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题名基于转录组和WGCNA筛选大葱雄性不育相关基因
被引量：1
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作者
岳丽昕
王清华
刘泽洲
孔素萍
高莉敏
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机构
山东省农业科学院蔬菜研究所、国家蔬菜改良中心山东分中心、山东省设施蔬菜生物学重点实验室、农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东)
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出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第9期212-224,共13页
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基金
山东省重点研发计划(2023TZXD071)
山东省蔬菜产业技术体系(SDAIT-05)
山东省农业科学院农业科技创新工程(CXGC2024F08,CXG2023A07)。
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文摘
【目的】挖掘大葱雄性不育相关的特异性模块并筛选核心基因,为后续深入解析大葱雄性不育分子机制提供理论依据。【方法】以大葱可育株MF和不育株MS不同发育时期的花蕾为研究对象,基于转录组测序和加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),鉴定与大葱雄性不育相关的特异性模块,筛选核心基因。【结果】通过WGCNA分析,将8320个基因划分为18个共表达模块,获得3个与大葱不育株MS花粉败育高度相关的特异性模块(blue、midnightblue和black模块)。功能富集分析表明,大葱不育株MS的花粉败育与苯丙素生物合成、角质和蜡质生物合成、淀粉和蔗糖代谢、α-亚油酸代谢和脂肪酸延长等多种代谢过程密切相关。根据模块内基因的连接度以及基因意义,鉴定得到atpB、TPS9、TPD1、BHLH35等核心基因,可能在大葱花粉发育中起关键调控作用。实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,RT-qPCR)结果显示,核心基因的表达量在MF和MS不同发育时期的花蕾中差异显著,且表达趋势与转录组学测序结果一致。【结论】鉴定了3个与大葱花粉败育高度相关的特异性模块,筛选到atpB、TPS9、TPD1等大葱花粉发育相关的核心基因,并发现大葱花粉败育主要涉及苯丙素生物合成、角质和蜡质生物合成、淀粉和蔗糖代谢、α-亚油酸代谢和脂肪酸延长等过程。
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关键词
大葱
雄性不育
加权基因共表达网络分析
转录组测序
核心基因
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Keywords
Welsh onion
male sterile
weighted gene co-expression network analysis
RNA-Seq
hub gene
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分类号
S633.1
[农业科学—蔬菜学]
Q943.2
[生物学—植物学]
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题名蒲公英栽培技术浅析
被引量：1
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作者
兰成云
吕晓惠
丁尔乔
刘绪涛
段曦
王俊峰
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机构
山东省农业科学院蔬菜花卉研究所、国家蔬菜改良中心山东分中心、山东省设施蔬菜生物学重点实验室、农业部黄淮地区蔬菜科学观测实验站(山东)
山东农业工程学院园林科学与工程学院
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出处
《农业知识》
2019年第17期44-46,共3页
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文摘
蒲公英又名黄花地丁、婆婆丁,为菊科蒲公英属多年生草本植物,原产于欧洲,在我国东北、华北、西北、华中、西南地区均有分布。我国民间有采挖蒲公英做野菜食用的习惯,而在传统中药领域,蒲公英作为一味重要中药很早就见于中医药典记载,认为其具有清热解毒、消肿散结、补脾和胃和通乳等疗效,更被称为中药的“八大金刚”之一。研究表明,蒲公英自身营养丰富,尤其蛋白质、氨基酸、维生素C、钙元素、铁元素含量极为突出,同时其又富含蒲公英萜醇、蒲公英甾醇等多种黄酮类物质,具有较高的药用保健价值。
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关键词
蒲公英属
多年生草本植物
技术
栽培
传统中药
药用保健价值
黄酮类物质
黄花地丁
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分类号
S567.239
[农业科学—中草药栽培]
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