光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)卵原干细胞提取、冻存及移植研究

1

作者 王宏艳 李文雅 +5 位作者 苗亮 潘帆 包宁 姜建湖 陈炯 李明云 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第2期442-449,共8页

为更好地保护和开发光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)资源,进行了光唇鱼卵原干细胞提取、冻存和移植研究。结果显示,光唇鱼卵原干细胞呈椭圆形,长径和短径分别为(16.52±0.87)μm、(10.66±0.87)μm。低温冻存光唇鱼卵巢时以10... 为更好地保护和开发光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus)资源,进行了光唇鱼卵原干细胞提取、冻存和移植研究。结果显示,光唇鱼卵原干细胞呈椭圆形,长径和短径分别为(16.52±0.87)μm、(10.66±0.87)μm。低温冻存光唇鱼卵巢时以10%的DMSO作为保护剂效果最好,从冻存卵巢中提取卵原干细胞的效率可达新鲜卵巢的42.22%±1.02%。以孵化出膜3日龄斑马鱼仔鱼为受体,将提取的光唇鱼卵原干细胞用PKH26荧光染料标记后移植入受体鱼腹腔。荧光显微镜观察显示,移植后1~5 d期间在受体鱼腹腔中有明显荧光信号、并逐渐向腹腔后端背侧迁移。为追踪移植后光唇鱼卵原干细胞数量变化,根据光唇鱼和斑马鱼线粒体ND5基因差异序列建立了检测光唇鱼线粒体ND5拷贝数的绝对荧光定量PCR法。对移植后1~7 d受体鱼的检测显示,移植后1 d时受体鱼中的光唇鱼ND5序列拷贝数最多[(2.51±1.02)×10^(5)copies/100 ng DNA],移植后3 d时显著减少、仅为移植后1 d时的31.08%,5~7 d时ND5数量未出现显著变化。显微镜观察和PCR检测均表明植入的光唇鱼细胞可在受体中存活。研究结果为进一步开展光唇鱼的种质资源保护、生殖细胞发育等研究奠定了基础,也可为其他鲤科鱼类生殖干细胞研究提供参考资料。 展开更多

关键词 光唇鱼(Acrossocheilus fasciatus) 卵原干细胞 冷冻保存 生殖干细胞移植

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酵母双杂交筛选与小麦黄花叶病毒P2互作的寄主因子 被引量：2

2

作者 韩晓蕾 高仕祺 +4 位作者 张帆 羊健 刘芃 姜鸿明 李林志 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2021年第3期497-505,共9页

小麦黄花叶病毒(wheat yellow mosaic virus,WYMV)隶属马铃薯Y病毒科(Potyviridae),大麦黄花叶病毒属(Bymovirus)。该病毒基因组是由两条正义单链RNA1和RNA2构成,共编码10个蛋白,其编码的P2在病毒的复制过程中发挥重要功能。文章构建了... 小麦黄花叶病毒(wheat yellow mosaic virus,WYMV)隶属马铃薯Y病毒科(Potyviridae),大麦黄花叶病毒属(Bymovirus)。该病毒基因组是由两条正义单链RNA1和RNA2构成,共编码10个蛋白,其编码的P2在病毒的复制过程中发挥重要功能。文章构建了小麦cDNA酵母文库,通过共转试验共筛选获得若干个候选互作寄主因子,包括水杨酸信号通路因子、E3泛素化连接酶、防御反应、氧化还原酶活性、光系统II组件等18种蛋白,研究P2与寄主因子的互作。进一步试验证实,其中的TaTIFY 10A、Ta14-3-3与WYMV-P2存在互作关系。结果表明,WYMV-P2与小麦的E3泛素化类转录因子、水杨酸信号转录因子、植物光系统的稳定组件及叶绿体的形成关键因子等可能存在互作关系,P2可能参与了寄主多种信号途径,为明确WYMV与寄主的互作机制提供了研究基础。 展开更多

关键词 小麦黄花叶病毒 小麦 P2 CDNA文库 酵母双杂交

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香鱼(Plecoglossus altivelis)CC型趋化因子受体3(CCR3)基因的分子鉴定及其对鳗弧菌感染响应的研究 被引量：1

3

作者 张玲玲 余莉 +2 位作者 李长红 苗亮 陈炯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1456-1464,共9页

CC趋化因子受体3(CCR3)是CC型趋化因子的受体,属于G蛋白耦联受体(GPCRs)家族成员,与过敏等多种炎性疾病密切相关。为探讨香鱼CCR3(PaCCR3)在响应鳗弧菌感染时的表达变化,从转录组测序数据中获得了PaCCR3基因全长cDNA序列。序列分析表明,... CC趋化因子受体3(CCR3)是CC型趋化因子的受体,属于G蛋白耦联受体(GPCRs)家族成员,与过敏等多种炎性疾病密切相关。为探讨香鱼CCR3(PaCCR3)在响应鳗弧菌感染时的表达变化,从转录组测序数据中获得了PaCCR3基因全长cDNA序列。序列分析表明,PaCCR3具有7次跨膜结构,与胡瓜鱼CCR3氨基酸序列同源性最高(84.6%)。系统进化树分析表明,哺乳类、两栖类和鱼类CCR3单独成簇,鱼类CCR3形成一个大簇;PaCCR3与胡瓜鱼CCR3进化相关性最高。实时荧光定量PCR结果显示,PaCCR3基因mRNA在单核/巨噬细胞(MO/MФ)中表达量最高;鳗弧菌感染后肝、脾和头肾中PaCCR3基因mRNA表达量显著上调;且香鱼MO/MФ经鳗弧菌体外刺激后,PaCCR3基因mRNA的表达量显著上调。Western blot分析表明经鳗弧菌体外刺激后,香鱼MO/MФ中PaCCR3蛋白的表达量也显著增加。综上,PaCCR3基因mRNA及其编码蛋白响应于病原体感染而被诱导表达。研究结果首次揭示了香鱼CCR3基因mRNA及蛋白的表达响应于鳗弧菌侵染,它可能通过介导MO/MФ的功能活性参与免疫应答,可为深入探究鱼类CCR3的功能及作用机制提供新的切入点。 展开更多

关键词 香鱼(Plecoglossus altivelis) CCR3 单核/巨噬细胞 鳗弧菌 表达分析

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漂白粉消毒后对虾养殖源水细菌群落的响应特征研究

4

作者 王庚申 颜懿 +5 位作者 李彤 董鹏生 谢建军 许文军 张德民 张化俊 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期202-212,共11页

漂白粉消毒是凡纳滨对虾养殖源水常见的管控措施,可有效控制病原菌传播;然而,消毒会强烈扰动水体微生物群落,但源水细菌群落对漂白粉消毒的响应特征尚未阐明。在室内条件下,设置高浓度(60 mg/L)和低浓度(20 mg/L)漂白粉消毒源水,通过高... 漂白粉消毒是凡纳滨对虾养殖源水常见的管控措施,可有效控制病原菌传播;然而,消毒会强烈扰动水体微生物群落,但源水细菌群落对漂白粉消毒的响应特征尚未阐明。在室内条件下,设置高浓度(60 mg/L)和低浓度(20 mg/L)漂白粉消毒源水,通过高通量测序及荧光定量PCR技术探究消毒后源水细菌群落、病原菌及抗生素抗性基因(ARGs)的动态响应规律。结果显示,消毒后,拟杆菌门(Bacteroidota)丰度上升,高浓度组变形菌门(Proteobacteria)的丰度显著降低;至第3天,两组源水的细菌群落组成趋于一致。此外,漂白粉消毒显著改变了源水的细菌群落结构及共现网络的复杂性。在控制水体病原菌方面,消毒后病原菌的总丰度降低,但种类增加,高浓度漂白粉消毒对病原菌的抑制作用更加显著。漂白粉消毒对ARGs的去除具有选择性,仅对sul1、floR、cfr、tetQ有一定的去除作用,且高、低浓度对ARGs的去除无差异。综上,60 mg/L可以作为漂白粉消毒养殖源水的更好浓度选择。研究结果从微生物生态视角评价了不同浓度漂白粉的消毒作用,可为对虾养殖生产中的源水管控提供理论支撑。 展开更多

关键词 漂白粉 养殖源水 细菌群落 病原菌 抗性基因

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水华对中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)池塘养殖系统细菌群落及潜在致病菌的影响

5

作者 李彤 成永旭 +4 位作者 孙云飞 杨筱珍 肖温温 张德民 张化俊 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期988-996,共9页

近年来,水华频发制约着中华绒螯蟹养殖业的发展,环境微生物群落响应水华发生与消退机制是预防与治理水华的重要组成部分。为了解析中华绒螯蟹养殖系统细菌群落对水华的响应特征,采用16S rRNA基因扩增测序技术对拟浮丝藻水华下中华绒螯... 近年来,水华频发制约着中华绒螯蟹养殖业的发展,环境微生物群落响应水华发生与消退机制是预防与治理水华的重要组成部分。为了解析中华绒螯蟹养殖系统细菌群落对水华的响应特征,采用16S rRNA基因扩增测序技术对拟浮丝藻水华下中华绒螯蟹养殖池塘细菌群落的组成、结构和潜在病原菌的变化进行了研究。结果显示,水体中的优势细菌类群为伯克霍尔德菌科(Burkholderiaceae)和微杆菌科(Microbacteriaaceae),底泥中的优势类群为Steroidobacteraceae菌科和Burkholderiaceae等;科水平下的蓝细菌门类群和其他大部分细菌群落呈显著正相关。养殖水体中潜在病原菌的丰度与水华的生消呈现出相反的趋势,OTU365和OTU1614(均属于Candidatus Similichlamydia epinepheli)是其主要的潜在病原菌,而在底泥中潜在致病菌表现出富集的特征,以OTU1280(大肠杆菌,Escherichia coli)为主。CCA结果显示,蓝藻暴发过程中,Tem、NO3--N、NO2--N及NH4+-N驱使水体蓝藻门细菌类群的变异,NO2--N是驱动养殖水体潜在致病菌群落变异的主导因子。研究结果为防治中华绒螯蟹养殖水华发生提供了宝贵的数据支撑。 展开更多

关键词 中华绒螯蟹 池塘养殖系统 水华 16S rRNA基因扩增测序 细菌群落 潜在致病菌

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基于高通量测序技术对浙江传统发酵蔬菜微生物多样性的解析 被引量：13

6

作者 鲍伟 韩姣姣 +5 位作者 张旨轩 芦晨阳 周君 明庭红 李晔 苏秀榕 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2021年第6期178-185,共8页

以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群... 以浙江地区传统发酵蔬菜臭冬瓜、臭苋菜梗、酸笋和酸茭白为研究对象,采用Illunina MiSeq高通量测序技术,分别分析浙江传统发酵蔬菜的汁液、固形物和培养物中细菌和真菌微生物群落组成和多样性,探讨“臭”和“酸”类发酵食品的微生物群落组成差异。结果表明:14个样品中细菌和真菌的测序覆盖率分别为0.97和0.99。分析细菌,臭苋菜梗固形物的可操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)最多、Shannon指数最高;而酸笋固形物中的OTU最少,酸笋汁的Shannon指数最低;且臭苋菜梗汁、固形物和培养物以及酸笋固形物和培养物的菌群结构更为接近。分析真菌,臭冬瓜培养物和酸茭白固形物中的真菌OTU最多,臭苋菜梗培养物中的OTU最少,而酸茭白汁中没有检测出真菌;酸笋汁的Shannon指数最高,臭苋菜梗培养物的Shannon指数最低;除卤水、臭苋菜梗汁和酸笋样品外其余样品的真菌群落组成更为接近。在属水平,臭冬瓜培养物、酸笋汁、酸笋固形物和酸茭白汁的优势细菌属分别为脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、埃希菌属(Escherichia)和Caproiciproducens,卤水培养物、酸茭白固形物和培养物的优势细菌属为梭菌属(Clostridium),臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势细菌属为拟杆菌属(Bacteroides),卤水、臭冬瓜汁和固形物的优势细菌属为乳酸杆菌属(Lactobacillus);卤水的优势真菌属为柯达酵母属(Kodamaea),臭苋菜梗汁、固形物和培养物的优势真菌属为假丝酵母属(Candida),而其他样品的优势真菌属为Leptospora。 展开更多

关键词 传统发酵蔬菜 酸笋和酸茭白 16S rDNA高通量测序 微生物多样性

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基于高通量测序技术的牡蛎壳粉缓解骨质疏松症的研究 被引量：7

7

作者 石秋月 侯付景 +3 位作者 韩姣姣 李菁菁 陈菊 苏秀榕 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第18期372-379,共8页

目的:探究牡蛎壳粉对糖皮质激素性骨质疏松小鼠的缓解作用。方法:将ICR雌性小鼠随机分为对照组、模型组、碳酸钙组和牡蛎壳粉组,肌肉注射地塞米松(1 mg/kg/d)构建骨质疏松小鼠模型,分析股骨微结构、血清钙、粪便钙、股骨钙、骨转换指标... 目的:探究牡蛎壳粉对糖皮质激素性骨质疏松小鼠的缓解作用。方法:将ICR雌性小鼠随机分为对照组、模型组、碳酸钙组和牡蛎壳粉组,肌肉注射地塞米松(1 mg/kg/d)构建骨质疏松小鼠模型,分析股骨微结构、血清钙、粪便钙、股骨钙、骨转换指标和肠道菌群变化。结果:牡蛎壳粉能显著提高骨密度和骨小梁厚度(P<0.05)并降低骨小梁分离度和结构模型指数,改善骨微结构,显著降低血清钙含量(P<0.001)。牡蛎壳粉也能显著升高血清中碱性磷酸酶酶活(P<0.001),降低抗酒石酸酸性磷酸酶酶活(P<0.01);显著升高骨形成标记物碱性磷酸酶和骨保护素的基因转录(P<0.05),降低骨吸收标记物抗酒石酸酸性磷酸酶和硬骨素的基因转录(P<0.05)。牡蛎壳粉还能改变小鼠肠道菌群结构,增加约氏乳杆菌、产粪甾醇真细菌等的丰度。嗜酸乳酸杆菌、豚鼠乳杆菌、罗伊氏乳杆菌、产酸拟杆菌与骨形成指标显著负相关,而与骨吸收指标显著正相关。结论:牡蛎壳粉能够抑制骨矿物质流失,提高骨密度和骨小梁厚度,促进骨形成指标而抑制骨吸收指标,改善肠道菌群,从而有效缓解骨质疏松。 展开更多

关键词 牡蛎壳粉 糖皮质激素 骨质疏松 骨小梁微结构 肠道微生物

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香鱼格留虫(Glugea plecoglossi)环介导等温扩增联合横向流动试纸条检测方法的建立 被引量：2

8

作者 康晋伟 金晶磊 +4 位作者 段丽君 周燕 苗亮 周前进 陈炯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1501-1512,共12页

我国的养殖香鱼正面临着严重的香鱼格留虫(Glugea plecoglossi)感染。本研究联合运用环介导等温扩增技术(LAMP)和横向流动试纸条(LFD)的检测技术,建立了快速便捷地检测G.plecoglossi的LAMP-LFD方法。该方法以G.plecoglossi的β微管蛋白... 我国的养殖香鱼正面临着严重的香鱼格留虫(Glugea plecoglossi)感染。本研究联合运用环介导等温扩增技术(LAMP)和横向流动试纸条(LFD)的检测技术,建立了快速便捷地检测G.plecoglossi的LAMP-LFD方法。该方法以G.plecoglossi的β微管蛋白基因为检测靶标,在其保守区域设计并筛得6条特异性引物(其中上游内引物用生物素标记),进行LAMP反应,产物再与异硫氰酸荧光素(FITC)标记的特异性探针杂交,在LFD上进行结果判断。结果表明,LAMP-LFD方法能够特异性地检出G.plecoglossi,对梅氏新贝尼登虫、刺激隐核虫、肝肠胞虫阳性的虾组织、派氏异尖线虫、内弯宫脂线虫、鳗弧菌香鱼分离株、杀香鱼假单胞菌,以及香鱼组织等的检测均呈阴性。优化后,LAMP的反应条件为65℃反应45min,与探针杂交的条件为65℃反应5min,加之5min的显色时间,整个检测时程为55min。利用该方法能够检测到2.0fg/μL的含β微管蛋白的质粒DNA,针对G.plecoglossi基因组DNA的检测灵敏度为14.0pg/μL;能够从感染强度达到100个虫体/克的香鱼肝组织中稳定地检测到虫体。该方法可在简单的恒温加热设备(如水浴锅)中完成核酸扩增和探针杂交,无需昂贵的仪器装置。综上,香鱼格留虫LAMP-LFD方法操作便捷、灵敏度高、特异性好、检测快速,而且设备依赖性低,完全适合于基层检测的需求。 展开更多

关键词 香鱼格留虫(Glugea plecoglossi) β微管蛋白 环介导等温扩增技术(LAMP) 横向流动试纸条(LFD) 检测

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东海温州水域4类常见耐药基因的流行情况研究 被引量：2

9

作者 金晶磊 周前进 +6 位作者 邵鑫斌 王瑶华 陈炯 闫茂仓 苗亮 唐标 张严峻 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期947-959,共13页

磺胺类、四环素、喹诺酮类和多粘菌素抗生素是医学与养殖业中的常用抗生素,其中多粘菌素在畜牧养殖业中常作为促长剂添加。调查分析了这4类抗生素的常见耐药基因在东海温州近海水域的分布情况。利用抗性平板筛选温州近海水域对磺胺类、... 磺胺类、四环素、喹诺酮类和多粘菌素抗生素是医学与养殖业中的常用抗生素,其中多粘菌素在畜牧养殖业中常作为促长剂添加。调查分析了这4类抗生素的常见耐药基因在东海温州近海水域的分布情况。利用抗性平板筛选温州近海水域对磺胺类、四环素类及喹诺酮类抗生素耐药的可培养细菌分离株,对耐药分离株通过PCR方法进行目标耐药基因检测;对目标耐药基因阳性的耐药分离株进行多粘菌素耐药基因MCR检测以及采用微量二倍稀释法测定对上述4类抗生素的耐药性。结果表明,利用抗性平板筛选获得可培养耐药分离株1 605株,从中筛选到目标耐药基因阳性的51株,检出率为3.18%,包括含磺胺类耐药基因35株、含四环素耐药基因36株、含喹诺酮耐药基因17株、含多粘菌素耐药基因2株;51株耐药菌归于7个菌属,其中气单胞菌属(Aeromonas sp.) 43株,占比84.31%,枸橼酸杆菌属(Citrobacter sp.)和希瓦氏菌属(Shewanella sp.)各2株,埃希氏菌属(Escherichia sp.)、类芽孢杆菌属(Paenibacillus sp.)、Thalassobius sp.及Amphritea sp.各1株;上述2株非常见分离株不统计在内,常见的49株均对四环素耐药, 41株对多粘菌素耐药,对磺胺类和喹诺酮类耐药的分离株均为34株;同时,发现23株对4类抗生素均产生耐药, 16株对多达3种抗生素耐药,多重耐药现象普遍存在。同时,鉴定出MCR-3阳性的条件致病菌维氏气单胞菌和豚鼠气单胞菌各1株。综上,温州市近海水域中含有常见耐药基因的耐药分离株检出率较低,但同一耐药基因的细菌分布多样,对磺胺类、四环素类、喹诺酮类及多粘菌素类等4类抗生素表现出较强的耐药性,多重耐药现象明显。研究结果将为评估温州近海水域的细菌耐药性风险,规范抗生素的使用提供科学依据。 展开更多

关键词 东海温州水域 耐药基因 多重耐药 MCR-3

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基于nanoUPLC-MS/MS的螺旋藻游离肽组成分析 被引量：2

10

作者 褚宁宁 陈雨豪 +3 位作者 陈娟娟 马斌 陈海敏 骆其君 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期735-744,共10页

为了研究螺旋藻中的多肽成分,以钝顶螺旋藻为原料,采用超滤法提取螺旋藻中的游离肽,利用nanoUPLC-MS/MS和PEAKS Studio分析谱图信息,结合NCBI数据库进行比对和从头测序分析,获得游离肽的结构组成和百分含量信息。结果表明,利用数据库比... 为了研究螺旋藻中的多肽成分,以钝顶螺旋藻为原料,采用超滤法提取螺旋藻中的游离肽,利用nanoUPLC-MS/MS和PEAKS Studio分析谱图信息,结合NCBI数据库进行比对和从头测序分析,获得游离肽的结构组成和百分含量信息。结果表明,利用数据库比对法和从头测序法,分别得到可信的游离肽4485个和20597个,匹配到的蛋白质有1036种。数据库比对结果中的游离肽主要为七肽到二十一肽,少量为二十一肽以上;从头测序结果中游离肽主要为二肽到十六肽,少量为十六肽以上。数据库比对结果中百分含量最高的游离肽是十肽,为15.95%;从头测序结果中百分含量最高的是五肽,达到24.09%。本研究结果为螺旋藻蛋白资源的进一步开发和利用提供了依据。 展开更多

关键词 螺旋藻 游离肽 数据库搜索 从头测序 nanoUPLC-MS/MS

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大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris)单核巨噬细胞低氧胁迫比较转录组学分析 被引量：5

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作者 朱婷芳 管峰 +2 位作者 苗亮 史雨红 陈炯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期335-344,共10页

低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ... 低氧是鱼类在水生环境中的关键压力之一。而大弹涂鱼(Boleophthalmus pectinirostris,mudskipper)可能是少数能在低氧中自然呼吸的脊椎动物。本研究中,我们分析了低氧胁迫8h后大弹涂鱼头肾源单核巨噬细胞(monocytes/macrophages,MO/MΦ)转录组变化。采用Illumina Hiseq 4000平台进行高通量测序,获得了大弹涂鱼MO/MΦ短时低氧胁迫相关的转录组数据,并将获得的原始数据上传至NCBI获得ID号:SRR9771486-SRR9771491(Bioproject PRJNA543702)。分析结果显示,P<0.05和|log2(fold change)|≥1条件下进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,低氧处理组中共获得4487个DEGs,包括2507个上调DEGs,1980个下调DEGs。其中低氧诱导因子(hypoxia-inducible factors,HIF)转录本的表达无显著变化,而血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor-A.VEGF-A)和3-磷酸甘油醛脱氢酶(glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase,GAPDH)基因转录本表达上调。基因本体(Gene Ontology,GO)注释以及京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路富集分析揭示了糖酵解/糖异生和氧化磷酸化可能在MO/MΦ应对短时低氧胁迫中具有重要作用。随机选择10个DEGs进行实时荧光定量PCR验证,上述基因表达变化趋势与转录组数据一致。本研究揭示了在短时低氧胁迫下大弹涂鱼MO/MΦ基因表达及信号通路调控机制。 展开更多

关键词 低氧胁迫 基因表达 信号通路 比较转录组学分析 大弹涂鱼

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别样玫瑰变色杆菌(Aliiroseovarius sp.)Z3基因组测序及比较基因组分析 被引量：2

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作者 刘巍 郭海朋 +2 位作者 董鹏生 燕孟琛 张德民 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第1期52-61,共10页

菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌。本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序,用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseov... 菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌。本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序,用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析。基因组注释结果显示,Z3基因组大小为3525503bp,GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4%,预测包含3509个编码蛋白基因。通过16S rRNA基因全长序列比对、平均核苷酸一致性(ANI)、DNA-DNA杂交(DDH)和共线性分析发现,菌株Z3与Aliiroseovarius crassostreae CV919-312T的16S rRNA基因全长序列相似度最高,为98.20%,与Aliiroseovarius sediminilitoris DSM 29439T的DDH和ANI值最高,分别为26.80%和84.95%,属于Alliroseovarius属的新种,将其命名为Aliiroseovarius sp.Z3。经比较基因组分析发现,Aliiroseovarius sp.Z3与5个近缘的模式株细菌共享2005个直系同源核心基因簇;Z3拥有的413个独立基因经注释,主要与碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢、复制、重组及修复等功能相关。功能注释发现Z3具有进行完整的反硝化途径的相关基因,其利用的可能是环境中的硝酸盐、亚硝酸盐等。本研究对Z3全基因序列的注释、功能和比较基因组的分析,不仅丰富了Aliiroseovarius属细菌基因组资源,还为深入研究其反硝化特性等提供了基础。 展开更多

关键词 对虾肠道 Aliiroseovarius sp.Z3 系统发育分析 反硝化 比较基因组

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基于液质联用技术的坛紫菜甘油-3-磷酸胁迫响应分析

13

作者 唐欣怡 赵佳丽 +4 位作者 陈娟娟 骆其君 陈海敏 杨锐 张鹏 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期788-794,共7页

甘油-3-磷酸作为渗透压调节物红藻糖苷的合成前体物,参与藻类抗逆应答过程。为了解坛紫菜的抗逆机制,通过超高效液相色谱-质谱联用技术(UPLC-MS)建立甘油-3-磷酸的定量分析方法,分析非生物(温度、盐度和干出)胁迫下的甘油-3-磷酸响应规... 甘油-3-磷酸作为渗透压调节物红藻糖苷的合成前体物,参与藻类抗逆应答过程。为了解坛紫菜的抗逆机制,通过超高效液相色谱-质谱联用技术(UPLC-MS)建立甘油-3-磷酸的定量分析方法,分析非生物(温度、盐度和干出)胁迫下的甘油-3-磷酸响应规律。结果表明,温度胁迫1 h后,甘油-3-磷酸的含量快速变化,当温度高于23℃时,甘油-3-磷酸含量与胁迫温度成正比,而在12℃低温下,甘油-3-磷酸的含量反而下降;盐度胁迫促使甘油-3-磷酸的含量快速上升,且高盐胁迫下的变化显著高于低盐环境;而短时间1 h干出胁迫后的甘油-3-磷酸含量略有上升(1.19倍,与对照组相比),但随着干出时间继续延长,甘油-3-磷酸含量总体呈现下降趋势。温度、盐度和干出胁迫后的坛紫菜进行恢复培养后,甘油-3-磷酸含量均趋于对照组水平。综上可知,甘油-3-磷酸可快速响应环境胁迫,这为坛紫菜红藻糖苷抗逆机制的多层次研究奠定了基础。 展开更多

关键词 坛紫菜 甘油-3-磷酸 非生物胁迫 高效液相色谱质谱联用

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香鱼(Plecoglossus altivelis)致病性类志贺邻单胞菌的分离与生化药敏鉴定

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作者 阚宏玉 苗亮 +6 位作者 杜杨 李明云 巩晓琳 李文雅 孙振南 石海瑞 张立宁 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期1476-1486,共11页

香鱼(Plecoglossus altivelis)是名贵洄游性鱼类,由于高密度养殖等因素导致病害频发。2021年7月强台风“烟花”过境后浙江省宁海县养殖香鱼暴发体表溃烂病,死亡严重。病鱼皮肤、肌肉溃烂并伴有周围皮肤充血。组织切片观察显示病鱼患处... 香鱼(Plecoglossus altivelis)是名贵洄游性鱼类,由于高密度养殖等因素导致病害频发。2021年7月强台风“烟花”过境后浙江省宁海县养殖香鱼暴发体表溃烂病,死亡严重。病鱼皮肤、肌肉溃烂并伴有周围皮肤充血。组织切片观察显示病鱼患处肌纤维断裂,周围红细胞、炎性细胞浸润;鳃丝和鳃小片中红细胞增多;肝细胞核呈空泡,部分细胞核染色质边集;脾脏内红细胞数量减少,部分白细胞聚集;肠黏膜上皮细胞脱落。从患病香鱼肠中分离到一株菌(编号NH21),其菌落低突、边缘光滑表面湿润,该菌株为革兰氏阴性菌,菌体呈短杆状、端圆。经生化特性和16S rDNA序列分析鉴定NH21菌株为类志贺邻单胞菌(Plesiomonas shigelloides)。用该菌株对健康香鱼进行回归感染后,人工感染香鱼呈现与本次体表溃烂病香鱼相似的症状,经计算NH21菌株对香鱼的半致死剂量(LD_(50))为2.51×10^(7) CFU/mL。25种抗生素的药敏试验显示NH21菌株对阿奇霉素、头孢氨苄、新生霉素、多黏菌素B、头孢西丁、呋喃唑酮6种抗生素敏感。从NH21菌株中检出了毒力基因9个、耐药基因8个。综合分析表明,分离得到的类志贺邻单胞菌NH21菌株是本次宁海县香鱼体表溃烂病的病原菌,研究结果为香鱼出现类似病症的预防和治疗提供了基础资料。 展开更多

关键词 香鱼(Plecoglossus altivelis) 类志贺邻单胞菌 回归感染 半致死剂量(LD50) 药物敏感性

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发酵冬瓜对感染金黄色葡萄球菌小鼠肠道菌群的调节作用

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作者 张旨轩 韩姣姣 +4 位作者 鲍伟 王子言 刘岩 霍春恒 苏秀榕 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2021年第20期149-156,共8页

目的:探究发酵冬瓜微生物和小鼠肠道菌群对金黄色葡萄球菌的缓解作用。方法:将ICR小鼠按性别随机分为对照组(CT)、发酵冬瓜组(SW)、金黄色葡萄球菌组(SA)和金黄色葡萄球菌+发酵冬瓜组(SA+SW),随后对小鼠进行连续4周灌胃处理。并采用16S ... 目的:探究发酵冬瓜微生物和小鼠肠道菌群对金黄色葡萄球菌的缓解作用。方法:将ICR小鼠按性别随机分为对照组(CT)、发酵冬瓜组(SW)、金黄色葡萄球菌组(SA)和金黄色葡萄球菌+发酵冬瓜组(SA+SW),随后对小鼠进行连续4周灌胃处理。并采用16S rDNA高通量测序分析小鼠肠道的优势菌群,菌群差异,小鼠肠道中益生菌的变化以及肠道菌群与短链脂肪酸的相关性。结果:无论雄性还是雌性小鼠,发酵冬瓜均能改变金黄色葡萄球菌感染的小鼠肠道菌群结构使其接近CT组。与CT组比较,雄雌小鼠SW组乳酸杆菌属的相对丰度分别从32.51%和44.34%下降到7.56%和6.86%,SA组乳酸杆菌属也下降至15.68%和11.02%,而SA+SW组乳酸杆菌属相对丰度回升至25.30%和39.16%。拟杆菌属同乳酸杆菌属的变化趋势相同。雄雌小鼠的梭菌属和紫单胞菌属。在SW组中相对丰度升高,而SA+SW组中相对丰度下降;与对照组相比,金黄色葡球菌感染后的雄性小鼠肠道内益生菌产生菌丰度分别由51.37%下降至13.56%,SA+SW组回升至43.61%;发酵冬瓜作用于金葡菌感染的小鼠后增加SCFAs的合成,减轻机体炎症反应。结论:发酵冬瓜能够改善肠道菌群,从而有效缓解金黄色葡萄球菌对小鼠肠道的影响。 展开更多

关键词 发酵冬瓜 金黄色葡萄球菌 肠道菌群 益生菌 短链脂肪酸

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基于全基因组测序的耐盐金黄色葡萄球菌ZS01的耐盐机制研究

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作者 冯颖 张晓璐 +5 位作者 鲍晚秋 张霞 王心雨 刘伟 明庭红 苏秀榕 《江苏农业科学》 北大核心 2022年第24期50-58,共9页

为探讨金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐受盐胁迫的分子机制,以从盐渍水产品中分离的高耐盐菌株S.aureus ZS01和标准菌株S.aureus ATCC 27217作为研究对象,利用二代全基因组测序平台,采用比较组学方法,结合胁迫后金黄色葡萄球... 为探讨金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)耐受盐胁迫的分子机制,以从盐渍水产品中分离的高耐盐菌株S.aureus ZS01和标准菌株S.aureus ATCC 27217作为研究对象,利用二代全基因组测序平台,采用比较组学方法,结合胁迫后金黄色葡萄球菌生长活性和细胞壁通透性的变化,从DNA层面阐明金黄色葡萄球菌耐受盐胁迫的分子机制。结果表明,S.aureus ZS01特异的基因GO分类统计主要涉及膜的整体组件、胞外区、DNA结合和发病机制;KEGG途径主要集中在细胞群落原核生物、传染病:细菌、膜转运、复制和修复,其中与耐盐相关的基因主要涉及双组分信号转导系统、ABC转运系统、转录调控因子和DNA损伤修复,这些基因很可能就是S.aureus ZS01较标准菌株更耐盐的主要原因。 展开更多

关键词 耐盐 金黄色葡萄球菌 全基因组测序 耐盐分子机制 GO分类 KEGG途径

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不同发育阶段厚壳贻贝幼虫对类胡萝卜素的吸收和代谢研究

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作者 翁梓雨 李双 陈娟娟 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第7期1402-1412,共11页

为深入了解饵料微藻中类胡萝卜素在双壳贝类生长发育阶段中的吸收和代谢过程,本试验选择我国重要的滩涂养殖贝类——厚壳贻贝(mytilus coruscus)作为研究对象,采用液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)分析饵料微藻喂养后的幼虫阶段——担轮... 为深入了解饵料微藻中类胡萝卜素在双壳贝类生长发育阶段中的吸收和代谢过程,本试验选择我国重要的滩涂养殖贝类——厚壳贻贝(mytilus coruscus)作为研究对象,采用液相色谱-质谱联用技术(HPLC-MS)分析饵料微藻喂养后的幼虫阶段——担轮幼虫、D形幼虫、壳顶期、眼点期和稚贝期中类胡萝卜素分布和代谢变化。结果表明,在9种饵料微藻中,叉鞭金藻和牟氏角毛藻的总类胡萝卜素含量最高,分别达到1 290.7和1 326.4 mg·kg^(-1)。外源摄入这两种饵料微藻后,幼虫阶段中共鉴定出5种类胡萝卜素,包括1种新合成类胡萝卜素(贻贝黄素)和4种微藻来源类胡萝卜素(α-胡萝卜素、β-胡萝卜素、岩藻黄酮醇、岩藻黄素),其中岩藻黄素的含量最高,与微藻中岩藻黄素含量高的现象一致。担轮幼虫中未检测到类胡萝卜素,而贻贝黄素仅从壳顶期开始检出。类胡萝卜素的变化与发育阶段呈正相关,从D形幼虫到壳顶期,岩藻黄酮醇、岩藻黄素、α-胡萝卜素和β-胡萝卜素的累积最为迅速,分别增加了20.3、20.3、8.0和1.5倍,并在稚贝期达到最高值。此外,与类胡萝卜素吸收代谢相关的基因ABCA1、SRB1和βCMOOX的表达量均显著上调。其中,参与合成代谢的βCMOOX表达最显著,从壳顶期到稚贝期,其表达量增加了38.2~43.3倍,表明该基因可能参与了壳顶期贻贝黄素的合成。本研究结果为了解贝类生物中类胡萝卜素的生物合成过程及代谢途径提供了基础数据。 展开更多

关键词 厚壳贻贝 幼虫 类胡萝卜素 饵料微藻 高效液相色谱-质谱法(HPLC-MS)

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香鱼Foxl2基因克隆及甲基睾酮对其表达的影响

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作者 潘帆 孙振南 +5 位作者 李文雅 王宏艳 邵鑫斌 马建忠 李明云 苗亮 《江苏农业学报》 2025年第8期1583-1591,共9页

为探究香鱼性腺发育及生殖机能调控机制,本研究拟克隆香鱼Foxl2(Forkhead transcription factor gene 2)基因,检测成鱼不同组织中Foxl2的表达情况,分析腹腔注射不同质量浓度(15μg/μL、75μg/μL、150μg/μL)甲基睾酮(MT)对香鱼脑和... 为探究香鱼性腺发育及生殖机能调控机制,本研究拟克隆香鱼Foxl2(Forkhead transcription factor gene 2)基因,检测成鱼不同组织中Foxl2的表达情况,分析腹腔注射不同质量浓度(15μg/μL、75μg/μL、150μg/μL)甲基睾酮(MT)对香鱼脑和性腺中Foxl2基因表达水平的影响。结果表明:香鱼Foxl2基因开放阅读框(ORF)碱基序列长度为918 bp,编码蛋白质由305个氨基酸组成,含典型的叉头(Forkhead)结构域;多重序列比对结果显示,各种脊椎动物间Foxl2蛋白保守性较高,特别是Forkhead结构域高度保守;系统进化树中香鱼Foxl2蛋白与虹鳟(Oncorhynchus mykiss)Foxl2蛋白、大西洋鲑(Salmo salar)Foxl2蛋白优先聚为1支,说明它们进化关系较近。Foxl2基因在香鱼卵巢中高表达,雌鱼与雄鱼的脑和鳃中较低表达,精巢及其他组织中无表达。腹腔注射甲基睾酮后1 d,不同质量浓度处理雌鱼卵巢中Foxl2基因相对表达量显著上调,但脑中Foxl2基因相对表达量无显著变化,且卵巢中Foxl2基因相对表达量增加幅度与MT质量浓度呈负相关,15μg/μL和75μg/μL质量浓度处理雄鱼脑中Foxl2基因相对表达量显著升高,精巢中Foxl2基因始终无表达。上述结果说明,Foxl2在香鱼性腺中呈性别二态性表达,外源性激素显著影响香鱼卵巢中Foxl2基因相对表达量。本研究结果为探究Foxl2基因功能及香鱼性别调控机制提供了基础。 展开更多

关键词 香鱼 Foxl2 甲基睾酮 基因表达

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