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基于生物信息学筛选神经母细胞瘤骨髓转移关键基因
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作者 王菲菲 贾毓琇 +5 位作者 于刚 潘小姣 王琦 路云峰 邢玉倩 赵平 《中国小儿血液与肿瘤杂志》 CAS 2024年第3期166-173,共8页
目的利用生物信息学方法分析神经母细胞瘤骨髓转移差异表达的基因,探讨免疫细胞浸润情况,筛选参与神经母细胞瘤骨髓转移的关键基因。方法在GEO数据库下载神经母细胞瘤骨髓转移相关数据集GSE112447,筛选差异表达基因(DEGs),进行GO/KEGG... 目的利用生物信息学方法分析神经母细胞瘤骨髓转移差异表达的基因,探讨免疫细胞浸润情况,筛选参与神经母细胞瘤骨髓转移的关键基因。方法在GEO数据库下载神经母细胞瘤骨髓转移相关数据集GSE112447,筛选差异表达基因(DEGs),进行GO/KEGG富集分析、蛋白互作网络构建、免疫浸润分析,利用Cytoscape软件筛选关键基因。结果筛选得到397个DEGs,其中261个上调基因,136个下调基因。功能富集分析显示DEGs参与信号转导、炎症反应、细胞增殖等多种生物学过程。KEGG结果表明:DEGs与PI3K-Akt信号通路、破骨细胞分化、趋化因子信号通路等有关。22种免疫细胞中,相对于骨髓转移组,无骨髓转移组有更多的浆细胞、活化的CD4+T细胞、滤泡辅助T细胞、活化的NK细胞、M0及M2巨噬细胞浸润。PPI网络构建筛选得到9个关键基因(TNF、IL-1β、ITGAM、TLR2、FCGR3A、S100A12、FGR、LILRB2、HCK)。ROC曲线提示S100A12及IL-1β高表达发生骨髓转移风险相对更高。结论本研究筛选得到的关键基因及免疫细胞浸润水平的变化可能在神经母细胞瘤骨髓转移中起到重要作用。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 骨髓转移 关键基因 免疫浸润 生物信息学
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