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棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测
被引量:
1
1
作者
王芙蓉
乔清华
+4 位作者
陈鹏云
袁哲诚
陈煜
樊守金
张军
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2016年第5期470-477,共8页
长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布...
长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncRNA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族。功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路。
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关键词
棉花
茎尖转录组
长链非编码RNA
鉴定
功能预测
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题名
棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测
被引量:
1
1
作者
王芙蓉
乔清华
陈鹏云
袁哲诚
陈煜
樊守金
张军
机构
山东省逆境植物重点实验室/山东师范大学生命科学学院
山东
棉花研究中心/农业部黄淮海棉花遗传改良与栽培生理
重点
实验室
出处
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2016年第5期470-477,共8页
基金
国家现代农业产业技术体系--棉花产业技术体系(CARS-18-10)
泰山学者建设工程专项(NO.ts201511070)
山东省农业科学院科技创新重点项目(2014CXZ10-3)
文摘
长链非编码RNA(Long non-codingRNA,lncRNA)是一类长度在200 nt以上的非编码RNA。它不具备蛋白质编码功能,但在生物体中以RNA分子的形式参与众多生物过程。利用实验室前期获得的陆地棉茎尖转录组数据,鉴定了8044条lncRNA,其中3691条分布于At亚组,2852条分布于Dt亚组;通过基因组共定位、碱基互补配对等生物信息学方法对其中2227条lncRNA进行功能注释,其中1875条位于编码基因上下游,可能通过与编码基因的顺式作用元件或3’UTR区结合,在转录或者转录后水平调控基因表达;317条反义lncRNA与正义链的mRNA存在互作,通过碱基互补配对调控基因沉默、转录及mRNA的稳定性;20条lncRNA预测为microRNA的前体;5条lncRNA注释到4个lncRNA家族。功能注释表明,这些lncRNA主要参与转录调节、代谢、激素应答和信号转导等生物过程。本研究为充分利用高通量测序数据研究棉花lncRNA提供了新思路。
关键词
棉花
茎尖转录组
长链非编码RNA
鉴定
功能预测
Keywords
cotton
shoot apical RNA-seq data
long non-coding RNA
identification
functional prediction
分类号
S562 [农业科学—作物学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
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1
棉花茎端发育长链非编码RNA的鉴定及功能预测
王芙蓉
乔清华
陈鹏云
袁哲诚
陈煜
樊守金
张军
《棉花学报》
CSCD
北大核心
2016
1
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