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新型冠状病毒感染致造血损伤及潜在治疗药物的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
张钧栋
杨波
+8 位作者
陈浩然
王紫宁
陈熙勐
智鹏
张皓旻
迟小华
郭斌
王毅兴
卢学春
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第9期947-956,共10页
目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARSCoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析...
目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARSCoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析以及基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)在线分析网站进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选核心基因。应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因分析。结果共筛选出差异基因222个,其中上调172个,下调50个。GO富集分析结果显示,差异基因主要与Ⅰ型干扰素反应、细胞周期调节、炎性细胞迁移、先天免疫反应、血液微粒和囊泡分泌、趋化因子及其受体等有关。KEGG富集分析结果显示,差异基因主要与病毒感染、心肌损伤、补体及凝血级联、细胞趋化、血小板活化、急性炎症、免疫反应、细胞信号转导等相关信号通路有关。PPI网络分析筛选得到STAT1、IL-6、IRF7、TNF、MX1、ISG15、IFIH1、IRF9、DDX58和GBP1等10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在治疗作用的药物包括冬凌草、西罗莫司、糖皮质激素、鱼腥草、何首乌、赤芍、维甲酸、甘草、环孢素A、氟伐他汀等。结论SARS-CoV-2感染可通过改变一系列基因的表达从而影响造血系统,据此筛选出的潜在治疗药物可为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的基础和临床研究提供参考。
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关键词
新型冠状病毒
新型冠状病毒肺炎
造血损伤
药物
生物信息学
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职称材料
冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎的意义
被引量：
2
2
作者
张钧栋
杨波
+9 位作者
陈浩然
迟小华
陈熙勐
智鹏
张皓旻
王紫宁
郭斌
王毅兴
孙万军
卢学春
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期975-982,共8页
目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析...
目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析。使用STRING在线分析网站进行PPI网络分析,筛选出核心基因。再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因的分析。结果:检索到1个符合标准的数据库,来源于SARS冠状病毒,共筛选出差异基因3 606个,其中表达上调2 148个,下调1 458个。GO富集主要与病毒感染、造血调节、细胞趋化、血小板颗粒内容物分泌、免疫活化和急性炎症反应等有关。KEGG富集主要与造血功能、凝血级联反应、急性炎症和免疫反应等相关。蛋白互作网络分析中,筛选得到PTPRC、ICAM1、TIMP1、CXCR5、IL-1B、MYC、CR2、FSTL1、SOX1、COL3A1共10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在干预作用的药物,包括糖皮质激素、肿瘤坏死因子α抑制剂、丹参、西罗莫司、甘草、赤芍、泛昔洛韦、环孢素A、鱼腥草、氟伐他汀等。结论:SARS冠状病毒感染可通过改变一系列基因表达影响造血系统,据此筛选出的潜在干预药物对于COVID-19的基础和临床研究具有一定的参考意义。
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关键词
SARS冠状病毒
新型冠状病毒肺炎
造血系统
药物
生物信息学
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职称材料
题名
新型冠状病毒感染致造血损伤及潜在治疗药物的生物信息学分析
被引量：
2
1
作者
张钧栋
杨波
陈浩然
王紫宁
陈熙勐
智鹏
张皓旻
迟小华
郭斌
王毅兴
卢学春
机构
解放军医学院
解放军总
医院
第二医学中
心血
液病
科
/国家老年疾病临床医学研究中心
火箭军特色医学中心药剂
科
山西省心血管病医院人事科
同济大学附属东方
医院
中医
科
出处
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第9期947-956,共10页
基金
军队重点保健专项(18BJZ32)
2019年度保健专项科研课题(19BJZ28)。
文摘
目的分析预测新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染所致造血损伤及潜在的治疗药物,为临床救治SARSCoV-2感染所致造血损伤提供理论依据。方法利用基因表达数据库(GEO)筛选SARS-CoV-2感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异分析以及基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)在线分析网站进行蛋白互作(PPI)网络分析,筛选核心基因。应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因分析。结果共筛选出差异基因222个,其中上调172个,下调50个。GO富集分析结果显示,差异基因主要与Ⅰ型干扰素反应、细胞周期调节、炎性细胞迁移、先天免疫反应、血液微粒和囊泡分泌、趋化因子及其受体等有关。KEGG富集分析结果显示,差异基因主要与病毒感染、心肌损伤、补体及凝血级联、细胞趋化、血小板活化、急性炎症、免疫反应、细胞信号转导等相关信号通路有关。PPI网络分析筛选得到STAT1、IL-6、IRF7、TNF、MX1、ISG15、IFIH1、IRF9、DDX58和GBP1等10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在治疗作用的药物包括冬凌草、西罗莫司、糖皮质激素、鱼腥草、何首乌、赤芍、维甲酸、甘草、环孢素A、氟伐他汀等。结论SARS-CoV-2感染可通过改变一系列基因的表达从而影响造血系统,据此筛选出的潜在治疗药物可为新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的基础和临床研究提供参考。
关键词
新型冠状病毒
新型冠状病毒肺炎
造血损伤
药物
生物信息学
Keywords
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
coronavirus disease 2019
hematopoietic injury
drugs
bioinformatics
分类号
R373.1 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎的意义
被引量：
2
2
作者
张钧栋
杨波
陈浩然
迟小华
陈熙勐
智鹏
张皓旻
王紫宁
郭斌
王毅兴
孙万军
卢学春
机构
解放军医学院
解放军总
医院
第二医学中
心血
液病
科
火箭军特色医学中心药剂
科
山西省心血管病医院人事科
同济大学附属东方
医院
中医
科
火箭军特色医学中
心血
液
科
出处
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期975-982,共8页
基金
2017年度国家老年疾病临床医学研究中心招标课题(NCRCG-PLAGH-2017011)
解放军总医院转化医学项目(2017TM-020)
+1 种基金
军队重点保健专项(18BJZ32)
2019年度保健专项科研课题(19BJZ28)。
文摘
目的:分析预测冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物,探索其对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的意义。方法:利用基因表达数据库(GEO),筛选冠状病毒感染相关的全基因组表达数据,使用R语言包对数据进行差异表达分析及KEGG和GO富集分析。使用STRING在线分析网站进行PPI网络分析,筛选出核心基因。再应用自主研发的表观精准治疗预测平台(EpiMed)进行疾病、药物和关联靶基因的分析。结果:检索到1个符合标准的数据库,来源于SARS冠状病毒,共筛选出差异基因3 606个,其中表达上调2 148个,下调1 458个。GO富集主要与病毒感染、造血调节、细胞趋化、血小板颗粒内容物分泌、免疫活化和急性炎症反应等有关。KEGG富集主要与造血功能、凝血级联反应、急性炎症和免疫反应等相关。蛋白互作网络分析中,筛选得到PTPRC、ICAM1、TIMP1、CXCR5、IL-1B、MYC、CR2、FSTL1、SOX1、COL3A1共10个核心基因。EpiMed平台筛选出具有潜在干预作用的药物,包括糖皮质激素、肿瘤坏死因子α抑制剂、丹参、西罗莫司、甘草、赤芍、泛昔洛韦、环孢素A、鱼腥草、氟伐他汀等。结论:SARS冠状病毒感染可通过改变一系列基因表达影响造血系统,据此筛选出的潜在干预药物对于COVID-19的基础和临床研究具有一定的参考意义。
关键词
SARS冠状病毒
新型冠状病毒肺炎
造血系统
药物
生物信息学
Keywords
SARS-Cov
COVID-19
hematopoiesis
drug
bioinformatics
分类号
R563.1 [医药卫生—呼吸系统]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新型冠状病毒感染致造血损伤及潜在治疗药物的生物信息学分析
张钧栋
杨波
陈浩然
王紫宁
陈熙勐
智鹏
张皓旻
迟小华
郭斌
王毅兴
卢学春
《解放军医学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2020
2
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职称材料
2
冠状病毒感染对造血系统影响及潜在干预药物的生物信息学分析及其对新型冠状病毒肺炎的意义
张钧栋
杨波
陈浩然
迟小华
陈熙勐
智鹏
张皓旻
王紫宁
郭斌
王毅兴
孙万军
卢学春
《中国实验血液学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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