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白菜NAC基因家族全基因组鉴定及其应答春化反应的表达分析 被引量：10
1
作者 陈国户 庞小可 +8 位作者 李广 王浩 吴思文 温宏伟 尹倩 袁凌云 侯金锋 唐小燕 汪承刚 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期656-665,共10页
[目的]本文旨在鉴定白菜NAC(NAM-ATAF 1/2-CUC2)基因家族并对其应答春化反应的表达进行分析。[方法]利用生物信息学软件及公共数据库,全基因组鉴定白菜NAC基因家族成员,并对其染色体位置、基因结构特征、进化及复制模式等进行分析;利用... [目的]本文旨在鉴定白菜NAC(NAM-ATAF 1/2-CUC2)基因家族并对其应答春化反应的表达进行分析。[方法]利用生物信息学软件及公共数据库,全基因组鉴定白菜NAC基因家族成员,并对其染色体位置、基因结构特征、进化及复制模式等进行分析;利用转录组数据和RT-qPCR技术分析白菜NAC基因的表达模式以及其应答春化反应的表达水平。[结果]白菜NAC基因家族成员共有188个,基因结构及保守基序差异较小,大部分成员含有2~6个内含子。系统进化树分析表明,白菜与拟南芥NAC基因家族成员分为7个亚簇。基因表达模式分析发现,大部分BrNAC基因表达具有组织特异性,仅少数成员在各组织中具有较高的表达丰度。春化反应转录组及RT-qPCR分析发现,白菜NAC基因家族中有5个成员(Bra 004385、Bra004736、Bra031950、Bra036327、Bra033296)在白菜应答春化过程中维持较高的表达丰度。[结论]白菜NAC基因家族的扩张主要来源于基因复制事件,与拟南芥NAC基因家族关系密切,部分基因可能来自同一祖先。白菜NAC基因家族在各器官中的表达具有组织特异性,其中5个BrNAC基因在应答春化反应中具有重要作用。 展开更多
关键词 白菜 NAC基因家族 春化反应 生物信息学分析
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