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黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染性克隆的构建及其侵染甜瓜的转录组分析
1
作者
余维琪
蒙令瑶
+2 位作者
徐凯
蒋磊
江彤
《南京农业大学学报》
北大核心
2025年第4期848-858,共11页
[目的]本文构建黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)侵染性克隆,利用RNA-Seq技术分析感染CGMMV甜瓜的转录组数据,为深入研究甜瓜对CGMMV的抗病机制奠定基础。[方法]提取感染CGMMV的甜瓜叶片RNA,反转录获得cD...
[目的]本文构建黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)侵染性克隆,利用RNA-Seq技术分析感染CGMMV甜瓜的转录组数据,为深入研究甜瓜对CGMMV的抗病机制奠定基础。[方法]提取感染CGMMV的甜瓜叶片RNA,反转录获得cDNA,以cDNA为模板将CGMMV全基因组分成3段分别克隆,利用同源重组法构建侵染性克隆pCB-CGMMV,分别接种黄瓜、西瓜、甜瓜和本氏烟。分别提取感染CGMMV和健康的甜瓜叶片总RNA进行RNA-Seq分析,用Solexa GA pipeline和SOAP软件处理数据得到Unigene。利用GenBank和Swissprot软件对大于350 bp的Unigene进行基因功能注释,BLAST2GO程序用于搜索Unigene的GO注释,WEGO软件用于GO功能分类,Inter-ProScan software程序用于COG分析,OmicShare Tools程序用于KEGG分析。[结果]pCB-CGMMV分别接种黄瓜、西瓜、甜瓜和本氏烟,植株叶片均出现明显花叶症状,RT-PCR和Western blot检测各植株系统叶,均能检测到CGMMV。进一步将感染CGMMV和健康的甜瓜叶片进行转录组分析,共筛选到1872个差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),其中1431个DEG上调表达,441个DEG下调表达。GO、COG注释和KEGG通路分析表明,DEG参与碳水化合物和脂质转运代谢、植物信号传导、MAPK级联反应以及植物-病原物互作等途径。采用RT-qPCR检测了9个基因的差异表达情况,发现结果与转录组数据基本一致。[结论]本研究成功构建了CGMMV安徽分离物侵染性克隆,分析了感染CGMMV甜瓜的转录组数据,发现感病甜瓜差异表达基因参与植物多种抗病生理代谢。
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关键词
黄瓜绿斑驳花叶病毒
侵染性克隆构建
甜瓜
转录组分析
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题名
黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染性克隆的构建及其侵染甜瓜的转录组分析
1
作者
余维琪
蒙令瑶
徐凯
蒋磊
江彤
机构
安徽农业大学植物保护学院/作物有害生物综合治理安徽省重点实验室/植物病虫害生物学与绿色防控安徽普通高校重点实验室/农产品质量与生物安全教育部重点实验室
出处
《南京农业大学学报》
北大核心
2025年第4期848-858,共11页
基金
国家自然科学基金项目(32072386)。
文摘
[目的]本文构建黄瓜绿斑驳花叶病毒(cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)侵染性克隆,利用RNA-Seq技术分析感染CGMMV甜瓜的转录组数据,为深入研究甜瓜对CGMMV的抗病机制奠定基础。[方法]提取感染CGMMV的甜瓜叶片RNA,反转录获得cDNA,以cDNA为模板将CGMMV全基因组分成3段分别克隆,利用同源重组法构建侵染性克隆pCB-CGMMV,分别接种黄瓜、西瓜、甜瓜和本氏烟。分别提取感染CGMMV和健康的甜瓜叶片总RNA进行RNA-Seq分析,用Solexa GA pipeline和SOAP软件处理数据得到Unigene。利用GenBank和Swissprot软件对大于350 bp的Unigene进行基因功能注释,BLAST2GO程序用于搜索Unigene的GO注释,WEGO软件用于GO功能分类,Inter-ProScan software程序用于COG分析,OmicShare Tools程序用于KEGG分析。[结果]pCB-CGMMV分别接种黄瓜、西瓜、甜瓜和本氏烟,植株叶片均出现明显花叶症状,RT-PCR和Western blot检测各植株系统叶,均能检测到CGMMV。进一步将感染CGMMV和健康的甜瓜叶片进行转录组分析,共筛选到1872个差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),其中1431个DEG上调表达,441个DEG下调表达。GO、COG注释和KEGG通路分析表明,DEG参与碳水化合物和脂质转运代谢、植物信号传导、MAPK级联反应以及植物-病原物互作等途径。采用RT-qPCR检测了9个基因的差异表达情况,发现结果与转录组数据基本一致。[结论]本研究成功构建了CGMMV安徽分离物侵染性克隆,分析了感染CGMMV甜瓜的转录组数据,发现感病甜瓜差异表达基因参与植物多种抗病生理代谢。
关键词
黄瓜绿斑驳花叶病毒
侵染性克隆构建
甜瓜
转录组分析
Keywords
cucumber green mottle mosaic virus
construction of the infectious clone
Cucumis melon
transcriptome analysis
分类号
S652 [农业科学—果树学]
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1
黄瓜绿斑驳花叶病毒(CGMMV)侵染性克隆的构建及其侵染甜瓜的转录组分析
余维琪
蒙令瑶
徐凯
蒋磊
江彤
《南京农业大学学报》
北大核心
2025
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