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胃癌化疗抵抗基因PMP22下游的生物信息学机制 被引量：6
1
作者 汪圣毅 张永红 +3 位作者 闫亚飞 李旭升 程彦 李永翔 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第4期509-514,共6页
目的探寻外周髓磷脂蛋白22(PMP22)的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗(CTx)抵抗的分子机制提供基础。方法基因表达数据库(GEO)获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列(GSE)数据GSE94714,数据库R语言(GEO2R)分析差异表达基... 目的探寻外周髓磷脂蛋白22(PMP22)的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗(CTx)抵抗的分子机制提供基础。方法基因表达数据库(GEO)获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列(GSE)数据GSE94714,数据库R语言(GEO2R)分析差异表达基因,筛选后行富集和通路分析,互作基因检索工具(STRING)数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,细胞图景(Cytoscape)的分子复合物探测(MCODE)模块分析,细胞核心插件(CytoHubba)筛选网络中的关键基因,癌症药物敏感性基因组学(GDSC)数据库分析基因与药物敏感性的关系。结果 PMP22下游10倍变化的差异基因314个,上调283个,下调31个,主要富集于细胞黏着连接、细胞-细胞黏附、多聚腺嘌呤核糖核苷酸结合和细胞周期通路。PPI中4个亚模块主要与剪接体、泛素介导的蛋白水解通路(P<0.01)和3个反应组学(REACTOME)通路(P<0.05)关联,最大集团中心性(MCC)算法得到包括肽基脯氨酰异构酶E(PPIE)、核内不均一性核糖核蛋白A1(HNRNPA1)、Y框结合蛋白1(YBX1)的关键基因10个,富含腺嘌呤胸腺嘧啶(AT)蛋白质1A交互域(ARID1A)、死亡盒(DExH)解旋酶9(DHX9)与癌细胞对顺铂的敏感性有关。结论 PMP22主要通过多种细胞组分、分子功能、生物过程和通路参与胃癌CTx抵抗,ARID1A等关键基因和细胞周期、剪接体、泛素介导的蛋白水解通路是治疗胃癌PMP22相关CTx抵抗的潜在靶点。 展开更多
关键词 胃癌 化疗抵抗 外周髓磷脂蛋白22 生物信息学分析 关键基因
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胃癌顺铂抵抗相关免疫标记基因的富集分析 被引量：2
2
作者 汪圣毅 程彦 +4 位作者 李旭升 闫亚飞 张尚鑫 闫强 李永翔 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第2期200-204,共5页
目的采用基因集富集分析(GSEA)方法寻找胃癌抵抗顺铂的免疫标记基因(ISGs)。方法用GEO数据库的GSE94714数据集,GEO2R分析差异基因,观察条件筛选对基因数的作用,GSEA纳入耐药、未耐药组胃癌细胞的全部差异表达基因,与分子标签数据库比较... 目的采用基因集富集分析(GSEA)方法寻找胃癌抵抗顺铂的免疫标记基因(ISGs)。方法用GEO数据库的GSE94714数据集,GEO2R分析差异基因,观察条件筛选对基因数的作用,GSEA纳入耐药、未耐药组胃癌细胞的全部差异表达基因,与分子标签数据库比较,获取ISGs,交集筛选,Kaplan Meier Plotter分析交集基因对胃癌预后的影响。结果差异表达基因共34183个,其中上调12452个、下调17381个,筛选差异倍数的增加使排除基因数增加。GSEA富集到标准化富集评分(NES)排序前6的条目(P<0.01),其中的交集基因包括线粒体核糖体蛋白L12、富含脯氨酸蛋白13、毛状蛋白样F-肌动蛋白结合蛋白1、聚(RC)结合蛋白1、艾杜糖2-硫酸酯酶、LIM结构域2、富含嘌呤元素结合蛋白A、小视觉叶同源物、CCR 4-非转录复合物亚单位3、转化生长因子β1、二酰甘油激酶ζ、接头蛋白2,12个基因与胃癌的总生存时间有关,均具有统计学意义(P<0.05)。结论GSEA方法可有效获取胃癌顺铂抵抗的ISGs,新发现的基因作为潜在靶点,可促进胃癌化疗抵抗机制的研究。 展开更多
关键词 胃癌 化疗抵抗 基因集富集分析 基因表达数据库 免疫标记基因 预后
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长非编码RNA-SNHG4促进胃癌细胞增殖生长并介导对化疗药物顺铂耐药性的研究 被引量：3
3
作者 韩涵 喻鑫 +3 位作者 周波 张宗耀 张培培 刘弋 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第7期1047-1051,共5页
目的建立长非编码RNA(lncRNA)-SNHG4胃癌稳转细胞系,检测SNHG4对胃癌细胞增殖生长的作用及对顺铂敏感性的影响,检测对比SNHG4在胃癌和癌旁组织中的表达,进行SNHG4的表达水平与胃癌患者病理学特征的相关性分析。方法逆转录-实时荧光定量P... 目的建立长非编码RNA(lncRNA)-SNHG4胃癌稳转细胞系,检测SNHG4对胃癌细胞增殖生长的作用及对顺铂敏感性的影响,检测对比SNHG4在胃癌和癌旁组织中的表达,进行SNHG4的表达水平与胃癌患者病理学特征的相关性分析。方法逆转录-实时荧光定量PCR(RT-qPCR)实验检测细胞和组织中SNHG4的表达水平,MTT和3-D细胞培养实验检测细胞活力和细胞增殖生长能力,评价SNHG4过表达对胃癌细胞增殖生长和顺铂耐药的作用,卡方检验分析SNHG4表达水平与胃癌患者病理学特征的相关性。结果MTT和3-D细胞培养实验表明SNHG4过表达促进胃癌细胞MKN-45和AGS的增殖生长和顺铂耐药(P<0.05);SNHG4在胃癌组织中的表达水平高于癌旁组织;SNHG4在胃癌组织中的高表达与患者的肿瘤体积大小、淋巴结转移和病理学分级具有相关性(P<0.05),与患者的年龄、性别和肿瘤临床分期无相关性。结论SNHG4促进胃癌细胞增殖生长和顺铂耐药,SNHG4在胃癌组织中高表达并与患者临床病理特征相关。 展开更多
关键词 胃癌 长非编码RNA SNHG4 顺铂
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SNAP29调节胃癌细胞顺铂耐药性的研究 被引量：2
4
作者 张佳佳 喻鑫 +1 位作者 周波 刘弋 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2020年第8期1189-1193,共5页
目的检测SNAP29对胃癌细胞顺铂耐药性的影响,比较SNAP29在胃癌组织和正常胃组织中的表达差异,分析胃癌患者中SNAP29的病理学意义。方法Western blot实验检测细胞SNAP29蛋白表达,MTT实验和细胞软琼脂克隆形成实验分别检测细胞活力和细胞... 目的检测SNAP29对胃癌细胞顺铂耐药性的影响,比较SNAP29在胃癌组织和正常胃组织中的表达差异,分析胃癌患者中SNAP29的病理学意义。方法Western blot实验检测细胞SNAP29蛋白表达,MTT实验和细胞软琼脂克隆形成实验分别检测细胞活力和细胞克隆形成能力,评价SNAP29过表达对胃癌细胞顺铂敏感性的影响;免疫组织化学实验检测胃癌组织和正常胃组织中SNAP29蛋白表达,分析SNAP29蛋白表达与胃癌患者病理学参数的相关性。结果MTT实验和细胞软琼脂克隆形成实验表明SNAP29过表达促进胃癌细胞MKN-45和AGS对顺铂的耐受;SNAP29在胃癌组织和正常胃组织中的蛋白表达水平无显著差异;胃癌组织中SNAP29的表达水平与患者的淋巴结转移和肿瘤分期有相关性,而与患者的年龄、性别、肿瘤大小和肿瘤分级无相关性。结论SNAP29过表达促进胃癌细胞对顺铂的耐受,SNAP29阳性表达与胃癌患者淋巴结转移和肿瘤分期具有相关性,SNAP29检测在胃癌的诊断和治疗中具有一定意义。 展开更多
关键词 胃癌 SNAP29 顺铂 耐药
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直肠癌与肛门距离影响因素的分位数回归分析 被引量：1
5
作者 闫强 汪圣毅 李永翔 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第3期476-480,共5页
目的探讨直肠癌与肛门距离的影响因素。方法收集102例直肠癌患者的临床和病理资料,直肠癌与肛门的距离(DAVtRC)≤7 cm为低位直肠癌(LRC)组、DAVtRC>7cm为中高位直肠癌(M/HRC)组,比较组间临床病理因素的差异。分位数回归分析DAVtRC与... 目的探讨直肠癌与肛门距离的影响因素。方法收集102例直肠癌患者的临床和病理资料,直肠癌与肛门的距离(DAVtRC)≤7 cm为低位直肠癌(LRC)组、DAVtRC>7cm为中高位直肠癌(M/HRC)组,比较组间临床病理因素的差异。分位数回归分析DAVtRC与临床病理因素的关系。结果LRC组DAVtRC的中位数[5.00 cm(IQR:4.00,6.00 cm)]低于M/HRC组[10.00 cm(IQR:10.00,11.00cm),P<0.01],但单核细胞平均数较高[(0.41±0.16)vs(0.34±0.11),P<0.05]。95%分位数时,模型纳入连续和分类自变量,DAVtRC与年龄(β=-0.204,P<0.01)、TNM分期(Ⅲ+Ⅳ)期与Ⅰ期(β=-6.623,P<0.01)、血小板(PLT,β=-0.024,P<0.01)、血管侵犯(β=-1.544,P<0.01)负相关,与BMI(β=0.278,P<0.01)、肿瘤直径(β=0.548,P<0.01)、男性(β=1.421,P<0.01)、肿瘤低中分化(β=4.727,P<0.01)、T分期(T2与T1比较:β=4.422,P<0.01)、N分期(N1与N0比较:β=6.670,P<0.01)、神经侵犯(β=1.825,P<0.01)、癌胚抗原(CEA,β=0.068,P<0.01)、淋巴细胞(L,β=3.068,P<0.01)、血小板淋巴细胞比(PLR,β=0.045,P<0.01)、淋巴细胞单核细胞比(LMR,β=1.088,P<0.01)正相关。回归曲线显示:年龄、体质量指数(BMI)、肿瘤直径、PLT、PLR、LMR在不同分位数的系数不同。结论DAVtRC与多种临床病理因素有关,不同分位数的系数大小和方向不同。 展开更多
关键词 直肠肿瘤 直肠癌与肛门的距离 低位直肠癌 分位数回归 临床病理因素
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直肠癌预后影响因素的cox回归及其剂量反应关系 被引量：4
6
作者 张冬冬 汪圣毅 李永翔 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2021年第11期1811-1816,共6页
目的在常规临床病理资料中探讨直肠癌预后影响因素。方法采用回顾性队列方法收集并随访行直肠癌根治术患者的临床病理资料,用经典cox回归、逐步变量筛选的cox回归、限制性立方样条cox回归分析直肠癌生存与相关因素的关联关系。结果经典... 目的在常规临床病理资料中探讨直肠癌预后影响因素。方法采用回顾性队列方法收集并随访行直肠癌根治术患者的临床病理资料,用经典cox回归、逐步变量筛选的cox回归、限制性立方样条cox回归分析直肠癌生存与相关因素的关联关系。结果经典cox回归单因素分析在20个变量中发现8个变量与预后有关,多因素分析显示NLR是独立预后因素(P<0.05)。逐步变量筛选的cox回归发现中性粒细胞淋巴细胞比(NLR)、肿瘤分期是直肠癌预后的独立影响因素(P<0.05)。连续自变量进行限制性立方样条cox回归单变量分析发现,患者的年龄、肿瘤直径、中性白细胞、淋巴细胞、单核细胞、NLR、血小板淋巴细胞比(PLR)、淋巴细胞单核细胞比(LMR)均与预后有关(P<0.05),NLR与应变量存在非线性关系(P<0.01),部分变量与应变量存在非线性趋势,但差异无统计学意义。结论NLR是直肠癌预后的独立影响因素,采用变量筛选cox回归、限制性立方样条cox回归等方法可以克服经典cox回归方法的不足,在常规临床病理资料中发现直肠癌预后的潜在影响因素,更加全面地描述其关联关系。 展开更多
关键词 直肠癌 COX回归 中性粒细胞计数/淋巴细胞 限制性立方样条 预后
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术前白蛋白-胆红素分级在胃癌根治术患者预后评估中的价值 被引量：7
7
作者 齐向永 孟翔凌 胡正宇 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第7期1137-1140,共4页
目的探讨术前白蛋白-胆红素(ALBI)分级在胃癌(GC)根治术患者预后中的相关性。方法收集284例GC患者的临床病理资料。采用χ~2检验分析ABLI等级与临床病理资料的相关性,采用Log rank检验分析比较不同分组患者的生存率,分析影响患者预后独... 目的探讨术前白蛋白-胆红素(ALBI)分级在胃癌(GC)根治术患者预后中的相关性。方法收集284例GC患者的临床病理资料。采用χ~2检验分析ABLI等级与临床病理资料的相关性,采用Log rank检验分析比较不同分组患者的生存率,分析影响患者预后独立风险因素采用多因素COX回归模型。结果 ALBI 1级和2级的GC患者人数分别为206、78;ALBI 2级的GC患者五年生存率(33.3%)低于1级(58.3%)。单因素分析显示肿瘤大小(P=0.015)、分化类型(P<0.01)、癌胚抗原(CEA)(P<0.01)、白蛋白(ALB)(P=0.033)、ALBI分级(P<0.01)、肿瘤分期(P<0.01)为影响GC患者预后的危险因素;多因素分析显示ALBI分级(P=0.027)、分化类型(P<0.01)、CEA(P<0.01)、肿瘤分期(P<0.01)可能为影响GC预后的独立危险因素。结论 ALBI分级可以作为一种简单的预测因子评估患者预后,并且可能为影响预后总生存率的独立危险因素。 展开更多
关键词 ALBI分级 胃癌 预后
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RORγ基因对结肠癌细胞增殖及迁移的影响 被引量：1
8
作者 方昌义 潘晓飞 +6 位作者 余昌俊 武平 陈本鑫 李宝 张干 龚玉勇 李洋 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2023年第4期603-608,共6页
目的 探究维甲酸相关孤儿核受体-γ(RORγ)基因对人结肠癌细胞增殖、转移能力的影响。方法 通过构建RORγ敲减细胞系,采用RT-qPCR及Western blot检测敲减效率;MTT、克隆形成、Transwell和划痕实验检测细胞增殖与转移能力;采用Western b... 目的 探究维甲酸相关孤儿核受体-γ(RORγ)基因对人结肠癌细胞增殖、转移能力的影响。方法 通过构建RORγ敲减细胞系,采用RT-qPCR及Western blot检测敲减效率;MTT、克隆形成、Transwell和划痕实验检测细胞增殖与转移能力;采用Western blot检测上皮间质转化(EMT)相关蛋白的表达情况;通过TIMER 2.0数据库分析RORγ基因的表达与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的关系。结果 RORγ基因的敲减增强了结肠癌细胞的活力(F值=157.40,P<0.01)、克隆形成能力(F=61.35,P<0.01)、迁移能力(F=13.00,P<0.01)、侵袭能力(F=21.26,P<0.01)和划痕愈合能力(F=877.2,P<0.01),抑制了上皮型钙黏附蛋白(E-Cadherin)的表达,并促进了波形蛋白(vimentin)和神经型钙黏附蛋白(N-Cadherin)的表达;TIMER 2.0数据库分析显示结肠腺癌(COAD)组织中RORγ的表达水平与多种免疫细胞浸润相关。结论 RORγ表达的下调促进结肠癌细胞的增殖及转移。 展开更多
关键词 结肠癌 维甲酸相关孤儿核受体-γ 免疫浸润 增殖 迁移
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