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花魔芋GRAS家族基因全基因组鉴定与胁迫下表达分析
1
作者
李竹梅
陈咀牛
+1 位作者
何斐
褚洪龙
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第4期40-53,共14页
GRAS家族是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育和逆境响应等多个生物过程中发挥重要作用。花魔芋(Amorphophallus konjac)是我国重要的经济作物,目前尚无关于花魔芋GRAS家族基因的相关报道。采用生物信息学手段对花魔芋GRAS家族基...
GRAS家族是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育和逆境响应等多个生物过程中发挥重要作用。花魔芋(Amorphophallus konjac)是我国重要的经济作物,目前尚无关于花魔芋GRAS家族基因的相关报道。采用生物信息学手段对花魔芋GRAS家族基因进行全基因组鉴定与功能分析,通过RNA-Seq解析了花魔芋GRAS家族基因响应非生物和生物胁迫胁迫的表达情况。结果显示,花魔芋有51个GRAS家族成员,划分为8个亚家族。该家族编码的蛋白由144~850个氨基酸组成,分子量介于15 789.78~90 823.32 u之间,等电点在4.94~11.19之间,大部分AkGRAS编码蛋白为酸性不稳定蛋白。顺式作用元件分析显示AkGRAS基因的启动子区富含激素、干旱和低温等逆境响应元件。RNA-seq结果表明,多个亚家族基因成员响应干旱、盐胁迫和软腐病原菌侵染表达。且PAT1亚家族基因AkGRAS35、AkGRAS19、AkGRAS40在盐胁迫下显著上调表达,AkGRAS41显著下调表达;AkGRAS19、AkGRAS20、AkGRAS35、AkGRAS51在软腐病原菌侵染下上调表达,AkGRAS8和AkGRAS46下调表达。推测PAT1亚家族基因在花魔芋高盐胁迫和软腐病原菌侵染应答中发挥重要作用。
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关键词
花魔芋
GRAS家族基因
逆境响应
生物信息学分析
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职称材料
花魔芋AkTCP家族基因鉴定及表达分析
2
作者
何斐
汤鑫塬
+1 位作者
李竹梅
褚洪龙
《华北农学报》
2025年第5期35-46,共12页
TCP家族成员是植物特有的转录因子,在植物生长、代谢活动及逆境应答等关键生物过程中发挥不可或缺的作用。为了解TCP基因家族在花魔芋基因组中的数量、分布和表达等情况,利用生物信息学技术对AkTCP家族基因进行鉴定,分析该家族成员的理...
TCP家族成员是植物特有的转录因子,在植物生长、代谢活动及逆境应答等关键生物过程中发挥不可或缺的作用。为了解TCP基因家族在花魔芋基因组中的数量、分布和表达等情况,利用生物信息学技术对AkTCP家族基因进行鉴定,分析该家族成员的理化性质、亚细胞定位、共线性、基因结构及进化关系,采用qRT-PCR技术分析响应生物、非生物胁迫的基因表达情况。结果表明,花魔芋全基因组中鉴定出30个TCP家族成员,其蛋白包含135~562个氨基酸残基,分子质量为15.08~57.20 ku,等电点为4.96~11.49,大部分为碱性蛋白,均为不稳定的亲水性蛋白,主要分布在细胞核上,其基因在染色体上不均匀分布。AkTCP共线性基因仅在花魔芋8条染色体中分布,包含4个染色体间共线性事件和5个染色体内共线性事件。AkTCP基因结构较为简单,大部分不含内含子,均含有高度保守的TCP结构域,可分为ClassⅠ和ClassⅡ2个组别,ClassⅡ又分为CIN和CYC/TB1 2个亚类。启动子顺式作用元件分析结果显示,AkTCP启动子上含有多个生理响应、光响应、植物激素和逆境胁迫响应等元件。qRT-PCR分析结果表明,AkTCP家族成员参与了干旱胁迫、盐胁迫、茉莉酸甲酯和软腐病原菌侵染应答过程并作出积极响应。
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关键词
花魔芋
TCP基因家族
转录因子
表达分析
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职称材料
题名
花魔芋GRAS家族基因全基因组鉴定与胁迫下表达分析
1
作者
李竹梅
陈咀牛
何斐
褚洪龙
机构
曲靖师范
学院
生物资源与食品
工程
学院
安康
学院
现代农业与生物科技
学院
安康学院富硒魔芋陕西省高校工程研究中心
出处
《江苏农业科学》
北大核心
2025年第4期40-53,共14页
基金
国家自然科学基金(编号:31860057)
云南省基础研究专项面上项目(编号:202401AT070002)
+2 种基金
安康市科技计划(编号:AK2022-NY-04)
安康学院专项计划(编号:2023AYKCYZ05)
曲靖师范学院博士创新团队支持计划。
文摘
GRAS家族是一类植物特有的转录因子,在植物生长发育和逆境响应等多个生物过程中发挥重要作用。花魔芋(Amorphophallus konjac)是我国重要的经济作物,目前尚无关于花魔芋GRAS家族基因的相关报道。采用生物信息学手段对花魔芋GRAS家族基因进行全基因组鉴定与功能分析,通过RNA-Seq解析了花魔芋GRAS家族基因响应非生物和生物胁迫胁迫的表达情况。结果显示,花魔芋有51个GRAS家族成员,划分为8个亚家族。该家族编码的蛋白由144~850个氨基酸组成,分子量介于15 789.78~90 823.32 u之间,等电点在4.94~11.19之间,大部分AkGRAS编码蛋白为酸性不稳定蛋白。顺式作用元件分析显示AkGRAS基因的启动子区富含激素、干旱和低温等逆境响应元件。RNA-seq结果表明,多个亚家族基因成员响应干旱、盐胁迫和软腐病原菌侵染表达。且PAT1亚家族基因AkGRAS35、AkGRAS19、AkGRAS40在盐胁迫下显著上调表达,AkGRAS41显著下调表达;AkGRAS19、AkGRAS20、AkGRAS35、AkGRAS51在软腐病原菌侵染下上调表达,AkGRAS8和AkGRAS46下调表达。推测PAT1亚家族基因在花魔芋高盐胁迫和软腐病原菌侵染应答中发挥重要作用。
关键词
花魔芋
GRAS家族基因
逆境响应
生物信息学分析
分类号
Q943.2 [生物学—植物学]
S632.301 [农业科学—蔬菜学]
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职称材料
题名
花魔芋AkTCP家族基因鉴定及表达分析
2
作者
何斐
汤鑫塬
李竹梅
褚洪龙
机构
安康
学院
现代农业与生物科技
学院
出处
《华北农学报》
2025年第5期35-46,共12页
基金
国家自然科学基金项目(31901468,1860057)
云南省科技厅基础研究专项面上项目(202401AT070002)
+2 种基金
安康市科技计划项目(AK2022-NY-04)
安康学院专项(2023AYKCYZ05,2024AYXNZX04)
曲靖师范学院博士创新团队支持计划项目。
文摘
TCP家族成员是植物特有的转录因子,在植物生长、代谢活动及逆境应答等关键生物过程中发挥不可或缺的作用。为了解TCP基因家族在花魔芋基因组中的数量、分布和表达等情况,利用生物信息学技术对AkTCP家族基因进行鉴定,分析该家族成员的理化性质、亚细胞定位、共线性、基因结构及进化关系,采用qRT-PCR技术分析响应生物、非生物胁迫的基因表达情况。结果表明,花魔芋全基因组中鉴定出30个TCP家族成员,其蛋白包含135~562个氨基酸残基,分子质量为15.08~57.20 ku,等电点为4.96~11.49,大部分为碱性蛋白,均为不稳定的亲水性蛋白,主要分布在细胞核上,其基因在染色体上不均匀分布。AkTCP共线性基因仅在花魔芋8条染色体中分布,包含4个染色体间共线性事件和5个染色体内共线性事件。AkTCP基因结构较为简单,大部分不含内含子,均含有高度保守的TCP结构域,可分为ClassⅠ和ClassⅡ2个组别,ClassⅡ又分为CIN和CYC/TB1 2个亚类。启动子顺式作用元件分析结果显示,AkTCP启动子上含有多个生理响应、光响应、植物激素和逆境胁迫响应等元件。qRT-PCR分析结果表明,AkTCP家族成员参与了干旱胁迫、盐胁迫、茉莉酸甲酯和软腐病原菌侵染应答过程并作出积极响应。
关键词
花魔芋
TCP基因家族
转录因子
表达分析
Keywords
Amorphophallus konjac
TCP gene family
Transcription factor
Expression analysis
分类号
S632.3 [农业科学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
花魔芋GRAS家族基因全基因组鉴定与胁迫下表达分析
李竹梅
陈咀牛
何斐
褚洪龙
《江苏农业科学》
北大核心
2025
0
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
花魔芋AkTCP家族基因鉴定及表达分析
何斐
汤鑫塬
李竹梅
褚洪龙
《华北农学报》
2025
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职称材料
已选择
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