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16S rDNA测序技术对细菌性眼内炎房水和玻璃体标本中细菌的鉴别作用
被引量：
7
1
作者
杨宝霞
李虹
+1 位作者
孔凡芳
黄钰森
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期883-887,共5页
背景 眼内炎是多种内眼手术的严重并发症,以往感染菌的确定多采用细菌培养和涂片染色法,但存在花费时间长和阳性率低的问题.16S rDNA是细菌染色体上编码rRNA的序列,利用16S rDNA分子测序技术检测细菌具有高度的特异性. 目的 利用16S rDN...
背景 眼内炎是多种内眼手术的严重并发症,以往感染菌的确定多采用细菌培养和涂片染色法,但存在花费时间长和阳性率低的问题.16S rDNA是细菌染色体上编码rRNA的序列,利用16S rDNA分子测序技术检测细菌具有高度的特异性. 目的 利用16S rDNA测序技术对细菌性眼内炎房水和/或玻璃体标本中的感染菌进行鉴定,探讨该技术在眼部感染性炎症诊断中的作用.方法 收集2015年6-12月在青岛眼科医院临床诊断为细菌性眼内炎的患者5例5眼,抽取每例患者的房水0.1～0.2 ml或玻璃标体标本0.5 ～1.0ml,各取50 μl用于高通量测序,剩余标本行涂片检查和细菌培养.采用D3096-01微量DNA试剂盒提取标本中细菌DNA,对收集的标本DNA样品进行16S rRNA基因V3-V4区PCR扩增,应用MiSeq 300测序仪对扩增的16S rDNA高变区序列进行测序,分析标本中病原菌的分类组成、分布特点以及各病原菌在标本中的相对含量,取50 μl无RNA酶水于一次性无菌离心管内作为空白对照. 结果 共收集到5份房水或玻璃体标本,涂片染色结果阳性者2例,外伤性细菌性眼内炎为革兰阳性杆菌,滤过泡感染性细菌性眼内炎为革兰阴性杆菌,而细菌培养法结果均为阴性.16S rDNA测序技术发现,5例标本检测阳性率为100％.外伤性细菌性眼内炎标本中高丰度菌属为葡萄球菌属、链球菌属和假单胞菌属,分别占65.28％、18.90％和12.76％;白内障术后2d急性细菌性眼内炎患眼标本中高丰度菌属有假单胞菌属、不动杆菌属和Limnobacter菌属,分别占53.68％、8.62％和5.96％;滤过泡感染性细菌性眼内炎标本中高丰度菌属有莫拉菌属和假单胞菌属,分别占88.89％和9.52％;白内障术后22 d迟发性细菌性眼内炎标本中相对含量较高的菌属有假单胞菌属,占84.63％;白内障术后1d急性细菌性眼内炎患眼标本中相对含量较高的有假单胞菌属,占97.89％.结论 16S rDNA测序可准确鉴别眼内炎患者房水和玻璃体标本中的致病菌,该方法检测的阳性率明显高于传统的涂片染色法和细菌培养法.
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关键词
眼内炎/微生物学
房水/微生物学
玻璃体/微生物学
细菌DNA/分析
测序分析
DNA
16S
rDNA
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职称材料
题名
16S rDNA测序技术对细菌性眼内炎房水和玻璃体标本中细菌的鉴别作用
被引量：
7
1
作者
杨宝霞
李虹
孔凡芳
黄钰森
机构
山东省医学科学院山东省眼科研究所青岛眼科医院山东省眼科学重点实验室——省部共建国家重点实验室培育基地
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期883-887,共5页
基金
国家自然科学基金项目（81370996）
山东省重点研发计划（省攻关）项目（2015GSF118070）
文摘
背景 眼内炎是多种内眼手术的严重并发症,以往感染菌的确定多采用细菌培养和涂片染色法,但存在花费时间长和阳性率低的问题.16S rDNA是细菌染色体上编码rRNA的序列,利用16S rDNA分子测序技术检测细菌具有高度的特异性. 目的 利用16S rDNA测序技术对细菌性眼内炎房水和/或玻璃体标本中的感染菌进行鉴定,探讨该技术在眼部感染性炎症诊断中的作用.方法 收集2015年6-12月在青岛眼科医院临床诊断为细菌性眼内炎的患者5例5眼,抽取每例患者的房水0.1～0.2 ml或玻璃标体标本0.5 ～1.0ml,各取50 μl用于高通量测序,剩余标本行涂片检查和细菌培养.采用D3096-01微量DNA试剂盒提取标本中细菌DNA,对收集的标本DNA样品进行16S rRNA基因V3-V4区PCR扩增,应用MiSeq 300测序仪对扩增的16S rDNA高变区序列进行测序,分析标本中病原菌的分类组成、分布特点以及各病原菌在标本中的相对含量,取50 μl无RNA酶水于一次性无菌离心管内作为空白对照. 结果 共收集到5份房水或玻璃体标本,涂片染色结果阳性者2例,外伤性细菌性眼内炎为革兰阳性杆菌,滤过泡感染性细菌性眼内炎为革兰阴性杆菌,而细菌培养法结果均为阴性.16S rDNA测序技术发现,5例标本检测阳性率为100％.外伤性细菌性眼内炎标本中高丰度菌属为葡萄球菌属、链球菌属和假单胞菌属,分别占65.28％、18.90％和12.76％;白内障术后2d急性细菌性眼内炎患眼标本中高丰度菌属有假单胞菌属、不动杆菌属和Limnobacter菌属,分别占53.68％、8.62％和5.96％;滤过泡感染性细菌性眼内炎标本中高丰度菌属有莫拉菌属和假单胞菌属,分别占88.89％和9.52％;白内障术后22 d迟发性细菌性眼内炎标本中相对含量较高的菌属有假单胞菌属,占84.63％;白内障术后1d急性细菌性眼内炎患眼标本中相对含量较高的有假单胞菌属,占97.89％.结论 16S rDNA测序可准确鉴别眼内炎患者房水和玻璃体标本中的致病菌,该方法检测的阳性率明显高于传统的涂片染色法和细菌培养法.
关键词
眼内炎/微生物学
房水/微生物学
玻璃体/微生物学
细菌DNA/分析
测序分析
DNA
16S
rDNA
Keywords
Endophthalmitis/microbiology
Aqueous humor/microbiology
Vitreous body/microbiology
DNA, bacterial/analysis
Sequence analysis, DNA
16S rDNA
分类号
R771 [医药卫生—眼科]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
16S rDNA测序技术对细菌性眼内炎房水和玻璃体标本中细菌的鉴别作用
杨宝霞
李虹
孔凡芳
黄钰森
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2016
7
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