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海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究
1
作者
王欢
陈韬羽
+10 位作者
吴慧
蒙勇
李世元
钱和洁
牛世华
满初日嘎
陈巧玲
高宏岩
杜丽
王凤阳
陈思
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期4980-4991,共12页
旨在研究海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及功能提供理论依据。本研究以200头海南黑山羊为研究对象,构建DNA混池,采用Sanger法测序对海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的多态...
旨在研究海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及功能提供理论依据。本研究以200头海南黑山羊为研究对象,构建DNA混池,采用Sanger法测序对海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的多态性进行初筛,应用PCR-RFLP技术对200头海南黑山羊个体进行基因型鉴定。对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡分析,构建单倍型。利用生物信息学方法分析SNP位点对海南黑山羊ATG16L2基因表达的影响。在海南黑山羊ATG16L2基因启动子区共检测到3个SNPs位点,分别为SNP1(g.30667970T>C)、SNP2(g.30668540T>C)和SNP3(g.30668664C>T),且彼此连锁。SNP1和SNP2位点均表现为中度多态性,SNP3位点表现为低度多态性,且符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。单倍型分析结果显示,H1、H2、H3和H4单倍型频率分别为0.321、0.304、0.271和0.097,且H1(CGC)为优势单倍型。生物信息学分析显示,山羊ATG16L2基因共预测到3个启动子和4个CpG岛区域;存在2个重复元件LINE2(-1989~-1826 bp、-562~-426 bp)、hAT-Charlie(-1804~-1511 bp)以及5个CCAAT-Box、13个CAAT-Box、10个CGCG-Box、11个GATA-Box和2个TATA-Box。综合多种在线软件预测发现,上述SNPs可能通过影响ATG16L2基因的启动子区的顺式作用元件,从而影响海南黑山羊ATG16L2基因的转录表达。本研究在海南黑山羊ATG16L2基因启动子序列中发现3个SNPs位点,其中SNP1和SNP2表现为中度多态性,SNP3表现为低度多态性,并预测这些SNPs可能影响转录因子结合,从而调控基因表达,为进一步探究ATG16L2基因功能及其调控机制提供了理论依据。
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关键词
海南黑山羊
ATG16L2基因
启动子
多态性
生物信息学
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职称材料
PPRV中国新疆南疆株F基因遗传演化分析
被引量：
1
2
作者
张路瑶
李飞
+2 位作者
焦海宏
赵丽
刘永宏
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2118-2129,共12页
【目的】分析中国新疆南疆2014年PPRV毒株来源,为中国新疆南疆PPR防控提供理论依据。【方法】调查中国新疆南疆阿克苏地区某羊场发病羊发病情况、临床症状观察及病理学检查,实验室进行PPRV F基因RT-PCR和F基因测序,进一步对PPRV F基因...
【目的】分析中国新疆南疆2014年PPRV毒株来源,为中国新疆南疆PPR防控提供理论依据。【方法】调查中国新疆南疆阿克苏地区某羊场发病羊发病情况、临床症状观察及病理学检查,实验室进行PPRV F基因RT-PCR和F基因测序,进一步对PPRV F基因序列分析。【结果】毒株与国内PPRV毒株F基因核苷酸同源性最高的是中国新疆China/XJYL/2013毒株,与国外的毒株F基因核苷酸同源性最高的是印度Izatnagar/94毒株及Izatnagar-94毒株;此次毒株与国内PPRV毒株F蛋白氨基酸同源性最高的是中国新疆China/XJYL/2013毒株,与国外的PPRV毒株F蛋白氨基酸同源性最高的是印度Izatnagar/94毒株。PPRV毒株F基因进化树分析显示:PPRV毒株与北京PPRV毒株进化关系最近,与中国新疆伊犁PPRV毒株同属一个分支,与国外印度及孟加拉国毒株的进化关系较近。【结论】2014年中国新疆南疆存在PPR疫情,该疫情毒株与此次疫情前后国内的PPR毒株及印度PPR毒株进化关系较近。
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关键词
小反刍兽疫
诊断
F基因
序列分析
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职称材料
题名
海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究
1
作者
王欢
陈韬羽
吴慧
蒙勇
李世元
钱和洁
牛世华
满初日嘎
陈巧玲
高宏岩
杜丽
王凤阳
陈思
机构
海南大学热带农林学院/海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室
新疆维吾尔
自治
区哈密市
巴里坤哈萨克自治县畜牧兽医工作站
出处
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期4980-4991,共12页
基金
国家自然科学基金青年基金项目(32202631)
国家现代农业产业技术体系项目(财政部和农业农村部-CARS38)。
文摘
旨在研究海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的结构特征及其遗传分布情况,为进一步探索该基因的表达调控机制及功能提供理论依据。本研究以200头海南黑山羊为研究对象,构建DNA混池,采用Sanger法测序对海南黑山羊ATG16L2基因启动子区的多态性进行初筛,应用PCR-RFLP技术对200头海南黑山羊个体进行基因型鉴定。对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡分析,构建单倍型。利用生物信息学方法分析SNP位点对海南黑山羊ATG16L2基因表达的影响。在海南黑山羊ATG16L2基因启动子区共检测到3个SNPs位点,分别为SNP1(g.30667970T>C)、SNP2(g.30668540T>C)和SNP3(g.30668664C>T),且彼此连锁。SNP1和SNP2位点均表现为中度多态性,SNP3位点表现为低度多态性,且符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。单倍型分析结果显示,H1、H2、H3和H4单倍型频率分别为0.321、0.304、0.271和0.097,且H1(CGC)为优势单倍型。生物信息学分析显示,山羊ATG16L2基因共预测到3个启动子和4个CpG岛区域;存在2个重复元件LINE2(-1989~-1826 bp、-562~-426 bp)、hAT-Charlie(-1804~-1511 bp)以及5个CCAAT-Box、13个CAAT-Box、10个CGCG-Box、11个GATA-Box和2个TATA-Box。综合多种在线软件预测发现,上述SNPs可能通过影响ATG16L2基因的启动子区的顺式作用元件,从而影响海南黑山羊ATG16L2基因的转录表达。本研究在海南黑山羊ATG16L2基因启动子序列中发现3个SNPs位点,其中SNP1和SNP2表现为中度多态性,SNP3表现为低度多态性,并预测这些SNPs可能影响转录因子结合,从而调控基因表达,为进一步探究ATG16L2基因功能及其调控机制提供了理论依据。
关键词
海南黑山羊
ATG16L2基因
启动子
多态性
生物信息学
Keywords
Hainan Black goat
ATG 16L2 gene
promoter
polymorphism
bioinformatics
分类号
S827.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
PPRV中国新疆南疆株F基因遗传演化分析
被引量：
1
2
作者
张路瑶
李飞
焦海宏
赵丽
刘永宏
机构
巴里坤哈萨克自治县畜牧兽医工作站
塔里木大学动物科学学院/新疆生产建设兵团塔里木
畜牧
科技重点实验室
新疆阿克苏地区动物疫病控制诊断中心
出处
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期2118-2129,共12页
基金
华中农业大学塔里木大学科研联合基金"新疆南疆小反刍兽疫流行病学调查"(HNTDLH1404)~~
文摘
【目的】分析中国新疆南疆2014年PPRV毒株来源,为中国新疆南疆PPR防控提供理论依据。【方法】调查中国新疆南疆阿克苏地区某羊场发病羊发病情况、临床症状观察及病理学检查,实验室进行PPRV F基因RT-PCR和F基因测序,进一步对PPRV F基因序列分析。【结果】毒株与国内PPRV毒株F基因核苷酸同源性最高的是中国新疆China/XJYL/2013毒株,与国外的毒株F基因核苷酸同源性最高的是印度Izatnagar/94毒株及Izatnagar-94毒株;此次毒株与国内PPRV毒株F蛋白氨基酸同源性最高的是中国新疆China/XJYL/2013毒株,与国外的PPRV毒株F蛋白氨基酸同源性最高的是印度Izatnagar/94毒株。PPRV毒株F基因进化树分析显示:PPRV毒株与北京PPRV毒株进化关系最近,与中国新疆伊犁PPRV毒株同属一个分支,与国外印度及孟加拉国毒株的进化关系较近。【结论】2014年中国新疆南疆存在PPR疫情,该疫情毒株与此次疫情前后国内的PPR毒株及印度PPR毒株进化关系较近。
关键词
小反刍兽疫
诊断
F基因
序列分析
Keywords
PPR
diagnosis
F gene
sequence analysis
分类号
S852.6 [农业科学—基础兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
海南黑山羊ATG16L2基因启动子区多态性研究
王欢
陈韬羽
吴慧
蒙勇
李世元
钱和洁
牛世华
满初日嘎
陈巧玲
高宏岩
杜丽
王凤阳
陈思
《畜牧兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
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下载PDF
职称材料
2
PPRV中国新疆南疆株F基因遗传演化分析
张路瑶
李飞
焦海宏
赵丽
刘永宏
《新疆农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
1
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职称材料
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