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分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化
被引量：
1
1
作者
赵文辉
白明泽
豆育升
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2014年第2期423-427,共5页
为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atomreorder算法....
为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atomreorder算法.该方法通过重新调整粒子的顺序,使同一个或者相邻晶格的粒子在主存中的位置接近来增强程序的局部性,进而减少Cache的丢失.测试结果表明该方法对大体系模拟的Cache丢失有明显的优化,计算效率也相应提高了.
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关键词
分子动力学
缓存
CACHE命中率
Atom-reorder
Program
Performance
Application
Interface(PAPI)
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职称材料
题名
分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化
被引量：
1
1
作者
赵文辉
白明泽
豆育升
机构
重庆邮电
大学
计算机
科学
与技术学院
重庆邮电
大学
高性能计算与应用研究所
尼科尔斯州立大学自然科学系
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2014年第2期423-427,共5页
基金
国家自然科学基金项目(21073242)资助
文摘
为了提高分子动力学模拟计算在当前具有多级缓存(Cache)结构的处理器上的计算性能,对分子动力学模拟过程中缓存(Cache)的访问特征进行了分析与优化.通过对影响Cache命中率和模拟计算效率的因素进行测试与分析,提出一种Atomreorder算法.该方法通过重新调整粒子的顺序,使同一个或者相邻晶格的粒子在主存中的位置接近来增强程序的局部性,进而减少Cache的丢失.测试结果表明该方法对大体系模拟的Cache丢失有明显的优化,计算效率也相应提高了.
关键词
分子动力学
缓存
CACHE命中率
Atom-reorder
Program
Performance
Application
Interface(PAPI)
Keywords
molecular dynamics
cache
cache hit rate
atom-reorder
program performance application interface
分类号
TP399 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
分子动力学模拟中Cache访问的分析与优化
赵文辉
白明泽
豆育升
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2014
1
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