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牛EGR2基因转录本X1的CDS区克隆及表达特性分析
被引量：
1
1
作者
贺丽霞
刘爽
+3 位作者
汪书哲
冯雪
户春丽
马云
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第8期1770-1778,共9页
【目的】克隆牛EGR2基因转录本X1(EGR2-X1)的CDS区,检测其在不同组织和前体脂肪细胞分化过程中的表达模式并预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】采用PCR结合测序技术扩增牛EGR2-X1的CDS区,胶原酶消化法分离牛前体脂肪细胞,利用实时荧...
【目的】克隆牛EGR2基因转录本X1(EGR2-X1)的CDS区,检测其在不同组织和前体脂肪细胞分化过程中的表达模式并预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】采用PCR结合测序技术扩增牛EGR2-X1的CDS区,胶原酶消化法分离牛前体脂肪细胞,利用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测EGR2-X1在牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背部脂肪组织中的表达规律及前体脂肪细胞分化过程中的时序表达模式,同时利用ProtParam、Phyre2、NetPhos 3.1等软件分析EGR2-X1的理化性质与蛋白结构。【结果】成功克隆牛EGR2-X1的CDS区,其CDS区全长1458 bp,编码由485个氨基酸构成的不稳定且不存在跨膜结构与信号肽的亲水性蛋白,该蛋白含有3个典型的锌指结构域,其氨基酸主要由无规卷曲和延伸链构成,主要在细胞核内发挥作用,同时,蛋白互作网络预测发现,EGR2-X1可能与SOX10、EGR1、EGR3等蛋白存在互作关系。系统进化树分析发现普通牛与水牛亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远,表明EGR2-X1蛋白在物种间保守性较强。组织表达谱分析显示,EGR2-X1在心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背部脂肪组织中均有表达,在肺脏中表达量最高,背部脂肪和肝脏中表达量次之,肾脏中表达量最少。细胞时序表达谱表明,EGR2-X1在第3天表达量最高,此后逐渐下降,至第7天表达量最低。【结论】EGR2-X1在调控牛脂肪细胞的增殖分化和脂质代谢过程中发挥重要功能。
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关键词
EGR2
组织表达
时序表达
脂肪
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职称材料
牛HoxC9基因CDS区克隆及表达谱分析
被引量：
2
2
作者
高晓茜
雷召雄
+3 位作者
唐林
汪书哲
杨梦丽
马云
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期73-78,共6页
本研究旨在克隆牛HoxC9基因的CDS区,并分析其生物信息学特征,检测HoxC9在牛7种组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背脂)和原代脂肪细胞分化过程(0~10 d)中的表达规律,采用PCR法获得牛HoxC9基因的CDS区,利用ProtPram、TMpred、ProtFun 2.1 ...
本研究旨在克隆牛HoxC9基因的CDS区,并分析其生物信息学特征,检测HoxC9在牛7种组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背脂)和原代脂肪细胞分化过程(0~10 d)中的表达规律,采用PCR法获得牛HoxC9基因的CDS区,利用ProtPram、TMpred、ProtFun 2.1 Server等在线网站对HoxC9蛋白进行生物信息学分析,qPCR检测HoxC9在牛不同组织以及原代脂肪细胞分化过程中的表达量。结果表明,牛HoxC9基因CDS区全长783 bp,编码260个氨基酸,是能发生核质转位的亲水性蛋白,其氨基酸序列主要由无规卷曲和α-螺旋构成。HoxC9在牛背脂中的表达量相对其他组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉)较高;随着细胞分化时间的推移,以0 d为对照,HoxC9的表达水平在第4天达到最高(P<0.01),第6天开始逐渐降低,在第8天表达水平达到最低。该研究结果为进一步揭示牛HoxC9基因的功能提供基础资料。
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关键词
牛
HoxC9
脂肪细胞
qPCR
生物信息学分析
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职称材料
苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析
被引量：
2
3
作者
刘宝宝
孟桂智
+4 位作者
刘祖江
贾晶莹
段红娟
马云
蔡小艳
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第7期1385-1392,共8页
【目的】分析苜蓿miR156(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能,为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息,weblogo在线网站...
【目的】分析苜蓿miR156(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能,为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息,weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析,DNAMAN软件分析茎环序列同源性,同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值,选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析。【结果】PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员;10个成员成熟序列共定位在3条染色体上;10个成员中有8个成员成熟序列完全一致,其余2个成员成熟序列高度保守;10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致;茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支,mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远;经过GO功能富集分析发现,预测到牛体内的靶基因显著富集于转录调控功能、细胞膜组成以及ATP合成等;利用KEGG通路注释表明,预测到牛体内的靶基因显著集中于脂肪酸降解通路和Ras信号通路调节等通路中。【结论】苜蓿miR156基因家族可能会通过相关靶基因跨界调控奶牛体内脂肪酸降解、ATP合成、细胞炎症、乳脂乳蛋白合成代谢等作用。
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关键词
苜蓿
miR156
生物信息学
奶牛
跨界调控
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职称材料
题名
牛EGR2基因转录本X1的CDS区克隆及表达特性分析
被引量：
1
1
作者
贺丽霞
刘爽
汪书哲
冯雪
户春丽
马云
机构
宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第8期1770-1778,共9页
基金
国家自然科学基金项目(32072720)
宁夏回族自治区重点研发项目(2021BEF01002,2021NXZD1)
宁夏回族自治区科技创新领军人才培养项目(2020GKLRLX02)。
文摘
【目的】克隆牛EGR2基因转录本X1(EGR2-X1)的CDS区,检测其在不同组织和前体脂肪细胞分化过程中的表达模式并预测其编码蛋白的结构与功能。【方法】采用PCR结合测序技术扩增牛EGR2-X1的CDS区,胶原酶消化法分离牛前体脂肪细胞,利用实时荧光定量PCR(Real-time quantitative PCR,RT-qPCR)检测EGR2-X1在牛的心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背部脂肪组织中的表达规律及前体脂肪细胞分化过程中的时序表达模式,同时利用ProtParam、Phyre2、NetPhos 3.1等软件分析EGR2-X1的理化性质与蛋白结构。【结果】成功克隆牛EGR2-X1的CDS区,其CDS区全长1458 bp,编码由485个氨基酸构成的不稳定且不存在跨膜结构与信号肽的亲水性蛋白,该蛋白含有3个典型的锌指结构域,其氨基酸主要由无规卷曲和延伸链构成,主要在细胞核内发挥作用,同时,蛋白互作网络预测发现,EGR2-X1可能与SOX10、EGR1、EGR3等蛋白存在互作关系。系统进化树分析发现普通牛与水牛亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远,表明EGR2-X1蛋白在物种间保守性较强。组织表达谱分析显示,EGR2-X1在心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背部脂肪组织中均有表达,在肺脏中表达量最高,背部脂肪和肝脏中表达量次之,肾脏中表达量最少。细胞时序表达谱表明,EGR2-X1在第3天表达量最高,此后逐渐下降,至第7天表达量最低。【结论】EGR2-X1在调控牛脂肪细胞的增殖分化和脂质代谢过程中发挥重要功能。
关键词
EGR2
组织表达
时序表达
脂肪
Keywords
EGR2
Tissue expression
Temporal expression
Fat
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
牛HoxC9基因CDS区克隆及表达谱分析
被引量：
2
2
作者
高晓茜
雷召雄
唐林
汪书哲
杨梦丽
马云
机构
宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室
出处
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021年第3期73-78,共6页
基金
国家自然科学基金(32072720)
宁夏回族自治区重点研发引才专项(2019YCX0068)
宁夏回族自治区科技创新团队计划(03010360052).
文摘
本研究旨在克隆牛HoxC9基因的CDS区,并分析其生物信息学特征,检测HoxC9在牛7种组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和背脂)和原代脂肪细胞分化过程(0~10 d)中的表达规律,采用PCR法获得牛HoxC9基因的CDS区,利用ProtPram、TMpred、ProtFun 2.1 Server等在线网站对HoxC9蛋白进行生物信息学分析,qPCR检测HoxC9在牛不同组织以及原代脂肪细胞分化过程中的表达量。结果表明,牛HoxC9基因CDS区全长783 bp,编码260个氨基酸,是能发生核质转位的亲水性蛋白,其氨基酸序列主要由无规卷曲和α-螺旋构成。HoxC9在牛背脂中的表达量相对其他组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉)较高;随着细胞分化时间的推移,以0 d为对照,HoxC9的表达水平在第4天达到最高(P<0.01),第6天开始逐渐降低,在第8天表达水平达到最低。该研究结果为进一步揭示牛HoxC9基因的功能提供基础资料。
关键词
牛
HoxC9
脂肪细胞
qPCR
生物信息学分析
Keywords
bovine
HoxC9
adipose cells
qPCR
bioinformatic analysis
分类号
S831.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析
被引量：
2
3
作者
刘宝宝
孟桂智
刘祖江
贾晶莹
段红娟
马云
蔡小艳
机构
宁夏大学农学院/宁夏回族自治区反刍动物分子细胞育种重点实验室
出处
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023年第7期1385-1392,共8页
基金
国家自然科学基金项目(31960680)
宁夏自然科学基金优秀青年项目(2022AAC05012)
宁夏重点研发项目引才专项(2018BEB04031)。
文摘
【目的】分析苜蓿miR156(mtr-miR156)基因家族的序列组成及基因表达功能,为mtr-miR156跨界调控的研究提供理论基础。【方法】应用PmiREN数据库检索并分析mtr-miR156家族成员成熟序列、茎环序列和成熟序列染色体定位信息,weblogo在线网站对mtr-miR156家族成熟序列、茎环序列进行保守性分析,DNAMAN软件分析茎环序列同源性,同时利用联川生物云平台和TargentScan在线网站预测并下载获得mtr-miR156a的靶基因、靶基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,通过RNAhybrid在线网站比对预测到的所有靶基因与mtr-miR156a的结合位点和结合自由能值,选择符合自由能值的靶基因进行靶基因功能分析。【结果】PmiREN数据库共检索到10个mtr-miR156家族成员;10个成员成熟序列共定位在3条染色体上;10个成员中有8个成员成熟序列完全一致,其余2个成员成熟序列高度保守;10个成员茎环序列中位于成熟序列位置的碱基与成熟序列完全一致;茎环序列同源树分析结果显示10个成员共分为3个分支,mtr-miR156g与其他成员的亲缘关系最远;经过GO功能富集分析发现,预测到牛体内的靶基因显著富集于转录调控功能、细胞膜组成以及ATP合成等;利用KEGG通路注释表明,预测到牛体内的靶基因显著集中于脂肪酸降解通路和Ras信号通路调节等通路中。【结论】苜蓿miR156基因家族可能会通过相关靶基因跨界调控奶牛体内脂肪酸降解、ATP合成、细胞炎症、乳脂乳蛋白合成代谢等作用。
关键词
苜蓿
miR156
生物信息学
奶牛
跨界调控
Keywords
Alfalfa
miR156
Bioinformatics
Cow
Cross-border regulation
分类号
S858.23 [农业科学—临床兽医学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛EGR2基因转录本X1的CDS区克隆及表达特性分析
贺丽霞
刘爽
汪书哲
冯雪
户春丽
马云
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023
1
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
牛HoxC9基因CDS区克隆及表达谱分析
高晓茜
雷召雄
唐林
汪书哲
杨梦丽
马云
《河北农业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2021
2
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下载PDF
职称材料
3
苜蓿miR156及其靶基因生物信息学分析
刘宝宝
孟桂智
刘祖江
贾晶莹
段红娟
马云
蔡小艳
《西南农业学报》
CSCD
北大核心
2023
2
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职称材料
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