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基于简化基因组测序高粱育种材料亲缘关系的分析
被引量：
10
1
作者
张一中
范昕琦
+6 位作者
杨慧勇
张晓娟
邵强
梁笃
郭琦
柳青山
杜维俊
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第12期21-33,共13页
探明高粱育种材料的遗传结构和亲缘关系,为今后高粱杂交育种、种质创新及杂种优势群构建提供理论依据。采用简化基因组测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对37份高粱材料进行测序,以高粱(Sorghum bicolor...
探明高粱育种材料的遗传结构和亲缘关系,为今后高粱杂交育种、种质创新及杂种优势群构建提供理论依据。采用简化基因组测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对37份高粱材料进行测序,以高粱(Sorghum bicolor_v3.1)基因组为参考基因组进行酶切预测,以水稻品种日本晴为对照进行比对分析,开发单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记并将其应用于育种材料的遗传结构和亲缘关系分析。结果表明,从37份高粱材料中共获得106.19 Mb的读长数据,不同材料的读长个数在1461206-4628462;对照数据的双端比对效率为92.15%,酶切效率为89.69%,SLAF建库正常。测序质量值Q30平均为89.60%,所有样品GC含量均值为45.71%,共开发了226724个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有105053个,通过序列分析共获得185451个有效标记。群体遗传结构分析和主成分分析都将37份高粱育种材料划分为2个类群,保持系和国外材料聚为一类,恢复系和中国材料聚为一类,分群结果与实际系谱基本相符。根据SNP标记估算材料间的遗传距离,距离值范围为0.0098-0.8841,L2R与L17R遗传距离最小,3765白B与L17R遗传距离最大。本研究明确了部分外引材料的血缘关系,并发现都拉类型、卡佛尔/顶尖类型的不育系与倾中国高粱的恢复系亲缘关系最远,在高粱杂交育种选配亲本上应加以重视。
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关键词
高粱
SLAF-seq
育种材料
遗传结构
亲缘关系
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职称材料
题名
基于简化基因组测序高粱育种材料亲缘关系的分析
被引量：
10
1
作者
张一中
范昕琦
杨慧勇
张晓娟
邵强
梁笃
郭琦
柳青山
杜维俊
机构
山西
农业
大学
(
山西省
农业
科学院
)
高粱
研究所
高粱
遗传与
种质
创新
山西省
重点
实验室
山西
农业
大学
农
学院
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第12期21-33,共13页
基金
山西省青年基金(201801D221254)
晋中市科技重点研发计划(Y192016)
+2 种基金
山西省农业科学院杂粮分子育种平台专项(YGC2019FZ5)
山西省农业科学院生物育种工程项目(17yzgc030)
山西省高等学校创新能力提升计划(晋教科[2016]5号)。
文摘
探明高粱育种材料的遗传结构和亲缘关系,为今后高粱杂交育种、种质创新及杂种优势群构建提供理论依据。采用简化基因组测序技术(Specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对37份高粱材料进行测序,以高粱(Sorghum bicolor_v3.1)基因组为参考基因组进行酶切预测,以水稻品种日本晴为对照进行比对分析,开发单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记并将其应用于育种材料的遗传结构和亲缘关系分析。结果表明,从37份高粱材料中共获得106.19 Mb的读长数据,不同材料的读长个数在1461206-4628462;对照数据的双端比对效率为92.15%,酶切效率为89.69%,SLAF建库正常。测序质量值Q30平均为89.60%,所有样品GC含量均值为45.71%,共开发了226724个SLAF标签,其中多态性SLAF标签有105053个,通过序列分析共获得185451个有效标记。群体遗传结构分析和主成分分析都将37份高粱育种材料划分为2个类群,保持系和国外材料聚为一类,恢复系和中国材料聚为一类,分群结果与实际系谱基本相符。根据SNP标记估算材料间的遗传距离,距离值范围为0.0098-0.8841,L2R与L17R遗传距离最小,3765白B与L17R遗传距离最大。本研究明确了部分外引材料的血缘关系,并发现都拉类型、卡佛尔/顶尖类型的不育系与倾中国高粱的恢复系亲缘关系最远,在高粱杂交育种选配亲本上应加以重视。
关键词
高粱
SLAF-seq
育种材料
遗传结构
亲缘关系
Keywords
sorghum
specific-locus amplified fragment sequencing
breeding materials
genetic structure
genetic relationship
分类号
S514 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于简化基因组测序高粱育种材料亲缘关系的分析
张一中
范昕琦
杨慧勇
张晓娟
邵强
梁笃
郭琦
柳青山
杜维俊
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
10
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