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基于Illumina测序筛选牛卵泡发育相关的上调表达基因
1
作者
孟金柱
安清明
+1 位作者
武渊勋
赵园园
《河南农业科学》
北大核心
2020年第6期143-149,共7页
为研究牛卵泡发育过程中促进卵泡生长成为优势卵泡的重要调控因子及其表达模式,采集牛卵巢上的最大卵泡(8~10 mm)与第二大卵泡(5~8 mm),通过测定卵泡液中雌二醇(E2)与孕激素(P)的水平,确定优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)。刮取DF和SF中的...
为研究牛卵泡发育过程中促进卵泡生长成为优势卵泡的重要调控因子及其表达模式,采集牛卵巢上的最大卵泡(8~10 mm)与第二大卵泡(5~8 mm),通过测定卵泡液中雌二醇(E2)与孕激素(P)的水平,确定优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)。刮取DF和SF中的颗粒细胞,提取其总RNA并建立文库,通过Illumina平台进行测序。用SOAP V2.0软件将测序获得的序列与牛参考基因组数据库进行比对,获得mRNA序列;用DESeq 2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,并对其中表达上调的基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最后通过实时荧光定量PCR对筛选出的具有代表性的上调表达基因进行验证。通过测序共获得32346个基因,其中在DF颗粒细胞中表达显著上调的基因有194个。GO分析结果显示,这些表达上调的基因共分为3大类33组,其中参与生物学过程(Biological process)的基因占60.6%;与细胞组分(Cellular component)相关基因占21.2%,其中31个基因参与了细胞质功能;与分子功能(Molecular fuction)相关的基因占18.2%,其中18个基因参与金属离子结合。KEGG信号通路分析共发现4条通路,其中基因富集最为显著的是轴突导向通路。实时荧光定量PCR结果表明,细胞色素P45019A1基因(CYP19A1)在DF颗粒细胞中的相对表达量极显著高于SF(P<0.01),硫氧还蛋白结合蛋白(TXNIP)、脑表达X2(BEX2)和丝氨酸蛋白酶35(PRSS35)基因在DF颗粒细胞中的相对表达量显著高于SF(P<0.05),与Illumina测序表达趋势一致。综上,PRSS35、CYP19A1、BEX2和TXNIP在牛卵泡的发育过程中可能会起促进作用,最终引起卵泡排卵。
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关键词
牛
卵泡发育
颗粒细胞
Illumina测序
上调表达基因
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题名
基于Illumina测序筛选牛卵泡发育相关的上调表达基因
1
作者
孟金柱
安清明
武渊勋
赵园园
机构
铜仁学院
山西普源泰奶牛养殖有限公司
出处
《河南农业科学》
北大核心
2020年第6期143-149,共7页
基金
贵州省教育厅青年科技人才成长项目(黔教合KY字[2018]348号)
铜仁市科技计划项目(铜市科研[2016]18号-1,[2017]39号)
铜仁学院博士启动基金项目(trxyDH1601)。
文摘
为研究牛卵泡发育过程中促进卵泡生长成为优势卵泡的重要调控因子及其表达模式,采集牛卵巢上的最大卵泡(8~10 mm)与第二大卵泡(5~8 mm),通过测定卵泡液中雌二醇(E2)与孕激素(P)的水平,确定优势卵泡(DF)和从属卵泡(SF)。刮取DF和SF中的颗粒细胞,提取其总RNA并建立文库,通过Illumina平台进行测序。用SOAP V2.0软件将测序获得的序列与牛参考基因组数据库进行比对,获得mRNA序列;用DESeq 2软件对获得的mRNA进行差异表达分析,并对其中表达上调的基因进行GO分析及KEGG信号通路分析;最后通过实时荧光定量PCR对筛选出的具有代表性的上调表达基因进行验证。通过测序共获得32346个基因,其中在DF颗粒细胞中表达显著上调的基因有194个。GO分析结果显示,这些表达上调的基因共分为3大类33组,其中参与生物学过程(Biological process)的基因占60.6%;与细胞组分(Cellular component)相关基因占21.2%,其中31个基因参与了细胞质功能;与分子功能(Molecular fuction)相关的基因占18.2%,其中18个基因参与金属离子结合。KEGG信号通路分析共发现4条通路,其中基因富集最为显著的是轴突导向通路。实时荧光定量PCR结果表明,细胞色素P45019A1基因(CYP19A1)在DF颗粒细胞中的相对表达量极显著高于SF(P<0.01),硫氧还蛋白结合蛋白(TXNIP)、脑表达X2(BEX2)和丝氨酸蛋白酶35(PRSS35)基因在DF颗粒细胞中的相对表达量显著高于SF(P<0.05),与Illumina测序表达趋势一致。综上,PRSS35、CYP19A1、BEX2和TXNIP在牛卵泡的发育过程中可能会起促进作用,最终引起卵泡排卵。
关键词
牛
卵泡发育
颗粒细胞
Illumina测序
上调表达基因
Keywords
Cattle
Follicular development
Granulosa cell
Illumina sequencing
Up-regulated gene
分类号
S823.9 [农业科学—畜牧学]
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1
基于Illumina测序筛选牛卵泡发育相关的上调表达基因
孟金柱
安清明
武渊勋
赵园园
《河南农业科学》
北大核心
2020
0
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