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基于转录组学和机器学习算法的肺结核铁死亡相关关键基因的研究
被引量：
2
1
作者
叶江娥
方雪晖
+1 位作者
熊延军
刘盛盛
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期92-99,共8页
目的:运用转录组学和机器学习方法探索铁死亡关键基因与肺结核发病机制的相关性。方法:以“pulmonary tuberculosis”为关键词,以测序类型(转录组学)和物种(HOMO sapiens)等为条件从公共存储库NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo...
目的:运用转录组学和机器学习方法探索铁死亡关键基因与肺结核发病机制的相关性。方法:以“pulmonary tuberculosis”为关键词,以测序类型(转录组学)和物种(HOMO sapiens)等为条件从公共存储库NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中进行搜索和筛选,得到GSE153326和GSE67589两套转录组数据集。将GSE153326作为训练组数据[包含健康人群血液样本8份,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)阳性血液样本52份]、GSE67589作为验证组数据(包含健康人群血液样本30份,MTB阳性27份);使用R脚本对数据进行矫正和注释,对两转录组的差异表达基因鉴定后,筛选出GSE153326训练组差异基因中与铁死亡相关基因(TBFerDEG)的表达情况,并对TBFerDEG的基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行富集分析;利用LASSO回归分析和SVM算法,从TBFerDEG中获得与铁死亡有明显差异的关键基因,并对其进行ROC分析,探索与关键基因相关的药物调控网络;最后将关键基因导入GSE67589验证组中,以验证训练组筛选出的铁死亡关键基因的诊断意义。结果:通过生物信息学分析,共筛选得到416个TBFerDEG,剔除不符合入选要求的基因,最终得到56个TBFerDEG差异基因。GO富集分析发现,肺结核中与铁死亡相关的生物学进程有细胞对化学应激的反应自噬调节、线粒体自噬、线粒体解体等;参与的通路有AMPK信号通路和铁死亡等。通过LASSO回归分析和SVM算法,最终得到5个与铁死亡相关的关键基因,分别为BID、AR、STK11、ALOX12和SRC,AUC分别为0.807、0.858、0.734、0.840和0.880;验证关键基因结果表明,AR和SRC基因在验证组(GSE67589)中MTB阳性与健康人群中的表达差异均有统计学意义(P值分别为0.004和0.017)。结论:AR和SRC是肺结核中与铁死亡相关的关键基因,可能为今后的基础研究奠定一定的借鉴和参考。
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关键词
结核
肺
铁死亡
基因表达
机器学习
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职称材料
维生素D受体基因多态性与青少年结核易感性的研究
被引量：
4
2
作者
沙玉霞
张雪
+9 位作者
周浩泉
王华
何金根
周玲
张慧芳
李丹
张亚芥
母东勤
潘家华
肖红
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2020年第10期1588-1592,共5页
目的探讨维生素D受体(VDR)基因多态性与青少年肺结核(PTB)易感性的关系,为青少年肺结核病的防治手段提供遗传学理论依据。方法在合肥市及山南市共采集青少年肺结核病患者96例(病例组)、健康对照123例(对照组)的外周静脉血。应用限制性...
目的探讨维生素D受体(VDR)基因多态性与青少年肺结核(PTB)易感性的关系,为青少年肺结核病的防治手段提供遗传学理论依据。方法在合肥市及山南市共采集青少年肺结核病患者96例(病例组)、健康对照123例(对照组)的外周静脉血。应用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)分析方法检测VDR基因位点(ApaI、BsmI、FokI、TaqI)的基因型,并用χ~2检验分别分析两地区青少年VDR基因多态性与结核易感间的关系。结果两地区病例组BsmI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异有统计学意义(合肥市:χ~2=19.948,P<0.001,山南市:χ~2=38.485,P<0.001);两地区病例组FokI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异有统计学意义(合肥市:χ~2=7.231,P=0.027,山南市:χ~2=21.781,P<0.001)。而两地区病例组ApaI及TaqI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论VDR基因BsmI及FokI位点多态性与青少年肺结核易感有关,BsmI位点Bb、bb基因型及FokI位点Ff、ff基因型增加青少年肺结核病易感风险。
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关键词
维生素D受体
基因多态性
青少年
肺结核
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职称材料
利福霉素类药物致血小板减少性紫癜一例
被引量：
3
3
作者
吴欣俐
张云玲
+3 位作者
贺思勋
王华
洪健
程秀琴
《中国防痨杂志》
CAS
2016年第9期786-788,共3页
利福霉素类药物作为一类重要的抗生素，在肺结核治疗上发挥着重要作用，目前在临床上常用的有利福平、利福喷丁及利福布汀。药源性血小板减少症是由某些药物所致周围血液中血小板（PLT）计数减少（PLT〈100×10^9／L），从而导致的...
利福霉素类药物作为一类重要的抗生素，在肺结核治疗上发挥着重要作用，目前在临床上常用的有利福平、利福喷丁及利福布汀。药源性血小板减少症是由某些药物所致周围血液中血小板（PLT）计数减少（PLT〈100×10^9／L），从而导致的出血性疾病。
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关键词
血小板减少性紫癜
利福霉素类药物
血小板减少症
出血性疾病
利福布汀
利福喷丁
周围血液
抗生素
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职称材料
题名
基于转录组学和机器学习算法的肺结核铁死亡相关关键基因的研究
被引量：
2
1
作者
叶江娥
方雪晖
熊延军
刘盛盛
机构
安徽省胸科医院
结核
一
科
安徽省胸科医院
办公室
安徽省胸科医院结核八科
安徽省胸科医院
结核
七
科
出处
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第1期92-99,共8页
基金
2022年安徽省自然科学基金面上项目(2208085MH193)。
文摘
目的:运用转录组学和机器学习方法探索铁死亡关键基因与肺结核发病机制的相关性。方法:以“pulmonary tuberculosis”为关键词,以测序类型(转录组学)和物种(HOMO sapiens)等为条件从公共存储库NCBI GEO(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)中进行搜索和筛选,得到GSE153326和GSE67589两套转录组数据集。将GSE153326作为训练组数据[包含健康人群血液样本8份,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)阳性血液样本52份]、GSE67589作为验证组数据(包含健康人群血液样本30份,MTB阳性27份);使用R脚本对数据进行矫正和注释,对两转录组的差异表达基因鉴定后,筛选出GSE153326训练组差异基因中与铁死亡相关基因(TBFerDEG)的表达情况,并对TBFerDEG的基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)进行富集分析;利用LASSO回归分析和SVM算法,从TBFerDEG中获得与铁死亡有明显差异的关键基因,并对其进行ROC分析,探索与关键基因相关的药物调控网络;最后将关键基因导入GSE67589验证组中,以验证训练组筛选出的铁死亡关键基因的诊断意义。结果:通过生物信息学分析,共筛选得到416个TBFerDEG,剔除不符合入选要求的基因,最终得到56个TBFerDEG差异基因。GO富集分析发现,肺结核中与铁死亡相关的生物学进程有细胞对化学应激的反应自噬调节、线粒体自噬、线粒体解体等;参与的通路有AMPK信号通路和铁死亡等。通过LASSO回归分析和SVM算法,最终得到5个与铁死亡相关的关键基因,分别为BID、AR、STK11、ALOX12和SRC,AUC分别为0.807、0.858、0.734、0.840和0.880;验证关键基因结果表明,AR和SRC基因在验证组(GSE67589)中MTB阳性与健康人群中的表达差异均有统计学意义(P值分别为0.004和0.017)。结论:AR和SRC是肺结核中与铁死亡相关的关键基因,可能为今后的基础研究奠定一定的借鉴和参考。
关键词
结核
肺
铁死亡
基因表达
机器学习
Keywords
Tuberculosis,pulmonary
Ferroptosis
Gene expression
Machine learning
分类号
R52 [医药卫生—内科学]
R446 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
维生素D受体基因多态性与青少年结核易感性的研究
被引量：
4
2
作者
沙玉霞
张雪
周浩泉
王华
何金根
周玲
张慧芳
李丹
张亚芥
母东勤
潘家华
肖红
机构
安徽
医
科
大学附属省立
医院
儿
科
安徽省胸科医院结核八科
西藏自治区山南市人民
医院
感染
科
出处
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2020年第10期1588-1592,共5页
基金
安徽省科技厅重点研究与发展计划项目(编号:1804e03020323)。
文摘
目的探讨维生素D受体(VDR)基因多态性与青少年肺结核(PTB)易感性的关系,为青少年肺结核病的防治手段提供遗传学理论依据。方法在合肥市及山南市共采集青少年肺结核病患者96例(病例组)、健康对照123例(对照组)的外周静脉血。应用限制性片段长度多态性聚合酶链反应(PCR-RFLP)分析方法检测VDR基因位点(ApaI、BsmI、FokI、TaqI)的基因型,并用χ~2检验分别分析两地区青少年VDR基因多态性与结核易感间的关系。结果两地区病例组BsmI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异有统计学意义(合肥市:χ~2=19.948,P<0.001,山南市:χ~2=38.485,P<0.001);两地区病例组FokI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异有统计学意义(合肥市:χ~2=7.231,P=0.027,山南市:χ~2=21.781,P<0.001)。而两地区病例组ApaI及TaqI位点基因型与对照组相应基因型比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论VDR基因BsmI及FokI位点多态性与青少年肺结核易感有关,BsmI位点Bb、bb基因型及FokI位点Ff、ff基因型增加青少年肺结核病易感风险。
关键词
维生素D受体
基因多态性
青少年
肺结核
Keywords
vitamin D receptor
genetic polymorphism
adolescent
pulmonary tuberculosis
分类号
R729 [医药卫生—儿科]
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职称材料
题名
利福霉素类药物致血小板减少性紫癜一例
被引量：
3
3
作者
吴欣俐
张云玲
贺思勋
王华
洪健
程秀琴
机构
安徽省胸科医院
药剂
科
安徽省胸科医院结核八科
出处
《中国防痨杂志》
CAS
2016年第9期786-788,共3页
文摘
利福霉素类药物作为一类重要的抗生素，在肺结核治疗上发挥着重要作用，目前在临床上常用的有利福平、利福喷丁及利福布汀。药源性血小板减少症是由某些药物所致周围血液中血小板（PLT）计数减少（PLT〈100×10^9／L），从而导致的出血性疾病。
关键词
血小板减少性紫癜
利福霉素类药物
血小板减少症
出血性疾病
利福布汀
利福喷丁
周围血液
抗生素
分类号
R554.6 [医药卫生—血液循环系统疾病]
在线阅读
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组学和机器学习算法的肺结核铁死亡相关关键基因的研究
叶江娥
方雪晖
熊延军
刘盛盛
《中国防痨杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
2
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
维生素D受体基因多态性与青少年结核易感性的研究
沙玉霞
张雪
周浩泉
王华
何金根
周玲
张慧芳
李丹
张亚芥
母东勤
潘家华
肖红
《安徽医科大学学报》
CAS
北大核心
2020
4
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
利福霉素类药物致血小板减少性紫癜一例
吴欣俐
张云玲
贺思勋
王华
洪健
程秀琴
《中国防痨杂志》
CAS
2016
3
在线阅读
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职称材料
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