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铁死亡相关基因作为新型标志物预测结核潜伏感染活化风险及风险模型构建
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作者 姜吉亮 王文涛 +3 位作者 李乐然 尹绍卿 付玉荣 伊正君 《中国医科大学学报》 北大核心 2025年第4期333-339,共7页
目的利用生物信息学和多种机器学习算法,筛选出预测结核潜伏感染(LTBI)活化风险的新型标志物并建立风险模型。方法从基因表达综合数据库获取GSE112104和GSE193777数据集,通过差异基因分析和加权基因共表达网络分析筛选与LTBI活化相关的... 目的利用生物信息学和多种机器学习算法,筛选出预测结核潜伏感染(LTBI)活化风险的新型标志物并建立风险模型。方法从基因表达综合数据库获取GSE112104和GSE193777数据集,通过差异基因分析和加权基因共表达网络分析筛选与LTBI活化相关的铁死亡相关差异基因(FRG-DEGs)。进一步通过LASSO、SVM-RFE和RF 3种机器学习算法筛选铁死亡相关关键基因(FRG-hubs),并通过验证集和逆转录PCR验证其可靠性。最后,利用R语言建立风险模型。结果在GSE112104数据集中,与LTBI相比,活动性结核病中296个基因显著上调,1569个基因显著下调,LTBI进展者中506个基因显著上调,1132个基因显著下调。WGCNA共得到5个基因共表达模块,其中蓝色模块与LTBI活化相关性最强(cor=0.62,P=0.00004),包含1340个基因。将三者连同728个铁死亡相关基因(FRG)取交集,共得到8个表达趋势一致的FRG-DEGs。3种机器学习算法共筛选出4个FRG-hubs,包括PLA2G6、GLS2、JUN和AMN。逆转录PCR结果显示,随着休眠结核分枝杆菌的活化,FRG-hubs的表达逐渐降低。最后,基于FRG-hubs构建了LTBI活化风险模型,曲线下面积在0.98~1.00之间。结论本研究成功筛选出用于预测LTBI活化风险的新型标志物,并构建了具有良好预测效能的LTBI活化风险模型。 展开更多
关键词 结核病 结核潜伏感染 铁死亡 风险模型 机器学习
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肠道微生物与长寿的因果关系及免疫细胞的中介作用:一项孟德尔随机化研究
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作者 徐乙鑫 周培培 +1 位作者 申洁 李振鹏 《郑州大学学报(医学版)》 北大核心 2025年第4期462-467,共6页
目的:采用孟德尔随机化法(MR)揭示肠道微生物与长寿之间的因果关系并分析免疫细胞的中介作用。方法:从https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics获取肠道微生物和免疫细胞的全基因组关联研究(GWAS)数据,从https://www.l... 目的:采用孟德尔随机化法(MR)揭示肠道微生物与长寿之间的因果关系并分析免疫细胞的中介作用。方法:从https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics获取肠道微生物和免疫细胞的全基因组关联研究(GWAS)数据,从https://www.longevitygenomics.org/download获取长寿表型GWAS数据。筛选与肠道微生物显著相关的SNP(P<1×10^(-5))作为工具变量,采用逆方差加权(IVW)等方法评估肠道微生物与长寿的因果关系,并探讨免疫细胞的中介作用。结果:IVW法筛选出14种对长寿具有显著影响的肠道微生物,其中9种与长寿呈负相关,5种与长寿呈正相关(P<0.05);筛选出33种对长寿具有显著影响的免疫细胞,其中18种呈正相关,15种呈负相关(P<0.05);确定13种免疫细胞在肠道微生物与长寿遗传因果关系中发挥了中介作用,包括CD20 on IgD+CD24-、CD20 on IgD+、IgD on unsw mem、CD3 on naive CD8br、PB/PC AC、Naive CD8br AC、CD3 on HLA DR+CD8br、FSC-A on monocyte、CD11c+monocyte%monocyte、CD20 on transitional、IgD-CD24-AC、CD39^(+)CD8r%T cell、CD45RA on TD CD8br等细胞,中介效应比例在-30.28%~18.89%。结论:肠道微生物可以通过免疫细胞介导影响长寿。 展开更多
关键词 肠道微生物 长寿 免疫细胞 孟德尔随机化 中介分析
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