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中胚层发育关键基因和信号通路影响皮肤黑色素瘤的发生发展
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作者 马嘉欣 郭之栋 +1 位作者 张筠彬 姚明 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第8期1179-1192,共14页
本研究通过整合生物信息学分析与实验验证,系统探讨中胚层发育关键基因在黑色素瘤发生发展中的分子机制。基于基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)算法对406例皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)患者的7752项生... 本研究通过整合生物信息学分析与实验验证,系统探讨中胚层发育关键基因在黑色素瘤发生发展中的分子机制。基于基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)算法对406例皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)患者的7752项生物功能进行富集分析,发现中胚层发育在黑色素瘤的发生发展中具有重要作用。通过LASSO-COX算法筛选出SMAD4、NODAL、BMPR1A和ZFP36L 1共4个核心调控基因,并构建预后相关风险评分体系。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析显示,这些基因主要富集于mRNA代谢过程和TGF-β信号通路相关通路。通过定量聚合酶链式反应、蛋白质印迹及免疫组化证实:SMAD4和BMPR1A在肿瘤组织中的表达下调与不良预后显著相关(P<0.05);NODAL通过调控上皮-间质转化(EMT)过程促进肿瘤侵袭转移;ZFP36L1高表达组则表现出更好的化疗敏感性。进一步分析发现,核心基因表达水平与肿瘤免疫浸润特征及免疫检查点分子存在显著相关性。本研究通过多组学分析结合实验验证,揭示了中胚层发育相关基因在黑色素瘤进展中的关键作用,阐明了SMAD4/NODAL/BMPR1A/ZFP36L1通过免疫微环境调控和EMT过程影响肿瘤生物学行为的分子机制,为黑色素瘤的分子分型和靶向治疗提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 皮肤黑色素瘤 中胚层发育 生物信息学 TGF-Β信号通路 上皮-间质转化 免疫微环境
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糖尿病足溃疡复发风险预测模型的构建:基于Logistic回归和支持向量机及BP神经网络模型 被引量:20
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作者 张娟 李海芬 +3 位作者 李小曼 姚苗 马惠珍 马强 《中国全科医学》 北大核心 2023年第32期4013-4019,共7页
背景全球范围内糖尿病足溃疡(DFUs)首次复发与再次复发率逐年上升,且早期复发风险高于远期风险。导致DFUs复发的风险因素较多,目前缺乏系统的筛选,因此需要探索DFUs复发的危险因素,以便早期识别复发高危人群。目的探讨Logistic回归、支... 背景全球范围内糖尿病足溃疡(DFUs)首次复发与再次复发率逐年上升,且早期复发风险高于远期风险。导致DFUs复发的风险因素较多,目前缺乏系统的筛选,因此需要探索DFUs复发的危险因素,以便早期识别复发高危人群。目的探讨Logistic回归、支持向量机(SVM)和BP神经网络(BPNN)模型在DFUs复发风险中的预测价值。方法选取2020年1月—2021年10月在宁夏医科大学总医院烧伤整形美容科、内分泌科和伤口造口门诊就诊的DFUs患者390例作为开发模型的研究对象。根据患者出院后1年内DFUs是否复发分为复发组116例(29.7%)和非复发组274例(70.3%)。收集两组患者的一般资料包括社会人口学特征、病史评估和临床病例资料并进行比较,采用糖尿病足部自我管理行为量表(DFSBS)评估患者糖尿病足部自我管理行为,采用慢性病风险感知问卷评估患者DFUs风险感知水平。采用多因素Logistic回归分析探讨DFUs患者出院后1年内DFUs复发的影响因素;将患者按照7∶3划分为训练集和测试集,运用Logistic回归变量筛选策略,分别建立Logistic回归、SVM和BPNN模型;绘制各模型预测DFUs复发风险的受试者工作特征(ROC)曲线。结果两组DFUs患者BMI、独居、糖尿病病程、吸烟史、饮酒史、受累足趾截肢史、足溃疡分级、踝肱指数、糖化血红蛋白、溃疡位置在脚底、足趾受累、足部存在行走障碍、骨髓炎、多重耐药菌感染、糖尿病周围神经病变、下肢动脉粥样硬化、足部自我管理行为、DFUs风险感知水平比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,BMI[OR=0.394,95%CI(0.285,0.546),P<0.001]、糖尿病病程[OR=1.635,95%CI(1.303,2.051),P<0.001]、吸烟史[OR=0.186,95%CI(0.080,0.434),P<0.001]、足溃疡分级[OR=2.139,95%CI(1.133,4.038),P=0.019]、糖化血红蛋白[OR=2.289,95%CI(1.485,3.528),P<0.001]、溃疡位置在脚底[OR=3.148,95%CI(1.344,7.373),P=0.008]、足部自我管理行为[OR=0.744,95%CI(0.673,0.822),P<0.001]和DFUs风险感知水平[OR=0.892,95%CI(0.845,0.942),P<0.001]是DFUs患者1年内DFUs复发的影响因素。Logistic回归、SVM和BPNN模型在测试集中预测DFUs复发风险的正确率分别82.43%、94.87%、87.17%,ROC曲线下面积(AUC)分别为0.843、0.937、0.820。Logistic回归、SVM和BPNN模型预测DFUs复发风险的ROC曲线AUC比较,差异有统计学意义(Z=2.741,P<0.05);SVM模型预测DFUs复发风险的ROC曲线AUC高于Logistic回归和BPNN模型(Z=5.937,P=0.013;Z=3.946,P<0.001)。结论SVM模型预测DFUs患者出院后1年内DFUs复发风险的正确率、灵敏度、特异度、AUC等指标均较好,为相对最优的模型,建议进一步推广应用以验证预测模型的效能。 展开更多
关键词 糖尿病 足溃疡 糖尿病足 复发 LOGISTIC模型 支持向量机模型 BP神经网络模型 影响因素分析
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松萝酸对增生性瘢痕成纤维细胞生物学行为及JNK/MAPK信号通路的影响 被引量:6
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作者 王晓妮 郭涛 +1 位作者 罗启云 关立锋 《吉林大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期1445-1451,共7页
目的:探讨松萝酸对增生性瘢痕成纤维细胞(HSFBs)增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响,并阐明其对c-Jun氨基末端激酶(JNK)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路的调节作用。方法:取对数生长期HSFBs分为对照组、10μmol·L^(-1)松萝酸组、20μ... 目的:探讨松萝酸对增生性瘢痕成纤维细胞(HSFBs)增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响,并阐明其对c-Jun氨基末端激酶(JNK)/丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路的调节作用。方法:取对数生长期HSFBs分为对照组、10μmol·L^(-1)松萝酸组、20μmol·L^(-1)松萝酸组和50μmol·L^(-1)松萝酸组,除对照组外,其他各组细胞给予相应浓度松萝酸处理。噻唑蓝(MTT)法检测各组细胞存活率,流式细胞术检测各组细胞凋亡率,Transwell小室实验检测各组细胞侵袭和迁移能力,Western blotting法检测各组细胞中磷酸化JNK(p-JNK)、JNK、B细胞淋巴瘤2(Bcl-2)和Bcl-2相关X蛋白(Bax)蛋白表达水平。结果:MTT法和流式细胞术检测,与对照组比较,10、20和50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞存活率均降低(P<0.05),细胞凋亡率均升高(P<0.05);与10μmol·L^(-1)松萝酸组比较,20和50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞存活率均降低(P<0.05),细胞凋亡率均升高(P<0.05);与20μmol·L^(-1)松萝酸组比较,50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞存活率降低(P<0.05),细胞凋亡率升高(P<0.05)。Transwell小室实验检测,与对照组比较,10、20和50μmol·L^(-1)松萝酸组侵袭细胞数和迁移细胞数均减少(P<0.05);与10μmol·L^(-1)松萝酸组比较,20和50μmol·L^(-1)松萝酸组侵袭细胞数和迁移细胞数均减少(P<0.05);与20μmol·L^(-1)松萝酸组比较,50μmol·L^(-1)松萝酸组侵袭细胞数和迁移细胞数均减少(P<0.05)。Westernblotting法检测,与对照组比较,10、20和50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞中Bcl-2蛋白表达水平均降低(P<0.05),Bax和p-JNK蛋白表达水平均升高(P<0.05);与10μmol·L^(-1)松萝酸组比较,20和50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞中Bcl-2蛋白表达水平均降低(P<0.05),Bax和p-JNK蛋白表达水平均升高(P<0.05);与20μmol·L^(-1)松萝酸组比较,50μmol·L^(-1)松萝酸组细胞中Bcl-2蛋白表达水平降低(P<0.05),Bax和p-JNK蛋白表达水平均升高(P<0.05)。结论:松萝酸可抑制HSFBs增殖、侵袭和迁移,诱导HSFBs凋亡,并激活JNK/MAPK信号通路。 展开更多
关键词 增生性瘢痕成纤维细胞 松萝酸 C-JUN氨基末端激酶 丝裂原活化蛋白激酶 细胞增殖 细胞凋亡
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锌指蛋白146(RNF146)对吡柔比星引起的小鼠睾丸精原细胞DNA损伤的保护作用 被引量:1
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作者 程建华 杨晓霞 +4 位作者 杨慧莹 关立锋 丁敬宾 丁娟 赵薇 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第7期945-949,共5页
目的评价锌指蛋白146(RNF146)对化疗药吡柔比星引起的GC-1小鼠睾丸精原细胞DNA损伤的保护作用。方法采用1.0μg/m L吡柔比星处理的方法复制DNA损伤的小鼠GC-1精原细胞模型。构建小鼠rnf146慢病毒过表达载体p CDHrnf146并包装rnf146过表... 目的评价锌指蛋白146(RNF146)对化疗药吡柔比星引起的GC-1小鼠睾丸精原细胞DNA损伤的保护作用。方法采用1.0μg/m L吡柔比星处理的方法复制DNA损伤的小鼠GC-1精原细胞模型。构建小鼠rnf146慢病毒过表达载体p CDHrnf146并包装rnf146过表达慢病毒,感染GC-1细胞上调rnf146的表达,Western blot验证过表达效率。评价RNF146对吡柔比星引起的GC-1细胞增殖抑制、凋亡增多及DNA损伤的保护作用。结果成功构建了p CDH-rnf146重组质粒并包装具有良好感染效率的RNF146过表达慢病毒。溴脱氧尿苷(Brd U)掺入标记显示RNF146能够减轻吡柔比星引起的GC-1增殖抑制。原位末端转移酶标记技术(TUNEL)提示RNF146能够抑制吡柔比星诱导的GC-1细胞凋亡。彗星实验显示RNF146过表达能够有效保护吡柔比星作用下GC-1细胞DNA的完整性。结论 RNF146对化疗药吡柔比星引起的小鼠睾丸精原细胞损伤具有保护作用。 展开更多
关键词 锌指蛋白146(RNF146) 过表达慢病毒 GC-1细胞系 吡柔比星 DNA损伤
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