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基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因
1
作者
郭媛媛
陈晶
+2 位作者
陈文潇
洪永健
胡晶红
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期133-140,共8页
中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞...
中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞亚群分类,对细胞亚群中上调表达基因和免疫修复相关基因进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对候选基因进行初步筛选与验证。结果表明,蟾蜍耳后腺组织中用于文库构建和双端测序的细胞数量为8414个,每个细胞的平均读数和中位基因数为46326和734,可用于进一步分析的高质量细胞数为7687个。聚类分析得到12个细胞亚群,并推测Cluster 10是来源于结缔组织的浆细胞。通过GO和KEGG分析对Cluster 10中的217个上调表达基因进行分析,鉴定出多个参与机体免疫的生物过程和通路,包括淋巴细胞活化、淋巴细胞分化及白细胞活化等生物过程和细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路及趋化因子信号通路等免疫相关通路。从Cluster 10的差异基因中筛选出MYO1F基因和CYBB基因为中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,并通过qRT-PCR对两基因进行验证,推测对免疫修复具有正向调节作用。本研究结果可为后续挖掘蟾蜍耳后腺免疫修复基因、研究蟾蜍耳后腺采酥后的修复机制提供理论依据,为蟾蜍耳后腺单细胞组学研究提供参考信息。
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关键词
单细胞转录组测序
中华大蟾蜍
耳后腺
免疫修复基因
实时荧光定量PCR
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职称材料
题名
基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因
1
作者
郭媛媛
陈晶
陈文潇
洪永健
胡晶红
机构
山东
中医药大学药学院
山东省质量控制与中药全产业链建设协同创新中心
出处
《山东农业科学》
北大核心
2024年第11期133-140,共8页
基金
山东省重点研发计划(乡村振兴提振计划)项目(2022TZXD0035)
日照市重点研发计划项目(2021ZDYF010118)。
文摘
中华大蟾蜍是我国传统药源动物,是名贵中药材蟾酥的基原物种之一。为筛选中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,本试验采用Illumina测序平台对成年中华大蟾蜍耳后腺组织样本进行单细胞转录组测序(scRNA-seq),完成scRNA-seq文库构建后进行细胞亚群分类,对细胞亚群中上调表达基因和免疫修复相关基因进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对候选基因进行初步筛选与验证。结果表明,蟾蜍耳后腺组织中用于文库构建和双端测序的细胞数量为8414个,每个细胞的平均读数和中位基因数为46326和734,可用于进一步分析的高质量细胞数为7687个。聚类分析得到12个细胞亚群,并推测Cluster 10是来源于结缔组织的浆细胞。通过GO和KEGG分析对Cluster 10中的217个上调表达基因进行分析,鉴定出多个参与机体免疫的生物过程和通路,包括淋巴细胞活化、淋巴细胞分化及白细胞活化等生物过程和细胞受体信号通路、Fc epsilon RI信号通路及趋化因子信号通路等免疫相关通路。从Cluster 10的差异基因中筛选出MYO1F基因和CYBB基因为中华大蟾蜍耳后腺免疫修复基因,并通过qRT-PCR对两基因进行验证,推测对免疫修复具有正向调节作用。本研究结果可为后续挖掘蟾蜍耳后腺免疫修复基因、研究蟾蜍耳后腺采酥后的修复机制提供理论依据,为蟾蜍耳后腺单细胞组学研究提供参考信息。
关键词
单细胞转录组测序
中华大蟾蜍
耳后腺
免疫修复基因
实时荧光定量PCR
Keywords
Single-cell RNA sequencing
Bufo bufo gargarizans Cantor
Retroauricular gland
Immune repair genes
Real-time fluorescence quantitative PCR
分类号
S865.9 [农业科学—野生动物驯养]
Q781 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于单细胞转录组测序技术筛选蟾蜍耳后腺免疫修复基因
郭媛媛
陈晶
陈文潇
洪永健
胡晶红
《山东农业科学》
北大核心
2024
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