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烟草NtJAR1家族基因的鉴定及生物信息学分析
1
作者
章照停
杨梦璇
+5 位作者
徐方正
毛东平
李世金
王倩
徐刚
宁扬
《湖南农业科学》
2025年第6期8-15,共8页
为了研究烤烟激素代谢和逆境胁迫响应机制,基于烟草(Nicotiana tabacum L.)全基因组数据,利用生物信息学方法鉴定了烟草中茉莉酸-异亮氨酸合成酶基因(Jasmonoyl-isoleucine synthetase,JAR1)家族,并分析该家族的蛋白质理化性质、进化关...
为了研究烤烟激素代谢和逆境胁迫响应机制,基于烟草(Nicotiana tabacum L.)全基因组数据,利用生物信息学方法鉴定了烟草中茉莉酸-异亮氨酸合成酶基因(Jasmonoyl-isoleucine synthetase,JAR1)家族,并分析该家族的蛋白质理化性质、进化关系以及基因结构、保守结构域、启动子核心顺式作用元件以及转录模式。结果表明:烟草中共鉴定到12个NtJAR1基因,在系统发育上将其分为2个亚族(Ⅰ类和Ⅱ类),包含360~630个氨基酸,等电点为5.56~6.93,分子量为40.22~68.94 KDa,均为两性蛋白且热稳定性一致,除NtJAR1-3、NtJAR1-6、NtJAR1-9和NtJAR1-12位于细胞核中之外,剩余蛋白均定位在细胞质中;所有NtJAR1基因均具有GH3保守结构域,含有3~5个外显子,2~5个内含子;烟草NtJAR1基因家族的表达模式具有组织特异性,NtJAR1-5、NtJAR1-6、NtJAR1-8、NtJAR1-10、NtJAR1-7、NtJAR1-4在根中高度表达,NtJAR1-3、NtJAR1-12则在叶中高度表达;NtJAR1基因响应烟草冷胁迫,其中NtJAR1-7、NtJAR1-8、NtJAR1-10、NtJAR1-12基因在冷胁迫条件下表达上调。
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关键词
JAR1基因
烟草
冷胁迫
生物信息学分析
表达模式
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职称材料
黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控
被引量：
3
2
作者
于潇玮
王创
+4 位作者
王可
李欣艳
董雷
崔中利
曹慧
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期882-890,共9页
[目的]探究黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控,为烟稻轮作模式下通过施用黏细菌进行生防提供理论指导。[方法]以未处理(CK)、施用黏细菌菌剂(BS)和施用黏细菌+有机肥(BF)3个处理的烟稻轮作土壤为研...
[目的]探究黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控,为烟稻轮作模式下通过施用黏细菌进行生防提供理论指导。[方法]以未处理(CK)、施用黏细菌菌剂(BS)和施用黏细菌+有机肥(BF)3个处理的烟稻轮作土壤为研究对象,采用高通量测序技术对烟稻轮作土壤真菌的群落多样性、组成、组装过程进行分析。[结果]添加黏细菌后,Chao1指数降低,Shannon指数升高。BS和BF群落相似度较高,CK与BS、BF群落相似度较低。添加黏细菌后,在门水平上,被孢霉门(Mortierellomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota)的相对丰度降低;在属水平上,绿核菌属(Ustilaginoidea)和枝孢霉属(Cladosporium)的相对丰度增加,链格孢属(Alternaria)、腐质霉属(Humicola)和被孢霉属(Mortierella)的相对丰度逐渐降低。通过LEfSe分析可以得到不同处理间真菌丰度有显著差异的物种,即生物标记物种(biomarker),在CK中发生显著变化的真菌差异物种有7个,BS有5个,而BF有8个。3种土壤真菌群落组装过程均以随机性过程为主导,其中扩散限制贡献最大,且随机性过程贡献量在添加黏细菌后增加。[结论]向烟稻轮作土壤加入黏细菌后,改变土壤真菌群落组成和组装过程,并且使导致烟草赤星病和水稻褐变病的植物病原菌链格孢属(Alternaria)的相对丰度明显降低;与单独施用菌剂相比,以黏细菌配施有机肥效果更佳。
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关键词
烟草
黏细菌
真菌群落
群落组成
群落组装
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职称材料
题名
烟草NtJAR1家族基因的鉴定及生物信息学分析
1
作者
章照停
杨梦璇
徐方正
毛东平
李世金
王倩
徐刚
宁扬
机构
宣城市宣州区烟草产业发展中心
中国农业科学院
烟草
研究所
安徽皖南烟叶有限责任公司
出处
《湖南农业科学》
2025年第6期8-15,共8页
基金
宣州区烟草产业发展中心项目(2023-XZ-CTID)
安徽皖南烟叶有限责任公司项目(20230551008)。
文摘
为了研究烤烟激素代谢和逆境胁迫响应机制,基于烟草(Nicotiana tabacum L.)全基因组数据,利用生物信息学方法鉴定了烟草中茉莉酸-异亮氨酸合成酶基因(Jasmonoyl-isoleucine synthetase,JAR1)家族,并分析该家族的蛋白质理化性质、进化关系以及基因结构、保守结构域、启动子核心顺式作用元件以及转录模式。结果表明:烟草中共鉴定到12个NtJAR1基因,在系统发育上将其分为2个亚族(Ⅰ类和Ⅱ类),包含360~630个氨基酸,等电点为5.56~6.93,分子量为40.22~68.94 KDa,均为两性蛋白且热稳定性一致,除NtJAR1-3、NtJAR1-6、NtJAR1-9和NtJAR1-12位于细胞核中之外,剩余蛋白均定位在细胞质中;所有NtJAR1基因均具有GH3保守结构域,含有3~5个外显子,2~5个内含子;烟草NtJAR1基因家族的表达模式具有组织特异性,NtJAR1-5、NtJAR1-6、NtJAR1-8、NtJAR1-10、NtJAR1-7、NtJAR1-4在根中高度表达,NtJAR1-3、NtJAR1-12则在叶中高度表达;NtJAR1基因响应烟草冷胁迫,其中NtJAR1-7、NtJAR1-8、NtJAR1-10、NtJAR1-12基因在冷胁迫条件下表达上调。
关键词
JAR1基因
烟草
冷胁迫
生物信息学分析
表达模式
Keywords
JAR1
tobacco(Nicotiana tabacum L.)
cold stress
bioinformatic analysis
expression pattern
分类号
S572 [农业科学—烟草工业]
Q811.4 [生物学—生物工程]
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职称材料
题名
黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控
被引量：
3
2
作者
于潇玮
王创
王可
李欣艳
董雷
崔中利
曹慧
机构
南京农业大学生命科学学院/农业农村部农业环境微生物工程重点实验室
宣城市宣州区烟草产业发展中心
安徽中烟工业有限责任公司蚌埠卷烟厂
出处
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第5期882-890,共9页
基金
国家自然科学基金项目(32170123)
江苏省现代农业面上项目(BE2020340)。
文摘
[目的]探究黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控,为烟稻轮作模式下通过施用黏细菌进行生防提供理论指导。[方法]以未处理(CK)、施用黏细菌菌剂(BS)和施用黏细菌+有机肥(BF)3个处理的烟稻轮作土壤为研究对象,采用高通量测序技术对烟稻轮作土壤真菌的群落多样性、组成、组装过程进行分析。[结果]添加黏细菌后,Chao1指数降低,Shannon指数升高。BS和BF群落相似度较高,CK与BS、BF群落相似度较低。添加黏细菌后,在门水平上,被孢霉门(Mortierellomycota)、壶菌门(Chytridiomycota)和球囊菌门(Glomeromycota)的相对丰度降低;在属水平上,绿核菌属(Ustilaginoidea)和枝孢霉属(Cladosporium)的相对丰度增加,链格孢属(Alternaria)、腐质霉属(Humicola)和被孢霉属(Mortierella)的相对丰度逐渐降低。通过LEfSe分析可以得到不同处理间真菌丰度有显著差异的物种,即生物标记物种(biomarker),在CK中发生显著变化的真菌差异物种有7个,BS有5个,而BF有8个。3种土壤真菌群落组装过程均以随机性过程为主导,其中扩散限制贡献最大,且随机性过程贡献量在添加黏细菌后增加。[结论]向烟稻轮作土壤加入黏细菌后,改变土壤真菌群落组成和组装过程,并且使导致烟草赤星病和水稻褐变病的植物病原菌链格孢属(Alternaria)的相对丰度明显降低;与单独施用菌剂相比,以黏细菌配施有机肥效果更佳。
关键词
烟草
黏细菌
真菌群落
群落组成
群落组装
Keywords
tobacco
Myxobacteria
fungal community
community composition
community assembly
分类号
S154.36 [农业科学—土壤学]
S572 [农业科学—烟草工业]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
烟草NtJAR1家族基因的鉴定及生物信息学分析
章照停
杨梦璇
徐方正
毛东平
李世金
王倩
徐刚
宁扬
《湖南农业科学》
2025
0
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职称材料
2
黏细菌Myxococcus sp.BS对烟稻轮作土壤真菌多样性和群落组装过程的调控
于潇玮
王创
王可
李欣艳
董雷
崔中利
曹慧
《南京农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
3
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