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2016年我国部分地区类NADC30新亚群猪繁殖与呼吸综合征病毒的遗传变异分析 被引量：34
1
作者 张洪亮 张晶 +12 位作者 李真 张文立 刘春晓 陈家锃 相丽润 冷超粮 彭金美 王倩 白云 安同庆 童光志 蔡雪辉 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期675-680,共6页
为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在我国新的流行特点，本研究根据GenBank中美国2012年提交的PRRSV NADC30株全基因组序列设计合成8对引物，通过RT-PCR的方法对本实验室2016年从4个省搜集的临床样品中检测到的15株类NADC3... 为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒（PRRSV）在我国新的流行特点，本研究根据GenBank中美国2012年提交的PRRSV NADC30株全基因组序列设计合成8对引物，通过RT-PCR的方法对本实验室2016年从4个省搜集的临床样品中检测到的15株类NADC30 PRRSVs株进行了全基因组测序，并且结合参考株进行了序列分析。NSP2推导氨基酸的序列比对表明，15株PRRSVs均具有aa323～aa433＋aa484＋aa505～aa523 （111＋1＋19） 131个氨基酸缺失的分子特征；经RDP4和Simplot生物学软件分析表明，15株PRRSVs中14株为重组病毒株，参与重组的亲本病毒株为PRRSV NADC30株，提供重组基因片段的病毒株为HP-PRRSV或以VR2332为代表的经典PRRSV株，这些类NADC30重组病毒株的重组位置、重组的基因片段及重组片段长度均具有多样性，而且重组的位置多位于编码非结构蛋白或次要结构蛋白的基因区域；全基因组遗传演化分析表明，这些病毒株远离国内之前流行的HP-PRRSV，同源性仅为83.4 %～87.2 %，而与其它的类NADC30病毒株位于一个相对独立的分支，以上结果均表明这类病毒株已形成了一个新的亚群，命名为5亚群。本研究中不同地区PRRSV的核苷酸同源性差异较大，仅为88.6 %～99.6 %，并且只有2个病毒株可以感染PAM和MARC-145细胞。本研究表明，以基因缺失和基因重组多样性为主要特征的5亚群PRRSV已在我国流行，其生物学特性有待进一步研究。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 类NADC30 缺失 重组 5亚群
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2016年我国3株欧洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及其全基因组特征分析 被引量：13
2
作者 张洪亮 张晶 +13 位作者 张文立 相丽润 宋帅杰 刘春晓 李真 彭金美 陈家锃 冷超粮 王倩 白云 安同庆 童光志 蔡雪辉 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第7期513-517,共5页
2016年,本实验室共检测到3株基因1型(欧洲型)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),分别命名为ZD1株、WK14株和WG9株,本研究对3株PRRSV进行了全基因组序列分析。遗传演化分析显示,3株PRRSV均属于基因1型I亚型,与基因1型代表株LV的核苷酸同源性... 2016年,本实验室共检测到3株基因1型(欧洲型)猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV),分别命名为ZD1株、WK14株和WG9株,本研究对3株PRRSV进行了全基因组序列分析。遗传演化分析显示,3株PRRSV均属于基因1型I亚型,与基因1型代表株LV的核苷酸同源性为88.7%~88.9%,与基因2型代表株VR2332的核苷酸同源性为60.7%~60.8%。ORF3与ORF4推导氨基酸序列比对结果显示,ZD1株的ORF3提前26个氨基酸(aa)终止,这是首次报道基因1型PRRSV编码的结构蛋白存在提前终止现象,WK14株与WG9株在ORF3的245位存在1个氨基酸的缺失;3株PRRSV在ORF4的66位皆存在1个氨基酸的缺失。Simplot生物学重组软件分析表明,WK14株为重组病毒,供体病毒株为BJEU06-1,提供重组片段的病毒株为NVDC-FJ,重组位置位于第931~3 379位碱基处。ZD1株和WG9株未发现重组现象。本研究发现我国欧洲型PRRSV基因组在缺失、重组等方面正发生一些新的变化,有必要对该类病毒进行持续监测和深入研究。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 基因1型 缺失 重组
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2016年～2017年我国华北地区某规模化猪场经典美洲型猪繁殖与呼吸综合征病毒的分离鉴定及全基因组序列分析 被引量：5
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作者 刘春晓 张洪亮 +10 位作者 张文立 相丽润 李真 冷超粮 陈家锃 彭金美 王倩 安同庆 童光志 蔡雪辉 田志军 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第9期691-696,共6页
为了解近期我国华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及变异情况,本研究对该地区某猪场采集33份2016年~2017年疑似患PRRS猪病料样品进行PCR检测,对阳性样品进行病毒分离,并从分离株中选择两株病毒(SD158和SD192)进行全基因的序... 为了解近期我国华北地区猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行及变异情况,本研究对该地区某猪场采集33份2016年~2017年疑似患PRRS猪病料样品进行PCR检测,对阳性样品进行病毒分离,并从分离株中选择两株病毒(SD158和SD192)进行全基因的序列扩增及分析。结果显示,检测到13份PRRSV阳性病料样品,病原为经典美洲型PRRSV,但仅分离到11株病毒(4株感染MARC-145细胞,另外7株感染PAM细胞)。SD158和SD192株与Resp PRRS MLV株(疫苗株)的核苷酸同源性最高,分别为99.7%和99.4%。对这两株PRRSV与VR-2332、Resp PRRS MLV的各基因的推导氨基酸序列进行分析,结果显示在VR-2332与Resp PRRS MLV株22处差异氨基酸中,SD158株有15处、SD192株有14处氨基酸和Resp PRRS MLV株相同,但二者仅各有6处及7处氨基酸与VR-2332株一致,在鉴别PRRSV VR-2332株与Resp PRRS MLV株的7处可能与毒力相关的氨基酸位点时发现,SD158与SD192株各有5处基酸与VR-2332株相同。根据以上结果推测SD158与SD192株可能来源于PRRSV Resp PRRS MLV株,具有上述分子变化特征的PRRSV在我国的流行状况值得关注。 展开更多
关键词 经典猪繁殖与呼吸综合征病毒 病毒分离鉴定 流行病学
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