDNA发生频率与距着丝粒距离呈正相关关系,但同一染色体平均hDNA发生频率与染色体长度无相关关系;绝大多数的染色体检测出1~3次重组事件,少数检测出4次重组事件,极少数检测到5次重组事件;不同毛白杨基因型个体间同一染色体上hDNA发生频率总体相差不大,而在一些特定SSR位点间hDNA发生频率存在较大差异;与青杨杂种‘哲引3号’杨(P. pseudo-simonii×P. nigra ‘Zheyin3#’)相比,检测到的同源重组次数及hDNA发生频率和发生位置均存在较大差异。本研究首次对2个基因型毛白杨同源重组发生特征及其变异进行了研究,为揭示高等植物同源重组特点、种间和种内同源重组差异等提供了重要见解。
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关键词
毛白杨
基因型
异源双链DNA
三倍体
同源重组
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职称材料
TasHSP16.9参与茉莉酸信号传导介导的小麦白粉病抗性
3
作者
李静婷
杨玉霞
+1 位作者
魏泽昶
李彦庆
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第24期30-34,共5页
小分子热激蛋白(sHSP)是一类结构保守且受逆境胁迫诱导合成的应激蛋白。笔者所在课题组前期发现TasHSP16.9受非生物胁迫诱导表达,为明确该基因对病原物的应答反应。本研究利用荧光定量RT-PCR分析小麦TasHSP16.9基因对茉莉酸甲酯(MeJA)...
小分子热激蛋白(sHSP)是一类结构保守且受逆境胁迫诱导合成的应激蛋白。笔者所在课题组前期发现TasHSP16.9受非生物胁迫诱导表达,为明确该基因对病原物的应答反应。本研究利用荧光定量RT-PCR分析小麦TasHSP16.9基因对茉莉酸甲酯(MeJA)和白粉菌的应答响应,利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术分析白粉菌侵染后TasHSP16.9基因沉默对小麦白粉病抗性的影响。结果发现,MeJA和白粉菌均可诱导TasHSP16.9基因表达;TasHSP16.9基因沉默促进了白粉菌菌丝生长,表明TasHSP16.9基因可能参与了JA信号传导途径介导的小麦白粉病抗性防御。
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关键词
小麦
sHSP16.9
茉莉酸
病毒诱导的基因沉默(VIGS)
白粉病抗性
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职称材料
基于结构参数均值的林分空间结构综合评价研究
被引量:
18
4
作者
惠刚盈
赵中华
+3 位作者
胡艳波
张弓乔
程世平
徐雪飞
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2023年第2期12-21,共10页
[目的]构建基于相邻木关系的林分空间结构综合指数用以评价林分空间结构优劣,指导林分结构优化。[方法 ]在诠释林分空间结构参数角尺度、密集度、大小比数和混交度均值意义的基础上,对林分角尺度、密集度和大小比数的均值重新赋值,进行...
[目的]构建基于相邻木关系的林分空间结构综合指数用以评价林分空间结构优劣,指导林分结构优化。[方法 ]在诠释林分空间结构参数角尺度、密集度、大小比数和混交度均值意义的基础上,对林分角尺度、密集度和大小比数的均值重新赋值,进行标准化处理,使其成为正向指标;林分平均混交度为正向指标,采用实测值,然后将林分空间结构参数与单位圆法相结合,构建林分空间结构综合评价指数(FSS),并采用不同林分类型对其有效性进行验证。[结果 ]运用构建的空间结构综合评价指数对我国4个地区47块样地的评价结果表明:1)天然林中极端立地条件下的天然纯林空间结构最差;2)天然混交林的空间结构优于人工混交林;3)人工林中人工混交林的林分空间结构明显优于人工纯林;4)天然纯林空间结构优于人工纯林。[结论 ]构建的林分空间结构综合评价指数能够评价林分空间结构优劣,科学表达出“天然混交林的空间结构优于人工混交林、人工混交林优于人工纯林以及天然纯林优于人工纯林”的普遍认知,是一个良好的林分空间结构综合测度指数,对林分空间结构优化和效果评价具有很好的指导意义。
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关键词
基于相邻木关系
林分空间结构
结构参数均值
单位圆法
综合评价
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职称材料
基于4株相邻木关系的林分空间结构多样性测度方法研究
被引量:
4
5
作者
惠刚盈
赵中华
+4 位作者
胡艳波
张岗岗
张弓乔
程世平
卢彦磊
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期18-26,共9页
【目的】深入剖析林分空间结构参数四元分布的生态意义,构筑基于相邻木关系的林分空间结构多样性综合评价指数,为制订有的放矢的森林结构调整策略提供理论依据。【方法】基于生物多样性概念,以参照树与其最近的4株相邻木组成的结构单元...
【目的】深入剖析林分空间结构参数四元分布的生态意义,构筑基于相邻木关系的林分空间结构多样性综合评价指数,为制订有的放矢的森林结构调整策略提供理论依据。【方法】基于生物多样性概念,以参照树与其最近的4株相邻木组成的结构单元为对象,有机整合结构参数角尺度、混交度、大小比数和密集度的四元分布及结构单元树种数和林层数,运用遗传绝对距离公式、自然对数分别表达结构单元类型均匀性和丰富度,构造表达林分空间结构多样性测度指数,并运用长期定位监测样地数据进行验证。【结果】运用本研究提出的林分空间结构多样性指数(D_(FS))对处于不同气候带或不同起源的森林类型的空间结构多样性测度表明,锐齿栎天然林的D_(FS)值(0.854)与阔叶红松林的D_(FS)值(0.852)几乎相等,二者具有相似的空间结构多样性。侧柏人工林结构参数四元分布类型较多,高于锐齿栎天然林和红松阔叶林,但其空间结构多样性为3个林分类型中最低的(D_(FS)=0.382),主要原因是其垂直结构(D_(FSv)=0.369)和水平结构(D_(FSh)=0.562)多样性方面都比两类天然林低。结构单元中的平均树种数表现为天然林高于人工林,锐齿栎天然林为4.23,阔叶红松天然林为4.09,而侧柏人工林则为1.98,结构单元树种数能充分体现结构单元树种丰富程度。【结论】林分空间结构参数四元分布、结构单元树种数和林层数3者的有机整合是构造有效的林分空间结构多样性指数的基石。基于生物多样性概念提出的林分空间结构多样性指数D_(FS),既是对结构参数四元分布合适的量化表达,也是对结构参数四元分布生态意义恰当的诠释,更是对林分空间结构多样性的科学综合评价,能够测度出不同林分类型林分空间结构多样性的差异。
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关键词
林分空间结构
结构参数N元分布
结构单元树种数
结构单元林层数
林分空间结构多样性
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职称材料
题名
基于叶绿体基因组的八角枫属及近缘属植物系统发育分析
1
作者
杨玉霞
李静婷
李颖
苏晨
闫睿
魏泽昶
机构
兰州交通大学生物与制药工程
学院
平顶山学院河南省生态经济型木本植物种质创新与利用重点实验室
首都师范大学资源环境与旅游
学院
出处
《湖北农业科学》
2025年第1期168-173,192,共7页
基金
国家自然科学基金项目(32360484)
河南省高等学校重点科研项目(22B210008)
大学生创新创业训练计划项目(CXXL20230184)。
文摘
为明确八角枫(Alangium chinense(Lour.)Harms)叶绿体基因组的结构特点及系统发育关系,通过Illumina高通量测序技术对八角枫叶绿体基因组进行测序,并进行组装、注释和结构分析。利用mVISTA和Geneious软件对八角枫、毛八角枫、高山八角枫、八角枫MG524996和八角枫NC044840叶绿体基因组进行同源比对和共线性分析,采用MEGA 11软件构建植物系统发育树。结果表明,八角枫完整的叶绿体基因组全长156 672 bp,呈双链环状结构,GC占37.69%;叶绿体基因组共有130个编码基因,包括81个蛋白质编码基因(PCGs)、38个tRNA转运基因、8个rRNA基因和3个假基因,其在叶绿体基因组序列中占比分别为62.31%、29.23%、6.15%和2.31%。同源比对和共线性分析发现,5种植物(八角枫、其他4种八角枫属植物)叶绿体基因组间具有高度相似性和共线性。系统发育分析表明,八角枫与高山八角枫亲缘关系最为接近,暗示他们在进化上具有共线性,推测该八角枫为新亚种。
关键词
叶绿体基因组
八角枫属
近缘属植物
系统发育
Keywords
chloroplast genome
Alangium chinense genus
related genera plants
systemic development
分类号
R931 [医药卫生—生药学]
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职称材料
题名
不同基因型毛白杨同源重组变异研究
被引量:
1
2
作者
耿喜宁
芦特
杜康
杨珺
康向阳
机构
北京林业大学
北京林业大学
北京林业大学
平顶山
学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第2期182-193,I0003-I0008,共18页
基金
国家自然科学基金项目(编号:31470667)资助。
文摘
同源重组是生物遗传变异的重要来源。受检测方法限制,高等植物同源重组发生及其产物——异源双链DNA(heteroduplex DNA, hDNA)鲜有报道。本研究采用构建抑制减数后分离群体检测同源重组产物hDNA的方法,以2个母本来源的基于抑制减数后分离获得的毛白杨(Populustomentosa)杂种三倍体群体为研究材料,利用筛选出的110个简单序列重复(Simple sequence repeat, SSR)分子标记开展毛白杨不同基因型个体间9条染色体上hDNA发生及其遗传变异研究。结果表明,2个毛白杨雌株hDNA发生频率介于8.5%~87.2%之间,且hDNA发生频率与距着丝粒距离呈正相关关系,但同一染色体平均hDNA发生频率与染色体长度无相关关系;绝大多数的染色体检测出1~3次重组事件,少数检测出4次重组事件,极少数检测到5次重组事件;不同毛白杨基因型个体间同一染色体上hDNA发生频率总体相差不大,而在一些特定SSR位点间hDNA发生频率存在较大差异;与青杨杂种‘哲引3号’杨(P. pseudo-simonii×P. nigra ‘Zheyin3#’)相比,检测到的同源重组次数及hDNA发生频率和发生位置均存在较大差异。本研究首次对2个基因型毛白杨同源重组发生特征及其变异进行了研究,为揭示高等植物同源重组特点、种间和种内同源重组差异等提供了重要见解。
关键词
毛白杨
基因型
异源双链DNA
三倍体
同源重组
Keywords
Populus tomentosa
genotype
heteroduplex DNA
triploid
homologous recombination
分类号
S792.117 [农业科学—林木遗传育种]
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职称材料
题名
TasHSP16.9参与茉莉酸信号传导介导的小麦白粉病抗性
3
作者
李静婷
杨玉霞
魏泽昶
李彦庆
机构
兰州交通大学生物与制药工程
学院
平顶山学院河南省生态经济型木本植物种质创新与利用重点实验室
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2024年第24期30-34,共5页
基金
国家自然科学基金(编号:32360484)
河南省高等学校重点科研项目(编号:22B210008)
兰州交通大学大学生创新创业训练计划项目(编号:CXXL20220035)。
文摘
小分子热激蛋白(sHSP)是一类结构保守且受逆境胁迫诱导合成的应激蛋白。笔者所在课题组前期发现TasHSP16.9受非生物胁迫诱导表达,为明确该基因对病原物的应答反应。本研究利用荧光定量RT-PCR分析小麦TasHSP16.9基因对茉莉酸甲酯(MeJA)和白粉菌的应答响应,利用病毒诱导的基因沉默(VIGS)技术分析白粉菌侵染后TasHSP16.9基因沉默对小麦白粉病抗性的影响。结果发现,MeJA和白粉菌均可诱导TasHSP16.9基因表达;TasHSP16.9基因沉默促进了白粉菌菌丝生长,表明TasHSP16.9基因可能参与了JA信号传导途径介导的小麦白粉病抗性防御。
关键词
小麦
sHSP16.9
茉莉酸
病毒诱导的基因沉默(VIGS)
白粉病抗性
分类号
S435.121.46 [农业科学—农业昆虫与害虫防治]
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职称材料
题名
基于结构参数均值的林分空间结构综合评价研究
被引量:
18
4
作者
惠刚盈
赵中华
胡艳波
张弓乔
程世平
徐雪飞
机构
平顶山
学院
中国林业科学研究院林业研究所
河北丰宁国有林场管理处两间房林场
出处
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2023年第2期12-21,共10页
基金
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(CAFYBB2020ZB002-1)。
文摘
[目的]构建基于相邻木关系的林分空间结构综合指数用以评价林分空间结构优劣,指导林分结构优化。[方法 ]在诠释林分空间结构参数角尺度、密集度、大小比数和混交度均值意义的基础上,对林分角尺度、密集度和大小比数的均值重新赋值,进行标准化处理,使其成为正向指标;林分平均混交度为正向指标,采用实测值,然后将林分空间结构参数与单位圆法相结合,构建林分空间结构综合评价指数(FSS),并采用不同林分类型对其有效性进行验证。[结果 ]运用构建的空间结构综合评价指数对我国4个地区47块样地的评价结果表明:1)天然林中极端立地条件下的天然纯林空间结构最差;2)天然混交林的空间结构优于人工混交林;3)人工林中人工混交林的林分空间结构明显优于人工纯林;4)天然纯林空间结构优于人工纯林。[结论 ]构建的林分空间结构综合评价指数能够评价林分空间结构优劣,科学表达出“天然混交林的空间结构优于人工混交林、人工混交林优于人工纯林以及天然纯林优于人工纯林”的普遍认知,是一个良好的林分空间结构综合测度指数,对林分空间结构优化和效果评价具有很好的指导意义。
关键词
基于相邻木关系
林分空间结构
结构参数均值
单位圆法
综合评价
Keywords
adjacent trees
stand spatial structure
mean value of structure parameters
unit circle method
comprehensive evaluation
分类号
S718.45 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
基于4株相邻木关系的林分空间结构多样性测度方法研究
被引量:
4
5
作者
惠刚盈
赵中华
胡艳波
张岗岗
张弓乔
程世平
卢彦磊
机构
平顶山
学院
中国林业科学研究院林业研究所
河南
师范大学生命科学
学院
出处
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第7期18-26,共9页
基金
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(CAFYBB2021ZK001-1)
国家自然科学基金青年项目(32101504)
博士人才科研启动课题(校20210034)。
文摘
【目的】深入剖析林分空间结构参数四元分布的生态意义,构筑基于相邻木关系的林分空间结构多样性综合评价指数,为制订有的放矢的森林结构调整策略提供理论依据。【方法】基于生物多样性概念,以参照树与其最近的4株相邻木组成的结构单元为对象,有机整合结构参数角尺度、混交度、大小比数和密集度的四元分布及结构单元树种数和林层数,运用遗传绝对距离公式、自然对数分别表达结构单元类型均匀性和丰富度,构造表达林分空间结构多样性测度指数,并运用长期定位监测样地数据进行验证。【结果】运用本研究提出的林分空间结构多样性指数(D_(FS))对处于不同气候带或不同起源的森林类型的空间结构多样性测度表明,锐齿栎天然林的D_(FS)值(0.854)与阔叶红松林的D_(FS)值(0.852)几乎相等,二者具有相似的空间结构多样性。侧柏人工林结构参数四元分布类型较多,高于锐齿栎天然林和红松阔叶林,但其空间结构多样性为3个林分类型中最低的(D_(FS)=0.382),主要原因是其垂直结构(D_(FSv)=0.369)和水平结构(D_(FSh)=0.562)多样性方面都比两类天然林低。结构单元中的平均树种数表现为天然林高于人工林,锐齿栎天然林为4.23,阔叶红松天然林为4.09,而侧柏人工林则为1.98,结构单元树种数能充分体现结构单元树种丰富程度。【结论】林分空间结构参数四元分布、结构单元树种数和林层数3者的有机整合是构造有效的林分空间结构多样性指数的基石。基于生物多样性概念提出的林分空间结构多样性指数D_(FS),既是对结构参数四元分布合适的量化表达,也是对结构参数四元分布生态意义恰当的诠释,更是对林分空间结构多样性的科学综合评价,能够测度出不同林分类型林分空间结构多样性的差异。
关键词
林分空间结构
结构参数N元分布
结构单元树种数
结构单元林层数
林分空间结构多样性
Keywords
stand spatial structure
N-variate distribution of structural parameter
number of tree species in structural unit
number of stand layer in structural unit
stand spatial structural diversity
分类号
S750 [农业科学—森林经理学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于叶绿体基因组的八角枫属及近缘属植物系统发育分析
杨玉霞
李静婷
李颖
苏晨
闫睿
魏泽昶
《湖北农业科学》
2025
0
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职称材料
2
不同基因型毛白杨同源重组变异研究
耿喜宁
芦特
杜康
杨珺
康向阳
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2021
1
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职称材料
3
TasHSP16.9参与茉莉酸信号传导介导的小麦白粉病抗性
李静婷
杨玉霞
魏泽昶
李彦庆
《江苏农业科学》
北大核心
2024
0
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职称材料
4
基于结构参数均值的林分空间结构综合评价研究
惠刚盈
赵中华
胡艳波
张弓乔
程世平
徐雪飞
《林业科学研究》
CSCD
北大核心
2023
18
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职称材料
5
基于4株相邻木关系的林分空间结构多样性测度方法研究
惠刚盈
赵中华
胡艳波
张岗岗
张弓乔
程世平
卢彦磊
《北京林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
4
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