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基于加权基因共表达网络挖掘番茄抗灰霉病的关键基因
1
作者
张孟晗
韩鸿宇
+5 位作者
李亚妮
耿梦爽
刘奕飞
刘佳琳
孟宪文
李传友
《中国蔬菜》
北大核心
2025年第6期74-84,共11页
为挖掘番茄抗灰霉病关键基因,以高代自交系E6203为试材,对灰霉病菌侵染前、后的番茄幼苗叶片开展转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选番茄抵御灰霉病菌侵染的关键基因。结...
为挖掘番茄抗灰霉病关键基因,以高代自交系E6203为试材,对灰霉病菌侵染前、后的番茄幼苗叶片开展转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选番茄抵御灰霉病菌侵染的关键基因。结果表明:通过WGCNA分析共获得13个基因共表达模块,其中有2个模块与番茄早期响应灰霉病菌侵染相关,有2个模块与番茄晚期响应灰霉病菌侵染有关。功能富集分析发现,番茄在灰霉病菌侵染后初级代谢过程减弱,而防御响应过程被激活。进一步挖掘模块关键基因,在早、晚期响应模块中共筛选出4个参与调控灰霉病抗性的候选基因CDIP、DJC17、NATA2和NPF6.4。番茄抵御灰霉病菌侵染时主要涉及糖原分解、含吡啶化合物的分解、膜蛋白降解等途径。
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关键词
番茄
灰霉病
转录组测序
加权基因共表达网络分析
关键基因
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题名
基于加权基因共表达网络挖掘番茄抗灰霉病的关键基因
1
作者
张孟晗
韩鸿宇
李亚妮
耿梦爽
刘奕飞
刘佳琳
孟宪文
李传友
机构
山东农业大学
园艺科学与技术学院
山东农业大学泰山番茄产业研究院
山东农业大学
生命科学学院
出处
《中国蔬菜》
北大核心
2025年第6期74-84,共11页
基金
青岛市科技惠民示范工程项目(23-2-8-xdny-15-nsh)
国家重点研发计划项目(2023YFD1200100)
国家自然科学基金项目(32000364)。
文摘
为挖掘番茄抗灰霉病关键基因,以高代自交系E6203为试材,对灰霉病菌侵染前、后的番茄幼苗叶片开展转录组测序,通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)筛选番茄抵御灰霉病菌侵染的关键基因。结果表明:通过WGCNA分析共获得13个基因共表达模块,其中有2个模块与番茄早期响应灰霉病菌侵染相关,有2个模块与番茄晚期响应灰霉病菌侵染有关。功能富集分析发现,番茄在灰霉病菌侵染后初级代谢过程减弱,而防御响应过程被激活。进一步挖掘模块关键基因,在早、晚期响应模块中共筛选出4个参与调控灰霉病抗性的候选基因CDIP、DJC17、NATA2和NPF6.4。番茄抵御灰霉病菌侵染时主要涉及糖原分解、含吡啶化合物的分解、膜蛋白降解等途径。
关键词
番茄
灰霉病
转录组测序
加权基因共表达网络分析
关键基因
Keywords
tomato
gray mold
transcriptome sequencing
weighted gene co-expression network analysis(WGCNA)
hub gene
分类号
S641.2 [农业科学—蔬菜学]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于加权基因共表达网络挖掘番茄抗灰霉病的关键基因
张孟晗
韩鸿宇
李亚妮
耿梦爽
刘奕飞
刘佳琳
孟宪文
李传友
《中国蔬菜》
北大核心
2025
0
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