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题名苏云金芽胞杆菌代谢网络的重构与结构分析
被引量：13
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作者
丁德武
刘丽
陈守文
须文波
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机构
江南大学信息工程学院
华中农业大学农业微生物学国家重点实验室
安徽省池州学院数学计算机科学系
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出处
《华中农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第5期606-610,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(60474030)
华中农业大学农业微生物学国家重点实验室开放课题(AML-0404)资助
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文摘
代谢网络的研究是当前的一个新热点,越来越多的证据表明对代谢网络的拓扑结构进行分析有助于理解细胞的行为和生命现象。本研究首先从KEGG数据库中获取了苏云金芽胞杆菌的基因组与所有代谢途径信息,构建了基因-酶以及酶-反应的列表,并参照Ma和Zeng所建立的数据库对所得的列表进行必要的修正。然后,用节点表示代谢物,连线表示代谢物之间的反应,即用代谢物图来表示所得的代谢网络,该网络包含了830个节点,1132条连线。随后,基于代谢网络的蝴蝶结结构对该网络进行模块划分并提取了网络的最重要组成部分:巨强连通体。最后,分析了巨强连通体及其10个关键节点的生物学功能意义。
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关键词
代谢网络
结构分析
蝴蝶结
巨强连通体
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Keywords
metabolic network
structural analysis
bow tie
giant strong component
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分类号
TP391
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
Q939.124
[生物学—微生物学]
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