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免疫浸润在视网膜缺血再灌注损伤中作用的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
王文婷
梁娜
+1 位作者
哈文静
彭绍民
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期997-1005,共9页
目的探索视网膜缺血再灌注损伤(RIRI)中潜在的免疫细胞相关生物标志物。方法从基因表达综合数据库下载RIRI基因表达谱数据集GSE20521,筛选其差异表达基因(DEGs)。对GSE20521基因集进行GSEA富集分析和ImmuCellAI免疫细胞浸润分析,获得富...
目的探索视网膜缺血再灌注损伤(RIRI)中潜在的免疫细胞相关生物标志物。方法从基因表达综合数据库下载RIRI基因表达谱数据集GSE20521,筛选其差异表达基因(DEGs)。对GSE20521基因集进行GSEA富集分析和ImmuCellAI免疫细胞浸润分析,获得富集通路和免疫细胞浸润相关信息。采用WGCNA及Pearson相关分析筛选与免疫浸润相关程度最高的模块及候选基因。构建候选基因蛋白互作(PPI)网络,并基于CytoHubba插件筛选关键基因。结果RIRI组GSEA显著富集通路包括γ干扰素(IFN-γ)信号通路、凋亡、肿瘤坏死因子α/核因子κB信号通路、IFN-α信号通路、补体途径、白细胞介素6-信号传导及转录激活蛋白3(IL-6-STAT3)、IL-2-STAT5信号通路及炎症反应等。ImmuCellAI评估结果显示,RIRI组cDC2细胞、单核细胞来源DC细胞、M2巨噬细胞及CD8_Tc细胞比例较正常对照组显著升高(均P<0.05);pDC细胞、CD4_T细胞、CD4_Tm细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞、滤泡性B细胞、嗜酸性粒细胞比例较正常对照组显著降低(均P<0.05);在RIRI和正常视网膜样本中共筛选出144个DEGs;将DEGs与枢纽模块中基因取交集共获得140个候选基因;GO分析显示细胞因子的正向调节、白细胞介导的免疫反应、伤口愈合、适应性免疫反应、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化复合物、趋化因子结合等均显著富集。KEGG分析共富集50条途径,包括吞噬体、百日咳、利什曼病、肺结核及补体和凝血级联等。基于PPI网络及Cyto-Hubba不同算法进行基因筛选,最终获得3个关键基因,即Cd 68、Tlr 2和Hmox 1。结论生物信息学分析结果显示RIRI组织和正常视网膜组织存在不同的免疫微环境,RIRI与多种免疫细胞浸润存在相关性。
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关键词
缺血再灌注损伤
视网膜
生物信息学
差异表达基因
免疫浸润
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职称材料
题名
免疫浸润在视网膜缺血再灌注损伤中作用的生物信息学分析
被引量：
1
1
作者
王文婷
梁娜
哈文静
彭绍民
机构
安徽医
科
大学
爱
尔眼科
医学中心
宁夏爱尔眼科医院眼底病科
出处
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第11期997-1005,共9页
基金
银川市科技计划(2021-SF-19)
宁夏回族自治区卫生健康委员会系统科研课题项目(2022-NWKY-079)。
文摘
目的探索视网膜缺血再灌注损伤(RIRI)中潜在的免疫细胞相关生物标志物。方法从基因表达综合数据库下载RIRI基因表达谱数据集GSE20521,筛选其差异表达基因(DEGs)。对GSE20521基因集进行GSEA富集分析和ImmuCellAI免疫细胞浸润分析,获得富集通路和免疫细胞浸润相关信息。采用WGCNA及Pearson相关分析筛选与免疫浸润相关程度最高的模块及候选基因。构建候选基因蛋白互作(PPI)网络,并基于CytoHubba插件筛选关键基因。结果RIRI组GSEA显著富集通路包括γ干扰素(IFN-γ)信号通路、凋亡、肿瘤坏死因子α/核因子κB信号通路、IFN-α信号通路、补体途径、白细胞介素6-信号传导及转录激活蛋白3(IL-6-STAT3)、IL-2-STAT5信号通路及炎症反应等。ImmuCellAI评估结果显示,RIRI组cDC2细胞、单核细胞来源DC细胞、M2巨噬细胞及CD8_Tc细胞比例较正常对照组显著升高(均P<0.05);pDC细胞、CD4_T细胞、CD4_Tm细胞、辅助性T细胞、调节性T细胞、滤泡性B细胞、嗜酸性粒细胞比例较正常对照组显著降低(均P<0.05);在RIRI和正常视网膜样本中共筛选出144个DEGs;将DEGs与枢纽模块中基因取交集共获得140个候选基因;GO分析显示细胞因子的正向调节、白细胞介导的免疫反应、伤口愈合、适应性免疫反应、烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化复合物、趋化因子结合等均显著富集。KEGG分析共富集50条途径,包括吞噬体、百日咳、利什曼病、肺结核及补体和凝血级联等。基于PPI网络及Cyto-Hubba不同算法进行基因筛选,最终获得3个关键基因,即Cd 68、Tlr 2和Hmox 1。结论生物信息学分析结果显示RIRI组织和正常视网膜组织存在不同的免疫微环境,RIRI与多种免疫细胞浸润存在相关性。
关键词
缺血再灌注损伤
视网膜
生物信息学
差异表达基因
免疫浸润
Keywords
Ischemia-reperfusion injury
Retina
Bioinformatics
Differentially expressed genes
Immunoinfiltration
分类号
R774.1 [医药卫生—眼科]
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作者
出处
发文年
被引量
操作
1
免疫浸润在视网膜缺血再灌注损伤中作用的生物信息学分析
王文婷
梁娜
哈文静
彭绍民
《中华实验眼科杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2024
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