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基于网络药理学的灵芝作用机制研究
被引量：
3
1
作者
徐靖
赵建霞
+4 位作者
张国亮
王瑛
郑化先
李明焱
李振皓
《浙江农业科学》
2022年第8期1837-1846,共10页
通过TCMSP数据库,结合化合物含量信息,从灵芝中筛选出类药性好且含量较高的化合物;通过TCMSP、TCMIP、Swiss Target Prediction、SuperPred等数据库,预测化合物相应靶点;采用STRING数据库,构建靶点蛋白质互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点...
通过TCMSP数据库,结合化合物含量信息,从灵芝中筛选出类药性好且含量较高的化合物;通过TCMSP、TCMIP、Swiss Target Prediction、SuperPred等数据库,预测化合物相应靶点;采用STRING数据库,构建靶点蛋白质互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点;通过Enrichr数据库,预测核心靶点对应疾病;通过Cytoscape的ClueGo模块,对核心靶点进行基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点、化合物-靶点-疾病-通路网络。根据试验结果,共筛选出60种化合物的22个核心靶点;核心靶点对应的疾病集中在肿瘤、自身免疫性疾病等;GO分析发现,核心靶点参与了88个生物过程,主要分为8个类别;KEGG分析发现,核心靶点参与了5个代谢通路,分为4个类别;化合物-靶点-疾病-通路网络显示了化合物、靶点、疾病、通路间的相互作用,如Lucialdehyde C、Ganoderic aldehyde A可通过DRD2靶点及22个相关生物功能通路,对30种疾病发挥作用。
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关键词
灵芝
网络药理学
靶点
Cytoscape
作用机制
在线阅读
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职称材料
基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制
被引量：
3
2
作者
李振宇
赵建霞
+5 位作者
张国亮
王晓彤
王瑛
徐靖
李明焱
李振皓
《浙江农业科学》
2022年第8期1855-1860,1864,共7页
研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物...
研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物。通过Swiss Target Prediction预测优效化合物的靶点集,并通过Genecards数据库获取免疫调节相关靶点集,两者取交集得到铁皮石斛免疫调节相关靶点集,进一步通过Cytoscape软件建立化合物-靶点网络图,将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。通过R的Cluster Profiler包对核心靶点进行功能富集分析,包括基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点-生物功能网络。最终,共筛选出优效化合物124个,对应靶点421个;与免疫调节相关化合物58个,对应靶点60个;其中黄酮类化合物对应的免疫靶点较多,可能为主要的免疫活性成分。得到9个免疫调节相关核心靶点,GO分析发现这些核心靶点共参与了2059个条目,KEGG分析获得153个代谢通路。本研究通过化合物-靶点-生物功能网络展示了铁皮石斛多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续作用机制的深入研究和验证提供了可行方向。
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关键词
铁皮石斛
网络药理学
靶点
黄酮
作用机制
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职称材料
题名
基于网络药理学的灵芝作用机制研究
被引量：
3
1
作者
徐靖
赵建霞
张国亮
王瑛
郑化先
李明焱
李振皓
机构
浙江
寿仙谷
医药股份有限公司
浙江
寿仙谷
植物药
研究院
有限公司
浙江省
珍稀
植物药工程技术
研究
中心
寿仙谷珍稀药材产品省级重点农业企业研究院
出处
《浙江农业科学》
2022年第8期1837-1846,共10页
基金
浙江省重点研发计划(2017C02011,2019C02100)
浙江省重点农业企业研究院(2017Y20001)。
文摘
通过TCMSP数据库,结合化合物含量信息,从灵芝中筛选出类药性好且含量较高的化合物;通过TCMSP、TCMIP、Swiss Target Prediction、SuperPred等数据库,预测化合物相应靶点;采用STRING数据库,构建靶点蛋白质互作(PPI)网络,并筛选出核心靶点;通过Enrichr数据库,预测核心靶点对应疾病;通过Cytoscape的ClueGo模块,对核心靶点进行基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点、化合物-靶点-疾病-通路网络。根据试验结果,共筛选出60种化合物的22个核心靶点;核心靶点对应的疾病集中在肿瘤、自身免疫性疾病等;GO分析发现,核心靶点参与了88个生物过程,主要分为8个类别;KEGG分析发现,核心靶点参与了5个代谢通路,分为4个类别;化合物-靶点-疾病-通路网络显示了化合物、靶点、疾病、通路间的相互作用,如Lucialdehyde C、Ganoderic aldehyde A可通过DRD2靶点及22个相关生物功能通路,对30种疾病发挥作用。
关键词
灵芝
网络药理学
靶点
Cytoscape
作用机制
分类号
S567.31 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制
被引量：
3
2
作者
李振宇
赵建霞
张国亮
王晓彤
王瑛
徐靖
李明焱
李振皓
机构
浙江
寿仙谷
植物药
研究院
有限公司
浙江
寿仙谷
医药股份有限公司
浙江省
珍稀
植物药工程技术
研究
中心
寿仙谷珍稀药材产品省级重点农业企业研究院
出处
《浙江农业科学》
2022年第8期1855-1860,1864,共7页
基金
浙江省重点研发计划(2017C02011,2019C02100)
浙江省重点农业企业研究院(2017Y20001)。
文摘
研究表明,铁皮石斛在增强人体免疫力方面具有良好作用。为了明确铁皮石斛潜在的免疫活性成分及其作用机制,本研究从PubChem、SciFinder数据库中收集铁皮石斛小分子化合物及其化学结构相关的研究,然后通过Swiss ADME筛选优效目标化合物。通过Swiss Target Prediction预测优效化合物的靶点集,并通过Genecards数据库获取免疫调节相关靶点集,两者取交集得到铁皮石斛免疫调节相关靶点集,进一步通过Cytoscape软件建立化合物-靶点网络图,将交集靶点导入STRING构建蛋白互作网络(PPI),筛选出核心靶点。通过R的Cluster Profiler包对核心靶点进行功能富集分析,包括基因本体分析(GO)及通路富集分析(KEGG),最终建立化合物-靶点-生物功能网络。最终,共筛选出优效化合物124个,对应靶点421个;与免疫调节相关化合物58个,对应靶点60个;其中黄酮类化合物对应的免疫靶点较多,可能为主要的免疫活性成分。得到9个免疫调节相关核心靶点,GO分析发现这些核心靶点共参与了2059个条目,KEGG分析获得153个代谢通路。本研究通过化合物-靶点-生物功能网络展示了铁皮石斛多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续作用机制的深入研究和验证提供了可行方向。
关键词
铁皮石斛
网络药理学
靶点
黄酮
作用机制
分类号
S567 [农业科学—中草药栽培]
Q1 [生物学—普通生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于网络药理学的灵芝作用机制研究
徐靖
赵建霞
张国亮
王瑛
郑化先
李明焱
李振皓
《浙江农业科学》
2022
3
在线阅读
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职称材料
2
基于网络药理学的铁皮石斛免疫调节作用机制
李振宇
赵建霞
张国亮
王晓彤
王瑛
徐靖
李明焱
李振皓
《浙江农业科学》
2022
3
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