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新冠病毒相关蛋白TMPRSS2结构与功能的生信分析及表达载体构建
被引量：
1
1
作者
徐本锦
李卓禧
+13 位作者
范蕾
李璟
严荣荣
杜淼
宣焱
门杰
陈晓聪
汤文婷
侯艳香
宋彬妤
杨娅男
刘晓梁
余骏骁
刘玲
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1218-1226,共9页
目的人源TMPRSS2是一种跨膜丝氨酸蛋白酶,本文对该蛋白结构与功能进行系统生物信息学分析,优化密码子并构建原核表达载体,以探究其参与SARS-CoV-2侵染宿主细胞的分子机制。方法利用分子克隆技术构建重组表达载体pET-22b-TMPRSS2;采用Pro...
目的人源TMPRSS2是一种跨膜丝氨酸蛋白酶,本文对该蛋白结构与功能进行系统生物信息学分析,优化密码子并构建原核表达载体,以探究其参与SARS-CoV-2侵染宿主细胞的分子机制。方法利用分子克隆技术构建重组表达载体pET-22b-TMPRSS2;采用Protparam、NetPhos3.1、Blast、Clustal X2和MEGA7.0等分析工具对TMPRSS2蛋白的同源性、功能位点、亚细胞定位、三维结构和进化特点等进行生信分析。结果原核表达质粒构建正确;TMPRSS2蛋白属于中等分子量蛋白,由492个氨基酸残基构成,理论等电点为8.12,分子消光系数为118145 L·mol^(-1)·cm^(-1),半衰期30 h;TMPRSS2有15个潜在的糖基化位点,49个可能的磷酸化位点,无信号序列,是一种跨膜的亲水性蛋白。此外,该蛋白有13个潜在的B细胞表位及7个T细胞表位。二级结构分析显示,Random coil在TMPRSS2蛋白中占比最高(0.4533),其次是Extended strand(0.2520)。序列对比和进化分析显示,与人源TMPRSS2序列一致性最高且亲缘关系最近的是Pan troglodytes,其次是Gorilla。结论人源TMPRSS2蛋白在进化上保守,功能重要。本研究结果有助于揭示TMPRSS2蛋白的结构和作用机理,为新冠肺炎的诊疗提供思路,加速了靶向TMPRSS2蛋白的新型药物研发进程。
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关键词
新冠病毒
TMPRSS2
生信分析
载体构建
结构与功能
进化分析
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职称材料
题名
新冠病毒相关蛋白TMPRSS2结构与功能的生信分析及表达载体构建
被引量：
1
1
作者
徐本锦
李卓禧
范蕾
李璟
严荣荣
杜淼
宣焱
门杰
陈晓聪
汤文婷
侯艳香
宋彬妤
杨娅男
刘晓梁
余骏骁
刘玲
机构
山西
医科
大学
汾阳
学院
医学
检验
系
山西
医科
大学
汾阳
学院
基础医学部
山西医科大学汾阳学院山西省汾阳医院检验科
山西
医科
大学
汾阳
学院
科
技中心
出处
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第8期1218-1226,共9页
基金
山西省基础研究计划(自由探索类)项目(No.20210302123397)
山西省高等学校科技创新项目(No.2020L0749)
+3 种基金
国家级大学生创新创业训练计划项目(No.202117114001)
山西省高等学校大学生创新创业训练计划重点项目(No.S202117114008)
吕梁市科技计划项目(No.2020SHFZ29)
山西医科大学汾阳学院引进人才启动金项目(No.2020A01)。
文摘
目的人源TMPRSS2是一种跨膜丝氨酸蛋白酶,本文对该蛋白结构与功能进行系统生物信息学分析,优化密码子并构建原核表达载体,以探究其参与SARS-CoV-2侵染宿主细胞的分子机制。方法利用分子克隆技术构建重组表达载体pET-22b-TMPRSS2;采用Protparam、NetPhos3.1、Blast、Clustal X2和MEGA7.0等分析工具对TMPRSS2蛋白的同源性、功能位点、亚细胞定位、三维结构和进化特点等进行生信分析。结果原核表达质粒构建正确;TMPRSS2蛋白属于中等分子量蛋白,由492个氨基酸残基构成,理论等电点为8.12,分子消光系数为118145 L·mol^(-1)·cm^(-1),半衰期30 h;TMPRSS2有15个潜在的糖基化位点,49个可能的磷酸化位点,无信号序列,是一种跨膜的亲水性蛋白。此外,该蛋白有13个潜在的B细胞表位及7个T细胞表位。二级结构分析显示,Random coil在TMPRSS2蛋白中占比最高(0.4533),其次是Extended strand(0.2520)。序列对比和进化分析显示,与人源TMPRSS2序列一致性最高且亲缘关系最近的是Pan troglodytes,其次是Gorilla。结论人源TMPRSS2蛋白在进化上保守,功能重要。本研究结果有助于揭示TMPRSS2蛋白的结构和作用机理,为新冠肺炎的诊疗提供思路,加速了靶向TMPRSS2蛋白的新型药物研发进程。
关键词
新冠病毒
TMPRSS2
生信分析
载体构建
结构与功能
进化分析
Keywords
SARS-CoV-2
TMPRSS2
bioinformatics analysis
vector construction
structure and function
evolutionary analysis
分类号
R341.81 [医药卫生—基础医学]
R373 [医药卫生—病原生物学]
R392.11 [医药卫生—免疫学]
R394 [医药卫生—医学遗传学]
R977.6 [医药卫生—药品]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
新冠病毒相关蛋白TMPRSS2结构与功能的生信分析及表达载体构建
徐本锦
李卓禧
范蕾
李璟
严荣荣
杜淼
宣焱
门杰
陈晓聪
汤文婷
侯艳香
宋彬妤
杨娅男
刘晓梁
余骏骁
刘玲
《中国药理学通报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
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