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题名基因预测算法中阈值的傅里叶质谱分析
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作者
刘平
马玉韬
孙学宏
张成
杜勇
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机构
宁夏大学物理电气信息学院/宁夏沙漠信息智能感知重点实验室
宁夏医科大学总医院小儿外科
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出处
《湖北农业科学》
北大核心
2014年第6期1432-1435,共4页
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基金
国家自然科学基金项目(81260100)
宁夏自然科学基金项目(NZ13028)
宁夏高校科学研究重点项目(NGY2013003)
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文摘
蛋白质编码区预测中阈值选择对预测结果的影响不容忽视。研究提出以归一化的功率谱密度作为判别DNA序列编码区和非编码区的阈值,以FIR(Finite impulse response,FIR)窄通带滤波器NPBF(Narrow pass band filter,NPBF)作为编码区预测算法核心,采用DNA序列集HMR195和ALLSEQ作为测试集,以碱基层的近似相关系数(Approximate correlation,AC)为预测准确率测度指标,对所提出方法与现有方法的预测结果做了比较。结果表明,采用新阈值得到的预测准确率最高,算法简单直观。
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关键词
蛋白质编码区预测
窄通带滤波器
归一化的功率谱密度值
信噪比
近似相关系数
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Keywords
protein coding regions prediction
narrow pass-band filter
normalized value of power spectrum density
ratio of signal to noise
approximate correlation
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分类号
TP391.9
[自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TN713
[电子电信—电路与系统]
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