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利用计算方法识别定义内含子保留的基因组特征
被引量:
1
1
作者
马猛
汪洋
《计算机工程与应用》
CSCD
2012年第28期36-41,共6页
超过90%的人基因都存在选择性剪接。正确识别不同的选择性剪接模式对深刻理解基因剪接调控机制具有重要意义。内含子保留是一种较为常见的基因剪接模式。从基因组序列本身出发,利用计算方法识别定义内含子保留的各种基因组特征,抽取统...
超过90%的人基因都存在选择性剪接。正确识别不同的选择性剪接模式对深刻理解基因剪接调控机制具有重要意义。内含子保留是一种较为常见的基因剪接模式。从基因组序列本身出发,利用计算方法识别定义内含子保留的各种基因组特征,抽取统计意义上显著差异的特征,利用三种分类方法(SVM,NN,NB)对这些基因组特征进行了分类预测验证实验,保留内含子的平均预测精度达到70%,整体平均精度达到90%,取得了良好效果。研究方法也可应用于其他基因剪接模式的研究。
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关键词
基因剪接
内含子保留
基因组特征
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职称材料
基于m序列变换和混沌映射的图像加密算法
被引量:
11
2
作者
刘家胜
黄贤武
+1 位作者
朱灿焰
吕皖丽
《电子与信息学报》
EI
CSCD
北大核心
2007年第6期1476-1479,共4页
该文利用m序列发生器中移位寄存器状态的遍历性(全零状态除外),首次提出一种“m序列变换”用于图像位置置乱的方法。并利用混沌映射系统具有初值敏感性,参数敏感性和类随机性的特点,设计了一种基于“m序列变换”与混沌映射相结合的图像...
该文利用m序列发生器中移位寄存器状态的遍历性(全零状态除外),首次提出一种“m序列变换”用于图像位置置乱的方法。并利用混沌映射系统具有初值敏感性,参数敏感性和类随机性的特点,设计了一种基于“m序列变换”与混沌映射相结合的图像加密算法,与其它图像加密算法相比,该算法的密钥空间非常巨大,具有更好的安全性。
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关键词
图像加密
m序列变换
混沌映射
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职称材料
基于m序列整数调制和置乱的图像加密算法
被引量:
3
3
作者
刘家胜
黄贤武
+2 位作者
朱灿焰
张燕
吕皖丽
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2007年第1期118-121,共4页
分析了m序列产生原理,分别提出了图像位置置乱的“m序列变换”方法和图像像素值替代的“m序列整数调制”方法,研究了m序列变换的图像加密效果。在此基础上,利用混沌图像的混沌特性,提出了一种实用的图像加密算法。最后,分析了本文算法...
分析了m序列产生原理,分别提出了图像位置置乱的“m序列变换”方法和图像像素值替代的“m序列整数调制”方法,研究了m序列变换的图像加密效果。在此基础上,利用混沌图像的混沌特性,提出了一种实用的图像加密算法。最后,分析了本文算法的密钥空间和安全性,并给出了应用本文算法的图像加密结果。
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关键词
m序列整数调制
m序列变换
正弦混沌映射
图像加密
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职称材料
基于权值向量的偏好多目标优化方法
被引量:
5
4
作者
张兴义
蒋小三
张磊
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期2639-2645,共7页
偏好多目标优化方法是多目标优化领域的一个重要分支,其主要目的是仅搜索Pareto前沿面上部分区域内决策者感兴趣的解.基于MOEA/D算法根据预先设定的均匀分布的权值向量搜索Pareto最优前沿面的思想,本文提出了一种基于权值向量的偏好多...
偏好多目标优化方法是多目标优化领域的一个重要分支,其主要目的是仅搜索Pareto前沿面上部分区域内决策者感兴趣的解.基于MOEA/D算法根据预先设定的均匀分布的权值向量搜索Pareto最优前沿面的思想,本文提出了一种基于权值向量的偏好多目标优化方法,该方法通过引入具有偏好信息的权值向量,使算法仅搜索偏好点附近的解.仿真实验结果表明,与现有偏好多目标优化算法相比,本文方法具有支持多偏好点、偏好区域大小可控、偏好点位置无特别要求及偏好解具有更好收敛性的优势.
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关键词
多目标优化
偏好多目标优化算法
权值向量
偏好解
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职称材料
网格提取的图像修复方法
被引量:
2
5
作者
沈玉峰
汪继文
+1 位作者
林胜华
苏守宝
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009年第20期173-174,198,共3页
数字图像的修复,一般都需要人们用手工来标记待修复的区域。提出了一种新的方法,能够自动标记图像中的待修复区域——网状障碍物。首先将网状障碍物看作网格,利用网格是由空间中有规律两组线交叉形成的这一显著特点,然后通过计算来提取...
数字图像的修复,一般都需要人们用手工来标记待修复的区域。提出了一种新的方法,能够自动标记图像中的待修复区域——网状障碍物。首先将网状障碍物看作网格,利用网格是由空间中有规律两组线交叉形成的这一显著特点,然后通过计算来提取覆盖在图像上的网状障碍物,这样就不需要人们用手工来标记。为了保证得到的网格线能够完全覆盖图像上的网状障碍物,把提取的网格线进行适当的膨胀,实验证明该方法是有效的,且比较容易实现。
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关键词
网状障碍物
网格
HOUGH变换
图像修复
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职称材料
应用序列特征分析基因剪接信号
被引量:
2
6
作者
马猛
汪洋
《计算机工程与应用》
CSCD
2012年第27期180-185,共6页
在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表...
在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表示其信号强度。基于该打分算法所构建的分类器可用于预测识别新的剪接信号。应用该打分算法研究剪接位点和剪接调控元件在基因组中的分布,发现这两类信号具有互补特性。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
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关键词
序列特征
基因剪接
剪接位点
剪接调控元件
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职称材料
一个RNA剪接调控元件分类方法的研究
7
作者
马猛
汪洋
+1 位作者
汝颖
王泽锋
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期45-52,共8页
序列分类方法被广泛应用于各种生物信息学问题,例如转录调控元件识别和蛋白结构预测。本研究设计了一个新的基于序列特征的分类方法,并将其用于RNA剪接调控元件的研究。该方法从已知剪接元件中抽取序列特征,构建一个打分算法,由此预测...
序列分类方法被广泛应用于各种生物信息学问题,例如转录调控元件识别和蛋白结构预测。本研究设计了一个新的基于序列特征的分类方法,并将其用于RNA剪接调控元件的研究。该方法从已知剪接元件中抽取序列特征,构建一个打分算法,由此预测未知元件RNA剪接调控功能。作为应用实例,采用已知外显子剪接增强子和沉默子(ESE和ESS)八联体作为实验数据,对本方法和若干已知常用方法的预测结果进行比较,3类计算验证实验中的平均预测精度为93%,表现出良好预测精度,且其透明的预测结构可帮助进行生物解释。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
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关键词
数据挖掘
序列特征
选择性剪接
剪接调控元件
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职称材料
知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法
8
作者
郑诚
王宇航
颜莉莉
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2022年第8期1583-1588,共6页
推荐系统已经广泛应用于各领域以处理信息过载问题,但传统方法面临着数据稀疏的挑战,且使用矩阵分解也不能很好的捕获抽象的非线性交互.考虑到知识图谱可以提供丰富的边信息,文中提出一种知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法.首先获取...
推荐系统已经广泛应用于各领域以处理信息过载问题,但传统方法面临着数据稀疏的挑战,且使用矩阵分解也不能很好的捕获抽象的非线性交互.考虑到知识图谱可以提供丰富的边信息,文中提出一种知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法.首先获取项目相关的元数据,将其构建为知识图谱,并利用表示学习方法获取图谱中的语义知识;其次,利用结合注意力的邻域传播机制获取图谱中的结构知识,以此增强项目表示;最后将得到的用户和项目表示送入矩阵分解与神经网络中进行推荐.在公开数据集MovieLens上的实验结果表明,该模型能够有效提升推荐结果的准确性.
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关键词
知识图谱
注意力机制
推荐系统
表示学习
嵌入传播
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职称材料
基于序列模式挖掘的基因剪接位点
被引量:
1
9
作者
孙永山
赵海峰
+3 位作者
汤振宇
李旦
马猛
陈荣
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2016年第5期1010-1019,共10页
剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实...
剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实现对剪接位点序列信号强度的定量度量。实验结果表明,该模型可有效分类真假剪接位点序列,分类效果优于最大信息熵模型,模型具有良好的鲁棒性,并且可有效识别致病剪接位点序列突变。
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关键词
剪接位点
序列模式
最大信息熵模型
致病突变
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职称材料
题名
利用计算方法识别定义内含子保留的基因组特征
被引量:
1
1
作者
马猛
汪洋
机构
安徽大学计算机科学技术学院
美国北卡罗来纳
大学
教堂山分校药理学系
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
2012年第28期36-41,共6页
基金
安徽省自然科学基金(No.1208085QF120)
安徽大学博士科研启动基金(No.33190013)
国家自然科学基金面上项目(No.61173187)
文摘
超过90%的人基因都存在选择性剪接。正确识别不同的选择性剪接模式对深刻理解基因剪接调控机制具有重要意义。内含子保留是一种较为常见的基因剪接模式。从基因组序列本身出发,利用计算方法识别定义内含子保留的各种基因组特征,抽取统计意义上显著差异的特征,利用三种分类方法(SVM,NN,NB)对这些基因组特征进行了分类预测验证实验,保留内含子的平均预测精度达到70%,整体平均精度达到90%,取得了良好效果。研究方法也可应用于其他基因剪接模式的研究。
关键词
基因剪接
内含子保留
基因组特征
Keywords
gene splicing
intron retention
genomic features
分类号
TP311 [自动化与计算机技术—计算机软件与理论]
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职称材料
题名
基于m序列变换和混沌映射的图像加密算法
被引量:
11
2
作者
刘家胜
黄贤武
朱灿焰
吕皖丽
机构
安徽大学计算机科学技术学院
苏州
大学
电子信息
学院
出处
《电子与信息学报》
EI
CSCD
北大核心
2007年第6期1476-1479,共4页
基金
江苏省自然科学基金(BK2001137)
安徽省高校青年教师基金(2004jq107)资助课题
文摘
该文利用m序列发生器中移位寄存器状态的遍历性(全零状态除外),首次提出一种“m序列变换”用于图像位置置乱的方法。并利用混沌映射系统具有初值敏感性,参数敏感性和类随机性的特点,设计了一种基于“m序列变换”与混沌映射相结合的图像加密算法,与其它图像加密算法相比,该算法的密钥空间非常巨大,具有更好的安全性。
关键词
图像加密
m序列变换
混沌映射
Keywords
Image encryption
m-sequence transform
Chaos map
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
在线阅读
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职称材料
题名
基于m序列整数调制和置乱的图像加密算法
被引量:
3
3
作者
刘家胜
黄贤武
朱灿焰
张燕
吕皖丽
机构
安徽大学计算机科学技术学院
苏州
大学
电子信息
学院
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2007年第1期118-121,共4页
基金
江苏省自然科学基金资助项目(BK2001137)
文摘
分析了m序列产生原理,分别提出了图像位置置乱的“m序列变换”方法和图像像素值替代的“m序列整数调制”方法,研究了m序列变换的图像加密效果。在此基础上,利用混沌图像的混沌特性,提出了一种实用的图像加密算法。最后,分析了本文算法的密钥空间和安全性,并给出了应用本文算法的图像加密结果。
关键词
m序列整数调制
m序列变换
正弦混沌映射
图像加密
Keywords
m-sequence integer modulation
m-sequence transform
sine chaotic map
image encryption
分类号
TP309.7 [自动化与计算机技术—计算机系统结构]
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职称材料
题名
基于权值向量的偏好多目标优化方法
被引量:
5
4
作者
张兴义
蒋小三
张磊
机构
安徽大学
计算机
与
科学技术
学院
安徽大学
计算
智能与信号处理教育部重点实验室
出处
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016年第11期2639-2645,共7页
基金
国家自然科学基金(No.61272152
No.61502001)
安徽大学学校学术与技术带头人引进工程(No.J10117700050)
文摘
偏好多目标优化方法是多目标优化领域的一个重要分支,其主要目的是仅搜索Pareto前沿面上部分区域内决策者感兴趣的解.基于MOEA/D算法根据预先设定的均匀分布的权值向量搜索Pareto最优前沿面的思想,本文提出了一种基于权值向量的偏好多目标优化方法,该方法通过引入具有偏好信息的权值向量,使算法仅搜索偏好点附近的解.仿真实验结果表明,与现有偏好多目标优化算法相比,本文方法具有支持多偏好点、偏好区域大小可控、偏好点位置无特别要求及偏好解具有更好收敛性的优势.
关键词
多目标优化
偏好多目标优化算法
权值向量
偏好解
Keywords
multi-objective optimization
multi-objective optimization algorithms with preference
weight vector
pre-ferred solution
分类号
TP18 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
网格提取的图像修复方法
被引量:
2
5
作者
沈玉峰
汪继文
林胜华
苏守宝
机构
安徽大学
计算
智能与信号处理教育部重点实验室
安徽大学计算机科学技术学院
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009年第20期173-174,198,共3页
基金
安徽省高校自然科学研究项目No.2006KJ028B
安徽省高校自然科学研究重点项目No.KJ2007A087~~
文摘
数字图像的修复,一般都需要人们用手工来标记待修复的区域。提出了一种新的方法,能够自动标记图像中的待修复区域——网状障碍物。首先将网状障碍物看作网格,利用网格是由空间中有规律两组线交叉形成的这一显著特点,然后通过计算来提取覆盖在图像上的网状障碍物,这样就不需要人们用手工来标记。为了保证得到的网格线能够完全覆盖图像上的网状障碍物,把提取的网格线进行适当的膨胀,实验证明该方法是有效的,且比较容易实现。
关键词
网状障碍物
网格
HOUGH变换
图像修复
Keywords
obstacles
fence
Hough transform
image inpainting
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
应用序列特征分析基因剪接信号
被引量:
2
6
作者
马猛
汪洋
机构
安徽大学计算机科学技术学院
美国北卡罗来纳
大学
教堂山分校药理学系
出处
《计算机工程与应用》
CSCD
2012年第27期180-185,共6页
基金
安徽省自然科学基金(No.1208085QF120)
安徽大学博士科研启动基金(No.33190013)
文摘
在基因选择性剪接调控过程中,有各种剪接信号参与其中,如剪接位点、剪接调控元件等。如何识别这些剪接信号、研究其在基因组中的分布规律是一个有趣的问题。设计了一个基于序列特征的剪接信号打分算法,该算法可赋予每个信号一个分值,表示其信号强度。基于该打分算法所构建的分类器可用于预测识别新的剪接信号。应用该打分算法研究剪接位点和剪接调控元件在基因组中的分布,发现这两类信号具有互补特性。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
关键词
序列特征
基因剪接
剪接位点
剪接调控元件
Keywords
sequential feature
gene splicing
splice sites
splicing regulatory elements
分类号
Q51 [生物学—生物化学]
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职称材料
题名
一个RNA剪接调控元件分类方法的研究
7
作者
马猛
汪洋
汝颖
王泽锋
机构
北卡罗来纳
大学
教堂山分校药理学系
安徽大学计算机科学技术学院
安徽
省立医院内分泌科
出处
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第1期45-52,共8页
基金
American Heart Association for Z.W(0865329E)
国家青年自然科学基金(81000321)
+1 种基金
安徽省高校省自然科学基金(KJ2010B385)
安徽大学博士科研启动基金(02303319)
文摘
序列分类方法被广泛应用于各种生物信息学问题,例如转录调控元件识别和蛋白结构预测。本研究设计了一个新的基于序列特征的分类方法,并将其用于RNA剪接调控元件的研究。该方法从已知剪接元件中抽取序列特征,构建一个打分算法,由此预测未知元件RNA剪接调控功能。作为应用实例,采用已知外显子剪接增强子和沉默子(ESE和ESS)八联体作为实验数据,对本方法和若干已知常用方法的预测结果进行比较,3类计算验证实验中的平均预测精度为93%,表现出良好预测精度,且其透明的预测结构可帮助进行生物解释。该研究提供了一种可用于分析生物序列数据的新方法,给出了一个从生物信息学角度来研究基因调控问题的新途径。
关键词
数据挖掘
序列特征
选择性剪接
剪接调控元件
Keywords
data mining
sequential features
alternative splicing
splicing regulatory elements
分类号
R318 [医药卫生—生物医学工程]
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职称材料
题名
知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法
8
作者
郑诚
王宇航
颜莉莉
机构
安徽大学计算机科学技术学院
计算
智能与信号处理教育部重点实验室
安徽
商贸职业
技术
学院
计算机
系
出处
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2022年第8期1583-1588,共6页
基金
安徽省重点研究与开发计划项目(202004d07020009)资助.
文摘
推荐系统已经广泛应用于各领域以处理信息过载问题,但传统方法面临着数据稀疏的挑战,且使用矩阵分解也不能很好的捕获抽象的非线性交互.考虑到知识图谱可以提供丰富的边信息,文中提出一种知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法.首先获取项目相关的元数据,将其构建为知识图谱,并利用表示学习方法获取图谱中的语义知识;其次,利用结合注意力的邻域传播机制获取图谱中的结构知识,以此增强项目表示;最后将得到的用户和项目表示送入矩阵分解与神经网络中进行推荐.在公开数据集MovieLens上的实验结果表明,该模型能够有效提升推荐结果的准确性.
关键词
知识图谱
注意力机制
推荐系统
表示学习
嵌入传播
Keywords
knowledge graph
attention mechanism
recommendation system
representation learning
embedding propagation
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
基于序列模式挖掘的基因剪接位点
被引量:
1
9
作者
孙永山
赵海峰
汤振宇
李旦
马猛
陈荣
机构
安徽大学计算机科学技术学院
西奈山伊坎医
学院
遗传学与基因组学系
出处
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2016年第5期1010-1019,共10页
基金
国家自然科学基金(61300057
81000321)资助项目
+6 种基金
安徽省自然科学基金(1208085QF120
1408085QF120
1408085MKL94)资助项目
国家高技术研究发展计划("八六三"计划)子项目(2014AA015104)资助项目
安徽省教育厅重点(KJ2016A040)资助项目
教育部留学回国启动资金(教外司留【2014】1685)资助项目
2013年安徽省留学人员择优资助项目
文摘
剪接是基因表达过程中连接转录和翻译的中枢步骤,是一个高度调控的过程。剪接位点是基因剪接过程中的核心调控元件。本文通过挖掘剪接位点序列中蕴含的序列特征,提出了一个基于序列模式挖掘的基因剪接位点序列打分模型。通过该模型,实现对剪接位点序列信号强度的定量度量。实验结果表明,该模型可有效分类真假剪接位点序列,分类效果优于最大信息熵模型,模型具有良好的鲁棒性,并且可有效识别致病剪接位点序列突变。
关键词
剪接位点
序列模式
最大信息熵模型
致病突变
Keywords
splice sites
sequential pattern
maximum entropy model
pathogenic mutation
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
利用计算方法识别定义内含子保留的基因组特征
马猛
汪洋
《计算机工程与应用》
CSCD
2012
1
在线阅读
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职称材料
2
基于m序列变换和混沌映射的图像加密算法
刘家胜
黄贤武
朱灿焰
吕皖丽
《电子与信息学报》
EI
CSCD
北大核心
2007
11
在线阅读
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职称材料
3
基于m序列整数调制和置乱的图像加密算法
刘家胜
黄贤武
朱灿焰
张燕
吕皖丽
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2007
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
基于权值向量的偏好多目标优化方法
张兴义
蒋小三
张磊
《电子学报》
EI
CAS
CSCD
北大核心
2016
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
5
网格提取的图像修复方法
沈玉峰
汪继文
林胜华
苏守宝
《计算机工程与应用》
CSCD
北大核心
2009
2
在线阅读
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职称材料
6
应用序列特征分析基因剪接信号
马猛
汪洋
《计算机工程与应用》
CSCD
2012
2
在线阅读
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职称材料
7
一个RNA剪接调控元件分类方法的研究
马猛
汪洋
汝颖
王泽锋
《中国生物医学工程学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
0
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职称材料
8
知识图谱增强的神经协同过滤推荐方法
郑诚
王宇航
颜莉莉
《小型微型计算机系统》
CSCD
北大核心
2022
0
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职称材料
9
基于序列模式挖掘的基因剪接位点
孙永山
赵海峰
汤振宇
李旦
马猛
陈荣
《数据采集与处理》
CSCD
北大核心
2016
1
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职称材料
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