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通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎关键基因
被引量:
1
1
作者
冯巩
贺娜
+6 位作者
弥曼
李雪萍
刘曼玲
范立萍
刘艳
李丽莉
牛春燕
《山西医科大学学报》
CAS
2019年第8期1060-1065,共6页
目的通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)关键基因,从而为NASH的诊断和治疗以及科研提供新的思路与方法。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取关于NASH的基因表达芯片数...
目的通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)关键基因,从而为NASH的诊断和治疗以及科研提供新的思路与方法。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取关于NASH的基因表达芯片数据,进一步通过GEO2R在线分析工具分析手段获得NASH和正常组织的差异化表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。随后,对这些DEGs进行功能富集分析,同时借助于蛋白-蛋白相互作用网络图分析(protein-protein interaction,PPI)去寻找NASH发生和发展的潜在分子作用机制。结果获得GSE17470芯片,514个DEGs以及11个关键基因(VEGFA、FOS、CAT、ALDH7A1、ALDH1B1、ALDH1A1、ALDH2、ERBB2、ALDH1L1、TF、ALDH8A1),功能富集分析提示DEGs多参与代谢过程,包括三大营养物质(糖类、脂肪、蛋白质)代谢,尤其是脂质代谢,同时与氧化还原生理过程密切相关,其中3个关键基因(CAT、ALDH2、ALDH8A1)与肝癌的生存分析具有紧密联系,可能与NASH发展到HCC密切相关。结论这些筛选出来的NASH关键基因在未来可能会成为NASH新的诊断生物学标志物或靶向性治疗的目标,为未来本领域的科学探索奠定新的方向。
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关键词
非酒精性脂肪性肝炎
差异性表达基因
芯片
蛋白-蛋白相互作用
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题名
通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎关键基因
被引量:
1
1
作者
冯巩
贺娜
弥曼
李雪萍
刘曼玲
范立萍
刘艳
李丽莉
牛春燕
机构
西安医学院全
科
医学研究所
西安医学院第一附属
医院
消化内
科
宝石
花
长庆
职工
医院
兴隆
园
医院
影像
科
宝石花长庆职工医院兴隆园医院医务科
厦门大学附属翔安
医院
消化内
科
出处
《山西医科大学学报》
CAS
2019年第8期1060-1065,共6页
基金
陕西省科技攻关计划项目(2016SF-327)
陕西省普通高等学校优势学科建设项目(陕教位[2014]3号)
文摘
目的通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎(non-alcoholic steatohepatitis,NASH)关键基因,从而为NASH的诊断和治疗以及科研提供新的思路与方法。方法通过GEO(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取关于NASH的基因表达芯片数据,进一步通过GEO2R在线分析工具分析手段获得NASH和正常组织的差异化表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。随后,对这些DEGs进行功能富集分析,同时借助于蛋白-蛋白相互作用网络图分析(protein-protein interaction,PPI)去寻找NASH发生和发展的潜在分子作用机制。结果获得GSE17470芯片,514个DEGs以及11个关键基因(VEGFA、FOS、CAT、ALDH7A1、ALDH1B1、ALDH1A1、ALDH2、ERBB2、ALDH1L1、TF、ALDH8A1),功能富集分析提示DEGs多参与代谢过程,包括三大营养物质(糖类、脂肪、蛋白质)代谢,尤其是脂质代谢,同时与氧化还原生理过程密切相关,其中3个关键基因(CAT、ALDH2、ALDH8A1)与肝癌的生存分析具有紧密联系,可能与NASH发展到HCC密切相关。结论这些筛选出来的NASH关键基因在未来可能会成为NASH新的诊断生物学标志物或靶向性治疗的目标,为未来本领域的科学探索奠定新的方向。
关键词
非酒精性脂肪性肝炎
差异性表达基因
芯片
蛋白-蛋白相互作用
Keywords
non-alcoholic steatohepatitis(NASH)
differentially expressed genes
microarray
protein-protein interaction
分类号
R575.1 [医药卫生—消化系统]
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作者
出处
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被引量
操作
1
通过生物信息学方法筛选新的非酒精性脂肪性肝炎关键基因
冯巩
贺娜
弥曼
李雪萍
刘曼玲
范立萍
刘艳
李丽莉
牛春燕
《山西医科大学学报》
CAS
2019
1
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