通过挖掘水稻籽粒中锌含量显著关联的QTL,并结合基因功能注释、单倍型和灌浆期籽粒相对表达量分析,筛选与水稻籽粒锌含量相关的候选基因。本研究以139份西北早粳稻核心种质资源为试验材料,结合重测序获得的1800920个高可信度SNPs,基于...通过挖掘水稻籽粒中锌含量显著关联的QTL,并结合基因功能注释、单倍型和灌浆期籽粒相对表达量分析,筛选与水稻籽粒锌含量相关的候选基因。本研究以139份西北早粳稻核心种质资源为试验材料,结合重测序获得的1800920个高可信度SNPs,基于一般线性模型(GLM,general linear model)进行全基因组关联分析,对显著QTL区间内候选基因进行功能注释,并对进一步筛选后的基因进行单倍型和籽粒灌浆期相对表达量分析,以期筛选出与籽粒锌含量相关的候选基因和优势单倍型。结果表明,139份水稻中籽粒锌含量存在丰富的表型变异,且符合正态分布。全基因组关联分析共关联到12个显著SNP,分布在第1、2、4、10、11号染色体上,结合候选区间内的基因功能注释,推测定位在囊泡中的OsFRDL2可能与水稻籽粒锌元素富集相关;单倍型和灌浆期籽粒相对表达量分析表明,OsFRDL2在优势单倍型Hap5中表达量相对较高。因此推测OsFRDL2可能与水稻籽粒锌元素富集相关。研究结果为解析水稻籽粒锌元素富集机制和开发富锌水稻分子标记提供理论基础,为培育富锌水稻提供基因资源。展开更多
为探究盐胁迫下水稻地上部和根部Na^(+)、K^(+)含量和分布对其生物量累积和苗期耐盐性的影响,利用125 mmol/L Na Cl对51份不同类型水稻种质资源进行胁迫处理,测定5个形态学指标:耐盐级别、相对根长、相对地上部干重、相对根干重和地上...为探究盐胁迫下水稻地上部和根部Na^(+)、K^(+)含量和分布对其生物量累积和苗期耐盐性的影响,利用125 mmol/L Na Cl对51份不同类型水稻种质资源进行胁迫处理,测定5个形态学指标:耐盐级别、相对根长、相对地上部干重、相对根干重和地上部含水量;6个离子指标:地上部Na^(+)含量、根系Na^(+)含量、地上部K^(+)含量、根系K^(+)含量、地上部Na^(+)/K^(+)和根系Na^(+)/K^(+),共11个耐盐相关指标。在主成分分析基础上,利用隶属函数和标准差系数赋予权重法获得水稻苗期耐盐性综合评价值(D值)。利用特异引物扩增SKC1基因编码区进行测序、比对和单倍型分析。结果表明:除相对根长外,地上部Na^(+)含量与其余4个形态学指标呈极显著负相关,耐盐级别与地上部Na^(+)含量、根系Na^(+)含量和地上部Na^(+)/K^(+)均呈极显著负相关,耐盐级别、相对地上部干重、相对根干重、地上部含水量4个指标两两之间均呈极显著正相关。利用SPSS主成分分析将11个单项指标转换为4个主成分,累计贡献率达82.093%。依据PC1中各指标的载荷系数,筛选出相对地上部干重、耐盐级别、相对根干重、地上部Na^(+)含量、地上部Na^(+)/K^(+)和根系Na^(+)含量6个重要指标;结合综合评价D值与这6个指标的线性回归分析,发现耐盐级别和地上部Na^(+)/K^(+)的系数较大,分别是影响水稻苗期耐盐性的形态学和离子平衡关键因子。通过对51份水稻种质资源SKC1编码区序列比对,共检测到9种不同的单倍型。其中源于越光的单倍型(Hap1)为粳稻种质资源的优势等位基因;源于Nona Bokra的单倍型(Hap7)为籼稻和Aus的优势等位基因。本研究结果可从离子平衡层面为耐盐水稻资源筛选与鉴定提供理论依据。展开更多
文摘通过挖掘水稻籽粒中锌含量显著关联的QTL,并结合基因功能注释、单倍型和灌浆期籽粒相对表达量分析,筛选与水稻籽粒锌含量相关的候选基因。本研究以139份西北早粳稻核心种质资源为试验材料,结合重测序获得的1800920个高可信度SNPs,基于一般线性模型(GLM,general linear model)进行全基因组关联分析,对显著QTL区间内候选基因进行功能注释,并对进一步筛选后的基因进行单倍型和籽粒灌浆期相对表达量分析,以期筛选出与籽粒锌含量相关的候选基因和优势单倍型。结果表明,139份水稻中籽粒锌含量存在丰富的表型变异,且符合正态分布。全基因组关联分析共关联到12个显著SNP,分布在第1、2、4、10、11号染色体上,结合候选区间内的基因功能注释,推测定位在囊泡中的OsFRDL2可能与水稻籽粒锌元素富集相关;单倍型和灌浆期籽粒相对表达量分析表明,OsFRDL2在优势单倍型Hap5中表达量相对较高。因此推测OsFRDL2可能与水稻籽粒锌元素富集相关。研究结果为解析水稻籽粒锌元素富集机制和开发富锌水稻分子标记提供理论基础,为培育富锌水稻提供基因资源。
文摘为探究盐胁迫下水稻地上部和根部Na^(+)、K^(+)含量和分布对其生物量累积和苗期耐盐性的影响,利用125 mmol/L Na Cl对51份不同类型水稻种质资源进行胁迫处理,测定5个形态学指标:耐盐级别、相对根长、相对地上部干重、相对根干重和地上部含水量;6个离子指标:地上部Na^(+)含量、根系Na^(+)含量、地上部K^(+)含量、根系K^(+)含量、地上部Na^(+)/K^(+)和根系Na^(+)/K^(+),共11个耐盐相关指标。在主成分分析基础上,利用隶属函数和标准差系数赋予权重法获得水稻苗期耐盐性综合评价值(D值)。利用特异引物扩增SKC1基因编码区进行测序、比对和单倍型分析。结果表明:除相对根长外,地上部Na^(+)含量与其余4个形态学指标呈极显著负相关,耐盐级别与地上部Na^(+)含量、根系Na^(+)含量和地上部Na^(+)/K^(+)均呈极显著负相关,耐盐级别、相对地上部干重、相对根干重、地上部含水量4个指标两两之间均呈极显著正相关。利用SPSS主成分分析将11个单项指标转换为4个主成分,累计贡献率达82.093%。依据PC1中各指标的载荷系数,筛选出相对地上部干重、耐盐级别、相对根干重、地上部Na^(+)含量、地上部Na^(+)/K^(+)和根系Na^(+)含量6个重要指标;结合综合评价D值与这6个指标的线性回归分析,发现耐盐级别和地上部Na^(+)/K^(+)的系数较大,分别是影响水稻苗期耐盐性的形态学和离子平衡关键因子。通过对51份水稻种质资源SKC1编码区序列比对,共检测到9种不同的单倍型。其中源于越光的单倍型(Hap1)为粳稻种质资源的优势等位基因;源于Nona Bokra的单倍型(Hap7)为籼稻和Aus的优势等位基因。本研究结果可从离子平衡层面为耐盐水稻资源筛选与鉴定提供理论依据。
